Transkriptom je poveznica između genomske genetske informacije i proteoma biološke funkcije.Regulacija razine transkripcije najvažniji je i najčešće proučavan način regulacije organizama.Sekvenciranje transkriptoma može sekvencirati transkriptom u bilo kojem trenutku ili pod bilo kojim uvjetima, s rezolucijom točnom do jednog nukleotida. Može dinamički odražavati razinu transkripcije gena, istovremeno identificirati i kvantificirati rijetke i normalne transkripte i pružiti strukturne informacije uzorak specifičnih prijepisa.
Trenutačno se tehnologija sekvenciranja transkriptoma naširoko koristi u agronomiji, medicini i drugim istraživačkim poljima, uključujući regulaciju razvoja životinja i biljaka, prilagodbu okolišu, imunološku interakciju, lokalizaciju gena, genetsku evoluciju vrsta i otkrivanje tumora i genetskih bolesti.
