Analiza asocijacije na cijelom genomu
1.Prednosti usluge
● Mnoštvo projektnih slučajeva: od svog osnivanja 2009., BMKGENE je dovršio stotine projekata vrsta u populacijskom GWAS istraživanju, pomogao istraživačima da objave više od 100 članaka, a kumulativni čimbenik utjecaja dosegnuo je 500.
● Profesionalni analitičari.
● Kratak ciklus analize.
● Precizno rudarenje podataka.
2. Specifikacije usluge
| Tip | Skala stanovništva | Strategija sekvenciranja i dubina |
| SLAF-GWAS | Broj uzorka ≥200 | Veličina genoma < 400 M, s ref-genomom, preporučuje se WGS |
| Veličina genoma ≤ 1G, 100K oznaka i 10X | ||
| 1G ≤ veličina genoma ≤ 2G, 200K oznaka i 10X | ||
| Veličina genoma > 2G, 300K oznaka i 10X | ||
| WGS-GWAS | Broj uzorka ≥200 | 10X za svaki uzorak |
3. Odabir materijala
Različite sorte, podvrste, domaće rase/banke gena/mješovite obitelji/divlji resursi
Razne sorte, podvrste, domaće sorte
Obitelj polubraća/braća obitelj/divlji resursi
4. Bioinformacijska analiza
● Analiza povezanosti na cijelom genomu
● Analiza i probir značajnog SNP-a
● Funkcionalna oznaka gena kandidata
5. Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
ekstrakcija RNA
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
a.Fenotip QC
Histogram distribucije frekvencija
Statistika fenotipa
b.Analiza povezanosti (Model: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
QQ zaplet
Manhattanska parcela
| Godina | Časopis | IF | Titula |
| 2022 | NC | 17.69 | Genomska osnova giga-kromosoma i giga-genoma drvenog božura Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | Otisci pripitomljavanja učvršćuju genomske regije od agronomske važnosti u soji |
| 2018 | MP | 9.32 | Ponovno sekvencioniranje cijelog genoma svjetske zbirke primjeraka uljane repice otkriva genetsku osnovu njihove divergencije ekotipa |
| 2022 | HR | 7.29 | Analiza povezanosti genoma pruža molekularni uvid u prirodnu varijaciju veličine sjemenki lubenice |
