16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Avantaj sèvis yo
● Lekti long ki revele sekans plen longè 16S/18S/ITS
● Rele baz trè egzat ak sekans mòd PacBio CCS
● Rezolisyon nan nivo espès nan anotasyon OTU/ASV
● Dènye QIIME2 analize koule ak analiz divès an tèm de baz done, anotasyon, OTU / ASV.
● Aplikab a divès etid kominote mikwòb
● BMK posede anpil eksperyans ak plis pase 100,000 echantiyon / ane, ki kouvri tè, dlo, gaz, boue, poupou, trip, po, bouyon fèmantasyon, ensèk, plant, elatriye.
● BMKCloud fasilite entèpretasyon done ki gen 45 zouti analiz pèsonalize
Espesifikasyon Sèvis
| SekansPlatfòm | Bibliyotèk | Done rekòmande | Tan vire |
| PacBio Sequel II | SMRT-klòch | 5K/10K/20K Tags | 44 jou travay |
Analiz bioenfòmatik
● Kontwòl kalite done anvan tout koreksyon
● OTU clustering/De-bri (ASV)
● Anòt OTU
● Alpha divèsite
● Beta divèsite
● Analiz ant gwoup
● Analiz asosyasyon kont faktè eksperimantal
● Fonksyon prediksyon jèn
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzanp kondisyon:
PouEkstrè ADN:
| Kalite echantiyon | Kantite lajan | Konsantrasyon | Pite |
| Ekstrè ADN | > 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Pou echantiyon anviwònman:
| Kalite echantiyon | Pwosedi echantiyon rekòmande |
| Tè | Kantite echantiyon: approx.5 g;Rete sibstans cheche bezwen retire nan sifas la;Moulen gwo moso epi pase nan filtè 2 mm;Echantiyon alikòt nan esteril EP-tib oswa cyrotube pou rezèvasyon. |
| Poupou | Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon. |
| Kontni entesten | Echantiyon yo bezwen trete nan kondisyon aseptik.Lave tisi kolekte ak PBS;Santrifize PBS a epi kolekte presipitant la nan EP-tib. |
| Boue | Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon depo nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon |
| Dlo | Pou echantiyon ak kantite limite mikwòb, tankou dlo tiyo, dlo byen, elatriye, Kolekte omwen 1 L dlo epi pase nan 0.22 μm filtre anrichi mikwòb sou manbràn la.Sere manbràn nan nan tib esteril. |
| Po | Ak anpil atansyon grate sifas po a ak yon prelèvman koton esteril oswa yon lam chirijikal epi mete l nan tib esteril. |
Livrezon echantiyon rekòmande
Jele echantiyon yo nan nitwojèn likid pou 3-4 èdtan epi estoke nan nitwojèn likid oswa -80 degre nan rezèvasyon alontèm.Anbake echantiyon ak glas sèk obligatwa.
Koule Travay Sèvis
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
1.Annotation pousantaj nan V3 + V4 (Illumina) ki baze sou pwofil kominote mikwòb vs Full-length (PacBio) ki baze sou pwofil.
(Done sou 30 pwojè chwazi owaza yo te aplike pou estatistik)
2. To Annotasyon nan sekans anplikon plen longè nan nivo espès nan diferan kalite echantiyon
3.Distribisyon espès
4.Pye bwa filogenetik
Ka BMK
Ekspozisyon Asenik pwovoke domaj baryè entesnik ak konsekan deklanchman aks zantray-fwa ki mennen nan enflamasyon ak piroptoz nan fwa nan kana.
Pibliye:Syans nan anviwònman total,2021
Estrateji sekans:
Echantiyon: Kontwòl vs 8 mg/kg ATO ekspoze gwoup
Done sekans sekans: 102,583 sekans CCS anvan tout koreksyon an total
Kontwòl: 54,518 ± 747 CCS efikas
ATO-ekspoze: 45,050 ± 1675 CCS efikas
Rezilta kle yo
Alfa divèsite:Ekspozisyon ATO siyifikativman chanje richès mikwòb entesten ak divèsite nan kana yo.
Analiz metastatik:
Nan nivo phylum: 2 phyla bakteri sèlman detekte nan gwoup kontwòl
Nan nivo genus: 6 jenere yo te jwenn siyifikativman diferan nan abondans relatif
Nan nivo espès: 36 espès yo te idantifye an total, ak 6 nan yo siyifikativman diferan nan abondans relaviv.
Referans
Thingholm, LB, et al."Moun ki obèz ak ak san dyabèt tip 2 montre diferan kapasite fonksyonèl ak konpozisyon mikwòb nan zantray."Lame selilè ak mikwòb26.2 (2019).
