-
Imunoprecipitacijsko sekvenciranje kromatina (ChIP-seq)
ChIP-Seq omogućuje profiliranje DNA ciljeva na cijelom genomu za modifikaciju histona, faktora transkripcije i drugih proteina povezanih s DNA.Kombinira selektivnost imunoprecipitacije kromatina (ChIP) za obnavljanje specifičnih kompleksa proteina i DNK, sa snagom sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) za sekvencioniranje velike propusnosti obnovljene DNK.Osim toga, budući da se kompleksi proteina i DNA izvlače iz živih stanica, mjesta vezanja mogu se usporediti u različitim tipovima stanica i tkivima ili pod različitim uvjetima.Primjene se kreću od regulacije transkripcije do razvojnih putova do mehanizama bolesti i šire.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Metagenom se odnosi na zbirku ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što je metagenom okoliša, metagenom čovjeka itd. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu uzgajati i mikroorganizama koji se ne mogu uzgajati.Metagenomsko sekvenciranje je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka iz okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži s čimbenicima okoliša.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore
Metagenomika je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka iz okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i obilju vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži s čimbenicima okoliša itd. Platforme za sekvenciranje nanopora nedavno su uvedene na metagenomske studije.Njegova izvanredna izvedba u duljini čitanja uvelike je poboljšala nizvodnu metagenomsku analizu, posebno sastavljanje metagenoma.Koristeći prednosti duljine čitanja, metagenomska studija temeljena na nanoporima može postići kontinuiranije sklapanje u usporedbi s metagenomikom sačmarice.Objavljeno je da je metagenomika temeljena na nanoporama uspješno generirala potpune i zatvorene bakterijske genome iz mikrobioma (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020.)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma
Metilacija DNA na petoj poziciji u citozinu (5-mC) ima temeljni utjecaj na ekspresiju gena i staničnu aktivnost.Abnormalni obrasci metilacije povezani su s nekoliko stanja i bolesti, poput raka.WGBS je postao zlatni standard za proučavanje metilacije cijelog genoma pri rezoluciji jedne baze.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Analiza kromatina dostupnog transpozazi s sekvenciranjem visoke propusnosti (ATAC-seq)
ATAC-seq je visokoučinkovita metoda sekvenciranja za analizu dostupnosti kromatina u cijelom genomu, što je važno za globalnu epigenetsku kontrolu ekspresije gena.Adapteri za sekvenciranje umetnuti su u otvorena područja kromatina pomoću hiperaktivne Tn5 transpozaze.Nakon PCR amplifikacije, konstruira se biblioteka sekvenciranja.Sve otvorene regije kromatina mogu se dobiti pod specifičnim prostorno-vremenskim uvjetima, ne samo ograničenim na mjesta vezanja faktora transkripcije ili određene histonski modificirane regije.
-
16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-PacBio
Podjedinica na 16S i 18S rRNA koja sadrži i visoko očuvane i hiper-varijabilne regije savršen je molekularni otisak prsta za identifikaciju prokariotskih i eukariotskih organizama.Koristeći prednosti sekvenciranja, ti se amplikoni mogu ciljati na temelju očuvanih dijelova, a hiper-varijabilne regije mogu se u potpunosti karakterizirati za mikrobnu identifikaciju, pridonoseći studijama koje pokrivaju analizu mikrobne raznolikosti, taksonomiju, filogeniju itd. Pojedinačna molekula u stvarnom vremenu (SMRT) ) sekvenciranje PacBio platforme omogućuje dobivanje vrlo preciznih dugih čitanja, koja bi mogla pokriti amplikone pune duljine (približno 1,5 Kb).Širi pogled na genetsko polje uvelike je poboljšao rezoluciju u označavanju vrsta u zajednici bakterija ili gljiva.
Platforma:PacBio nastavak II
-
16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-NGS
Sekvenciranje amplikona 16S/18S/ITS ima za cilj otkrivanje filogenije, taksonomije i obilja vrsta u mikrobnoj zajednici istraživanjem PCR proizvoda kućnih genetskih markera koji sadrže i visoko konverzirane i hipervarijabilne dijelove.Uvođenje ovih savršenih molekularnih otisaka prstiju od strane Woesesa i suradnika (1977.) omogućuje profiliranje mikrobioma bez izolacije.Sekvenciranje 16S (bakterije), 18S (gljive) i unutarnje transkribirane razmaknice (ITS, gljive) omogućuje identifikaciju kako rasprostranjenih vrsta, tako i rijetkih i neidentificiranih vrsta.Ova tehnologija je postala naširoko primjenjiv i glavni alat za identifikaciju različitog sastava mikroba u različitim okruženjima, kao što su ljudska usta, crijeva, izmet itd.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica ključan je alat za kompletiranje genoma poznatih bakterija i gljivica, kao i za usporedbu višestrukih genoma ili mapiranje genoma novih organizama.Od velike je važnosti sekvencirati čitave genome bakterija i gljivica kako bi se generirali točni referentni genomi, radila identifikacija mikroba i druge komparativne studije genoma.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
PacBio-sekvenciranje amplikona pune duljine 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) razvijena je na temelju godina iskustva u analizi projekata mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih istraživanja mikroba, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize prezentirani su u obliku projektnih izvješća;Sadržaj personalizirane analize je raznolik.Uzorci se mogu odabrati i parametri se mogu fleksibilno postaviti prema izvješću o osnovnoj analizi i svrsi istraživanja, kako bi se ostvarili personalizirani zahtjevi.Operativni sustav Windows, jednostavan i brz.
-
PacBio-Transkriptom pune dužine (bez reference)
Uzimajući podatke o sekvenciranju izoformi Pacific Biosciences (PacBio) kao ulaz, ova aplikacija može identificirati sekvence prijepisa pune duljine (bez sklapanja).Mapiranjem sekvenci pune duljine prema referentnom genomu, transkripti se mogu optimizirati poznatim genima, transkriptima, kodirajućim regijama, itd. U ovom slučaju, može se postići točnija identifikacija struktura mRNA, kao što je alternativno spajanje, itd.Zajednička analiza s podacima o sekvenciranju NGS transkriptoma omogućuje sveobuhvatniju oznaku i točniju kvantifikaciju u ekspresiji na razini transkripta, što uvelike koristi nizvodnoj diferencijalnoj ekspresiji i funkcionalnoj analizi.
-
Bisulfitno sekvenciranje smanjene zastupljenosti (RRBS)
Istraživanje metilacije DNK oduvijek je bila vruća tema u istraživanju bolesti i usko je povezano s ekspresijom gena i fenotipskim svojstvima.RRBS je točna, učinkovita i ekonomična metoda za istraživanje DNK metilacije.Obogaćivanje regija promotora i CpG otoka enzimskim cijepanjem (Msp I), u kombinaciji s bisulfitnim sekvenciranjem, osigurava detekciju DNA metilacije visoke rezolucije.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Sekvenciranje prokariotske mRNA
Sekvenciranje mRNA omogućuje sveobuhvatno profiliranje svih transkripata mRNA unutar stanica pod određenim uvjetima.Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat koji otkriva zamršene profile ekspresije gena, genske strukture i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima.Široko prihvaćeno u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, mRNA sekvenciranje nudi uvid u zamršenost stanične dinamike i genetske regulacije.Naša obrada uzoraka prokariotske mRNA prilagođena je za prokariotske transkriptome, uključujući depleciju rRNA i pripremu usmjerene biblioteke.
Platforma: Illumina NovaSeq X
