EVOLUCIJA GENOMA
Genom De novo
Montaža|Određivanje spola Cijeli rad na sekvenciranju i djelomične bioinformatičke usluge pružio je Biomarker Techonologies.
Sažetak
“Kultni fenotip morskih zmajeva uključuje dodatke poput lišća, bezuba cjevasta usta i trudnoću mužjaka koja uključuje inkubaciju oplođenih jajašca na otvorenom "leglu".Mi smo de novo–sekvencirali muške i ženske genome običnog morskog zmaja (Phyllopteryx taeniolatus) i njemu blisko povezane vrste, aligatorske ribe cjevčice (Syngnathoides biaculeatus).Profili transkripcije iz evolucijske novosti, listova sličnih dodacima, pokazuju da je skup gena koji su tipično uključeni u razvoj peraja kooptiran, kao i obogaćivanje transkripta za potencijalni popravak tkiva i gene za imunološku obranu.Utvrđeno je da mutanti zebrice za scpp5, koji je izgubljen u svim singnatijama, nemaju ili imaju deformirane faringealne zube, podupirući hipotezu da je gubitak scpp5 pridonio gubitku zuba kod singnatida.Identificiran je navodni lokus za određivanje spola koji kodira gen amhr2y specifičan za mužjaka koji dijele morski zmaj i aligator. ”
Materijali i metode:
Materijali
Fnaš obični morski zmaj (P. taeniolatus) i dvije aligatorske ribe cjevčice (S. biaculeatus) primjerci.Dvije jedinke morskog zmaja (jedan mužjak i jedna ženka) i dvije jedinke aligatora (jedan mužjak i jedna ženka) korištene su za sekvenciranje cijelog genoma, a druge dvije jedinke mužjaka morskog zmaja korištene su za ponovno sekvenciranje genoma.
Strategija sekvenciranja genoma
270/350 bp biblioteka (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) ili Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000). sekvenciranje, i dvije druge jedinke muškog morskog zmaja korištene su za ponovno sekvenciranje genoma.
Sekvenciranje transkriptoma
Fili obični morski zmaj, mozak, oko, škrge, jetra, srce, bubreg, mezenterij, crijeva, mišić, peraja, koža, lisnati dodaci, testis i jajnik su prikupljeni.
Strategija sklapanja genoma de novo
Canu (Ispravak) + WTDBG2 (montaža) + Pilon (poljski) + Lachesis (Hi-C).
Glavni rezultati
Slika 1. Ključne značajke morskog zmaja (P. taeniolatus) i aligatora (S. biaculeatus) i njihov filogenetski položaj.
Slika 2. Morfologija i genetski sastav lisnatih dodataka običnog morskog zmaja (P. taeniolatus).
Slika 3. Navodni gen za određivanje spola u običnog morskog zmaja (P. taeniolatus) i aligatora (S. biaculeatus).
Slika 4. Fenotip faringealnog zuba u scpp5 homozigotnih mutanata zebrice.
Vrijeme objave: 8. siječnja 2022