Sekvenciranje transkriptoma pune duljine temeljeno na nanoporama
Nanopore sekvenciranje razlikuje se od ostalih platformi za sekvenciranje po tome što se nukleotidi čitaju izravno bez sinteze DNK i generira duga očitavanja na desetke kilobaza.To omogućuje izravno očitavanje transkripata pune duljine i suočavanje s izazovima u transkriptomskim studijama.
√ Niska pristranost specifična za niz
√ Očitavanje cDNA pune duljine za studije strukture gena
√ Potrebno je manje podataka za pokrivanje istog broja prijepisa
√ Identifikacija višestrukih izoformi po genu
√ Kvantifikacija ekspresije na razini izoforme
Tipični bioinformatički cjevovod
Najnoviji uspješni slučajevi s tehnologijama biomarkera
1. Komparativne analize transkriptoma pune duljine otkrivaju dinamiku razvoja stabljike Gnetum luofuense
Časopis: Frontiers in Genetics
Objavljeno: ožujak 2021
Ključne riječi: MinION |Alternativno spajanje |APA |lncRNA |Diferencijalno izraženi transkripti
Pročitajte cijeli tekst
2. Jednosmjerno kretanje malih RNA od izdanaka do korijena u međuvrsnim heterograftima
Časopis: Biljke prirode
Objavljeno: siječanj 2021
Ključne riječi: Nanopore |Illumina |full-length mobile mRNA detekcija
3. Analiza transkriptoma pune duljine korijena šparoga otkriva molekularni mehanizam tolerancije soli izazvan arbuskularnim mikoriznim gljivama
Časopis: Environmental and Experimental Botany
Objavljeno: siječanj 2021
Ključne riječi: MinION |Diferencijalno izraženi transkripti |Transkripcijski faktori |Alternativno spajanje
4. Promjene fizioloških karakteristika i transkriptom cijele duljine korijena i lišća ruže (Rosa chinensis) kao odgovor na stres od suše
Časopis: Fiziologija biljaka i stanica
Objavljeno: listopad 2020
Ključne riječi: PromethION |Diferencijalno izraženi transkripti |Funkcionalno predviđanje |Spojene izoforme |TF i lncRNA
5. Analiza i sveobuhvatna usporedba PacBio i RNA baziranog na nanoporama sekvenciranja transkriptoma Arabidopsis
Časopis: Plant Method
Objavljeno: travanj 2020
Ključne riječi: GridION |PromethION |PacBio nastavak |Illumina NovaSeq |Usklađivanje genoma |Identifikacija prijepisa |Alternativno spajanje |SSR |LncRNA |Kvantifikacija izoforme
Vijesti i istaknuto ima za cilj podijeliti najnovije uspješne slučajeve s Biomarker Technologies, bilježeći nova znanstvena dostignuća kao i istaknute tehnike primijenjene tijekom studije.
Vrijeme objave: 8. siječnja 2022