Bisulfitno sekvenciranje smanjene zastupljenosti (RRBS)
Specifikacije usluge
Platforma: NovaSeq platforma, PE150
Vrsta biblioteke: 200-400 bp DNK biblioteka obrađena bisulfitom
Strategija sekvenciranja: upareni kraj 150 bp
Preporučeni izlaz podataka: 10 Gb neobrađenih podataka/uzorak
Zahtjevi za uzorke
Količina DNA: ≥ 2ug
Koncentracija DNA:≥ 20ng/μl.
Čistoća: OD260/280 = 1,8 do 2,0 bez degradacije ili kontaminacije RNA
Bioinformatička analiza
Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
a.Statistika usklađivanja referentnog genoma
Statistika čitanja mapiranja
Sstatistika dubine sekvenciranja i pokrivenosti C mjesta
Aakumulirano pokriće
Dučinkovitost probave svakog uzorka
b.Detekcija mjesta metilacije
Popis razina metilacije na C mjestu
BS pretvorba
Metilirani citozin
Distribucija razine metilacije
c.Mapa metilacije
Genome-wide
Genome element
d.Usporedba razina metilacije između uzoraka
Pairwise Korelacija CG metilacije
PCA-CG metilacija
Clustering of CG metilacija
d.Diferencijalna analiza metilacije
Sstatistika DMR-a
DMR distribucija duljina
Hjesti kartu
DDistribucija MR-a u ciljanoj regiji
