Udubite se u potencijal proučavanja divlje raznolikosti istraživačkih vrsta, prikazan ključnim slučajem klijenata BMKGENE-a.Nedavno objavljen u ovogodišnjem izdanju časopisa Plant Biotechnology Journal, članak pod naslovom “Genom divlje Hevee brasiliensis na razini kromosoma: Osnaživanje genomski potpomognutog uzgoja i otkrivanje vitalnih lokusa za povećani prinos gume” stoji kao vrijedna referenca.
Brazilsko stablo kaučuka (Hevea brasiliensis) stoji visoko kao ključni prirodni izvor kaučuka.Tijekom prošlog stoljeća tradicionalne metodologije uzgoja potaknule su značajan šesterostruki porast proizvodnje gume.Ipak, temeljna genetska podloga odgovorna za potencijalno povećanje prinosa gume ostaje zagonetna.
Ova studija započela je s konstruiranjem genoma na razini kromosoma za divlje kaučukovce, koristeći sinergiju Nanopore dugoočitanog sekvenciranja, Illumina NGS sekvenciranja i Hi-C tehnologije.
Paralelno, skup od 147 resursa germplazme, koji obuhvaća varijacije visokog prinosa, divlje sojeve i srodne vrste, sastavljen je za sveobuhvatno ponovno sekvencioniranje cijelog genoma (WGS) korištenjem platforme Illumina.Podaci sekvenciranja koji su uslijedili podvrgnuti su rigoroznoj populacijskoj genetičkoj analizi, što je omogućilo raščlambu strukture populacije, raznolikosti i neravnoteže u povezivanju.Ova analiza bacila je svjetlo na varijacije pripitomljavanja među populacijama.
Daljnja su istraživanja obuhvatila analizu koja obuhvaća Fst, π, Tajimin D i LD, s ciljem otkrivanja signala selekcije koji proizlaze iz poboljšanog prinosa lateksa, posebno usredotočujući se na Wickhamove klonove.
Kulminirajući u analizi asocijacije na cijelom genomu (GWAS), markeri povezani sa svojstvima prinosa, a potom i geni povezani s prinosom, bili su točno određeni.Početna validacija otkrila je različite transkripcijske aktivnosti na različitim mutantima za dva ERF gena, pružajući preliminarni uvid u njihov funkcionalni značaj.Daljnja potvrda planirana je u sklopu nadolazećih istraživanja.
BMKGENE se ponosi doprinosom opsežnom ponovnom sekvencioniranju čitavog genoma ove pozamašne populacije, zajedno sa značajnom ulogom u bioinformatičkoj analizi.Naše ogromno iskustvo obuhvaća NGS/TGS sekvenciranje i multiomičku bioinformatičku analizu u nizu od više od 1000 vrsta.Radujemo se mogućnosti suradnje s vama na vašim nadolazećim projektima.
Kliknite ovdje zasaznajte više o ovoj studiji
Vrijeme objave: 29. kolovoza 2023