-
Imunoprecipitacijsko sekvenciranje kromatina (ChIP-seq)
ChIP-Seq omogućuje profiliranje DNA ciljeva na cijelom genomu za modifikaciju histona, faktora transkripcije i drugih proteina povezanih s DNA.Kombinira selektivnost imunoprecipitacije kromatina (ChIP) za obnavljanje specifičnih kompleksa proteina i DNK, sa snagom sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) za sekvencioniranje velike propusnosti obnovljene DNK.Osim toga, budući da se kompleksi proteina i DNA izvlače iz živih stanica, mjesta vezanja mogu se usporediti u različitim tipovima stanica i tkivima ili pod različitim uvjetima.Primjene se kreću od regulacije transkripcije do razvojnih putova do mehanizama bolesti i šire.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma
Metilacija DNA na petoj poziciji u citozinu (5-mC) ima temeljni utjecaj na ekspresiju gena i staničnu aktivnost.Abnormalni obrasci metilacije povezani su s nekoliko stanja i bolesti, poput raka.WGBS je postao zlatni standard za proučavanje metilacije cijelog genoma pri rezoluciji jedne baze.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Analiza kromatina dostupnog transpozazi s sekvenciranjem visoke propusnosti (ATAC-seq)
ATAC-seq je visokoučinkovita metoda sekvenciranja za analizu dostupnosti kromatina u cijelom genomu, što je važno za globalnu epigenetsku kontrolu ekspresije gena.Adapteri za sekvenciranje umetnuti su u otvorena područja kromatina pomoću hiperaktivne Tn5 transpozaze.Nakon PCR amplifikacije, konstruira se biblioteka sekvenciranja.Sve otvorene regije kromatina mogu se dobiti pod specifičnim prostorno-vremenskim uvjetima, ne samo ograničenim na mjesta vezanja faktora transkripcije ili određene histonski modificirane regije.
-
Bisulfitno sekvenciranje smanjene zastupljenosti (RRBS)
Istraživanje metilacije DNK oduvijek je bila vruća tema u istraživanju bolesti i usko je povezano s ekspresijom gena i fenotipskim svojstvima.RRBS je točna, učinkovita i ekonomična metoda za istraživanje DNK metilacije.Obogaćivanje regija promotora i CpG otoka enzimskim cijepanjem (Msp I), u kombinaciji s bisulfitnim sekvenciranjem, osigurava detekciju DNA metilacije visoke rezolucije.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
