● Visoko iskusan: Više od 200 000 uzoraka obrađeno je u BMK-u pokrivajući različite tipove uzoraka, uključujući stanične kulture, tkiva, tjelesne tekućine itd. i više od 7 000 mRNA-Seq projekata je zatvoreno pokrivajući različita područja istraživanja.
● Strogi sustav kontrole kvalitete: ključne točke kontrole kvalitete kroz sve korake, uključujući pripremu uzorka, pripremu biblioteke, sekvenciranje i bioinformatiku, pod pomnim su nadzorom kako bi se dobili rezultati visoke kvalitete.
● Dostupne su više baza podataka za označavanje funkcija i studije obogaćivanja za ispunjavanje različitih istraživačkih ciljeva.
● Usluge nakon prodaje: Usluge nakon prodaje vrijede 3 mjeseca nakon završetka projekta, uključujući praćenje projekta, rješavanje problema, pitanja i odgovore o rezultatima itd.
Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
Poli A obogaćen | Ilumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
nukleotidi:
Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | Za biljke: RIN≥6,5; Za životinje: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva osnovna elevacija |
Maramica: Težina (suha):≥1 g
*Za tkivo manje od 5 mg, preporučujemo slanje brzo zamrznutog (u tekućem dušiku) uzorka tkiva.
Suspenzija stanica:Broj stanica = 3×106- 1×107
*Preporučamo slanje zamrznutog lizata stanica.U slučaju da ta ćelija broji manje od 5×105.
Uzorci krvi:Volumen≥1 ml
Mikroorganizam:Masa ≥ 1 g
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Pošiljka:
Bioinformatika
Eukariotski Tijek rada analize sekvenciranja mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvalitete sirovih podataka
ØUsklađivanje referentnog genoma
ØAnaliza strukture transkripta
ØKvantifikacija ekspresije
ØAnaliza diferencijalnog izraza
ØFunkcijska anotacija i obogaćivanje
1.Krivulja zasićenja podataka mRNA
2.Diferencijalna analiza izraza - grafikon vulkana
3.KEGG napomena na DEG-ovima
4.GO klasifikacija na DEG