Proizvodi

Jednojezgreno sekvenciranje RNA

Istaknuta slika jednojezgrenog sekvenciranja RNA

Napredak u hvatanju pojedinačnih stanica i tehnici konstrukcije pojedinačne biblioteke u kombinaciji s visokoproduktivnim sekvenciranjem omogućuje studije ekspresije gena na bazi stanica po stanica.Omogućuje dublju i cjelovitu analizu sustava na složenim staničnim populacijama, pri čemu se u velikoj mjeri izbjegava maskiranje njihove heterogenosti uzimanjem prosjeka svih stanica.

Međutim, neke stanice nisu prikladne za izradu jednostanične suspenzije, pa su potrebne druge metode pripreme uzorka – ekstrakcija jezgre iz tkiva, odnosno jezgra se izravno ekstrahira iz tkiva ili stanice i priprema u suspenziju jedne jezgre za jednostruku sekvenciranje stanica.

BMK pruža 10× Genomics ChromiumTM uslugu sekvenciranja RNK jedne stanice.Ova se usluga široko koristi u studijama o studijama vezanim uz bolesti, kao što su diferencijacija imunoloških stanica, heterogenost tumora, razvoj tkiva itd.

Čip prostornog transkriptoma: 10× Genomics

Platforma: Illumina NovaSeq platforma

Kontaktirajte nas

Pojedinosti usluge

Bioinformatika

Demo rezultati

Tehnički princip

Izolaciju jezgri postiže 10× Genomics ChromiumTM, koji se sastoji od osmokanalnog mikrofluidnog sustava s dvostrukim križanjima.U ovom sustavu, kuglice gela s bar kodovima i primerom, enzimi i jedna jezgra su inkapsulirane u kapi ulja veličine nanolitra, generirajući Gel kuglice u emulziji (GEM).Nakon što se GEM formira, liza stanica i oslobađanje crtičnih kodova izvodi se u svakom GEM-u.mRNA se reverzno transkribira u cDNA molekule s 10× bar kodovima i UMI, koje su dalje podložne standardnoj konstrukciji knjižnice sekvenciranja.

Tkivo nije prikladno za pripremu suspenzije pojedinačnih stanica

Stanica / tkivo	Razlog
Nesvježe smrznuto tkivo	Nije moguće dobiti nove ili dugo spremljene organizacije
Mišićna stanica, megakariocit, mast…	Promjer ćelije je prevelik za ulazak u instrument
Jetra…	Previše krhko da bi se slomilo, ne može razlikovati pojedinačne stanice
Neuronska stanica, mozak…	Osjetljiviji, lakši za stres, promijenit će rezultate sekvenciranja
Gušterača, štitnjača…	Bogat endogenim enzimima koji utječu na proizvodnju suspenzije pojedinačnih stanica

Jednojezgreni vs jednostanični

Jednojezgreni	Jednoćelijski
Neograničen promjer ćelije	Promjer ćelije: 10-40 μm
Materijal može biti smrznuto tkivo	Materijal mora biti svježe tkivo
Nizak stres zamrznutih stanica	Tretman enzimima može izazvati stresnu reakciju stanica
Ne treba uklanjati crvena krvna zrnca	Potrebno je ukloniti crvena krvna zrnca
Nuklearna izražava bioinformaciju	Cijela stanica izražava bioinformacije