BMKCloud Log in
条形banner-03

Vijesti

Sekvenciranje transkriptoma pune duljine temeljeno na nanoporama

Nanopore sekvenciranje razlikuje se od ostalih platformi za sekvenciranje po tome što se nukleotidi čitaju izravno bez sinteze DNK i generira duga očitavanja na desetke kilobaza.To omogućuje izravno očitavanje transkripata pune duljine i suočavanje s izazovima u transkriptomskim studijama.

√ Niska pristranost specifična za niz

√ Očitavanje cDNA pune duljine za studije strukture gena

√ Potrebno je manje podataka za pokrivanje istog broja prijepisa

√ Identifikacija višestrukih izoformi po genu

√ Kvantifikacija ekspresije na razini izoforme

nanopore-1

Tipični bioinformatički cjevovod

Puna dužina-trans-bix-1024x254

Najnoviji uspješni slučajevi s tehnologijama biomarkera

1. Komparativne analize transkriptoma pune duljine otkrivaju dinamiku razvoja stabljike Gnetum luofuense

Časopis: Frontiers in Genetics

Objavljeno: ožujak 2021

Ključne riječi: MinION |Alternativno spajanje |APA |lncRNA |Diferencijalno izraženi transkripti

Pročitajte cijeli tekst

2. Jednosmjerno kretanje malih RNA od izdanaka do korijena u međuvrsnim heterograftima

Časopis: Biljke prirode

Objavljeno: siječanj 2021

Ključne riječi: Nanopore |Illumina |full-length mobile mRNA detekcija

3. Analiza transkriptoma pune duljine korijena šparoga otkriva molekularni mehanizam tolerancije soli izazvan arbuskularnim mikoriznim gljivama

Časopis: Environmental and Experimental Botany

Objavljeno: siječanj 2021

Ključne riječi: MinION |Diferencijalno izraženi transkripti |Transkripcijski faktori |Alternativno spajanje

4. Promjene fizioloških karakteristika i transkriptom cijele duljine korijena i lišća ruže (Rosa chinensis) kao odgovor na stres od suše

Časopis: Fiziologija biljaka i stanica

Objavljeno: listopad 2020

Ključne riječi: PromethION |Diferencijalno izraženi transkripti |Funkcionalno predviđanje |Spojene izoforme |TF i lncRNA

5. Analiza i sveobuhvatna usporedba PacBio i RNA baziranog na nanoporama sekvenciranja transkriptoma Arabidopsis

Časopis: Plant Method

Objavljeno: travanj 2020

Ključne riječi: GridION |PromethION |PacBio nastavak |Illumina NovaSeq |Usklađivanje genoma |Identifikacija prijepisa |Alternativno spajanje |SSR |LncRNA |Kvantifikacija izoforme

Vijesti i istaknuto ima za cilj podijeliti najnovije uspješne slučajeve s Biomarker Technologies, bilježeći nova znanstvena dostignuća kao i istaknute tehnike primijenjene tijekom studije.


Vrijeme objave: 8. siječnja 2022

Pošaljite nam svoju poruku: