Sekvenciranje male RNA-Illumina
Prednosti usluge
● prva baza na 5' kraju ima jaku sklonost prema U da dobije specifične RNA
● predviđanje ciljanog gena miRNA
● Podaci se koriste za zajedničku analizu s mRNA
● diferencijalna ekspresija miRNA
● predviđanje ciljanog gena miRNA
● Isporuka rezultata temeljena na BMKCloudu: prilagođeno rudarenje podataka dostupno na platformi
● Usluge nakon prodaje vrijede 3 mjeseca nakon završetka projekta
Zahtjevi za uzorke i isporuka
| Knjižnica | Platforma | Preporučeni podaci | QC podataka |
| sRNA | Ilumina SE50 | 10M/20M čitanja | Q30≥85% |
Zahtjevi za uzorke:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | Za biljke: RIN≥7,5; Za životinje: RIN≥8,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva osnovna elevacija |
*Za tkivo manje od 5 mg, preporučujemo slanje brzo zamrznutog (u tekućem dušiku) uzorka tkiva.
Stanična suspenzija: Broj stanica = 3×107
*Preporučamo slanje zamrznutog lizata stanica.U slučaju da ta ćelija broji manje od 5×105, preporučuje se brzo zamrzavanje u tekućem dušiku.
Uzorci krvi:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol i 2mL krvi (TRIzol:Krv=3:1)
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik:
Centrifugalna epruveta od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: uzorke je potrebno zapakirati u vrećice i zakopati u suhi led.
2. RNAstable epruvete: RNA uzorci se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
ekstrakcija RNA
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
1. Identifikacija miRNA
Svaki kandidat za prekursor novih miRNA koje predviđa miRDeep2 ima pdf sliku koja prikazuje njegovu strukturu i dubinu sekvenciranja.
struktura prekursora miRNA i dubina sekvenciranja
2. KEGG obogaćivanje DE-miRNA ciljanih gena
U ovoj sesiji, Biomarker je prvo ispitao jesu li putevi pretjerano prisutni s ciljanim genima DE-miRNA.U određivanju stupnja obogaćivanja i značajnosti puta primijenjeni su faktori obogaćivanja i Fisherov test.Jednadžba izračuna obogaćivanja prikazana je u nastavku.
Obogaćivanje KEGG puta na DE-miRNA ciljanim genima
3.GO analiza obogaćivanja na DE-miRNA ciljanim genima
clusterProfiler korišten je u analizi obogaćivanja GO na ciljanim genima DE-miRNA.Usmjereni aciklički graf obogaćenih izraza generiran je kako bi se prikazala hijerarhijska struktura pojmova.Na slici smjer strelica predstavlja odnose uključivanja između pojmova, tj. čvorovi su specifičniji od svojih gornjih čvorova.Usmjereni acilni graf DE-miRNA ciljanih gena prikazan je na donjoj slici.
TopGO usmjereni aciklički graf DE-miRNA ciljanih gena
BMK slučaj
Integrirana analiza MiRNA i gena povezanih s kvalitetom mesa otkriva da Gga-MiR-140-5p utječe na intramuskularno taloženje masti kod pilića
Objavljeno:Stanična fiziologija i biokemija,2018
Ključni rezultati
Kokoši u kasnom razdoblju nesivosti pokazale su niže globalne razine ekspresije miRNA nego mlade kokoši.
Izgrađena je regulatorna mreža mirNA-mRNA koja može utjecati na kvalitetu mesa
gga-miR-140-5p potiče diferencijaciju adipocita snižavanjem RXRG.
 gga-miR-140-5p potiče intramuskularnu diferencijaciju preadipocita pilića ciljajući 3'UTR RXRG-a |
Referenca
Zhang M, Li DH, Li F, et al.Integrirana analiza MiRNA i gena povezanih s kvalitetom mesa otkriva da Gga-MiR-140-5p utječe na intramuskularno taloženje masti u kokoši [J].Stanična fiziologija i biokemija, 2018:2421-2433.DOI: 10.1159/000489649
