Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore
Prednosti usluge
● Visokokvalitetna montaža-Poboljšanje točnosti identifikacije vrsta i predviđanja funkcionalnih gena
● Zatvorena izolacija bakterijskog genoma
● Snažnija i pouzdanija primjena u različitim područjima, npr. otkrivanje patogenih mikroorganizama ili gena povezanih s otpornošću na antibiotike
● Usporedna analiza metagenoma
Specifikacije usluge
| Platforma | Sekvenciranje | Preporučeni podaci | Vrijeme obrade |
| Nanopore | NA T | 6 G/10 G | 65 radnih dana |
Bioinformatičke analize
● Kontrola kvalitete neobrađenih podataka
● Sklapanje metagenoma
● Neredundantni skup gena i bilješke
● Analiza raznolikosti vrsta
● Analiza raznolikosti genetičke funkcije
● Inter-grupna analiza
● Analiza povezanosti s eksperimentalnim čimbenicima
Zahtjevi za uzorke i isporuka
Zahtjevi za uzorke i dostava
Zahtjevi za uzorke:
ZaDNK ekstrakti:
| Vrsta uzorka | Iznos | Koncentracija | Čistoća |
| DNK ekstrakti | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za uzorke iz okoliša:
| Vrsta uzorka | Preporučeni postupak uzorkovanja |
| Tlo | Količina uzorka: cca.5 g;Preostalu uvenulu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i provući kroz filter od 2 mm;Alikvot uzoraka u sterilnoj EP-epruveti ili ciroepruveti za rezervaciju. |
| Izmet | Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju. |
| Crijevni sadržaj | Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uvjetima.Isperite prikupljeno tkivo PBS-om;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete. |
| Mulj | Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju |
| Vodeno tijelo | Za uzorak s ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara itd., sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filtar od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobe na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti. |
| Koža | Pažljivo ostružite površinu kože sterilnom vatom ili kirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu. |
Preporučena dostava uzoraka
Zamrznite uzorke u tekućem dušiku 3-4 sata i pohranite u tekućem dušiku ili -80 stupnjeva za dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.
Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1.Toplotna karta: Grupiranje bogatstva vrsta
2. Funkcionalni geni označeni KEGG metaboličkim putovima
3.Mreža korelacije vrsta
4. Circos CARD gena za rezistenciju na antibiotike
BMK slučaj
Metagenomika nanopora omogućuje brzu kliničku dijagnozu bakterijske infekcije donjeg dišnog sustava
Objavljeno:Biotehnologija prirode, 2019
Tehničke značajke
Sekvenciranje: Nanopore MinION
Klinička metagenomika bioinformatika: deplecija DNK domaćina, WIMP i ARMA analiza
Brza detekcija: 6 sati
Visoka osjetljivost: 96,6%
Ključni rezultati
U 2006. infekcija donjeg dišnog sustava (LR) uzrokovala je 3 milijuna ljudskih smrti u svijetu.Tipična metoda za otkrivanje patogena LR1 je kultivacija, koja ima slabu osjetljivost, dugo vrijeme obrade i nedostatak smjernica za ranu antibiotsku terapiju.Brza i točna mikrobna dijagnoza dugo je bila hitna potreba.Dr. Justin sa Sveučilišta East Anglia i njegovi partneri uspješno su razvili metagenomsku metodu za detekciju patogena koja se temelji na nanoporima.Prema njihovom tijeku rada, 99,99% DNK domaćina može biti iscrpljeno.Detekcija kod patogena i gena otpornih na antibiotike može biti gotova za 6 sati.
Referenca
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Metagenomika nanopora omogućuje brzu kliničku dijagnozu bakterijske infekcije donjeg dišnog sustava.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
