Proizvodi

Sekvenciranje DNA/RNA – Nanopore sekvencer

Sekvenciranje DNA/RNA – Istaknuta slika nanopore sekvencera

ONT sekvenciranje je tehnologija sekvenciranja električnog signala jedne molekule u stvarnom vremenu temeljena na nanoporama, princip sekvenciranja svake platforme je isti.Dvolančana DNA/RNA vezat će se za nanoporozni protein ugrađen u biofilm i odmotavajući se pod vodstvom motornog proteina, pod djelovanjem razlike napona s obje strane biofilma, DNA/RNA lanci prolaze kroz proteinski kanal nanopora na određenoj točki stopa.Zbog razlika u kemijskim svojstvima različitih baza na lancu DNA/RNA, kada jedna baza ili molekula DNA prođe kroz kanal nanopore, to će izazvati promjenu različitih električnih signala.Detektiranjem i usklađivanjem s tim signalima mogu se izračunati odgovarajući osnovni tipovi i može se dovršiti detekcija sekvence u stvarnom vremenu.

Kontaktirajte nas

Pojedinosti usluge

Demo rezultat

Pojedinosti o usluzi Značajke

Platforma	Veličina knjižnice	Teoretski prinos podataka (po ćeliji)	Jednobazna točnost	Prijave
Nanopore	8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR	70-90Gb/ćeliji	85-92%	SV pozivanje, De novo, Sekvenciranje pune dužine, Iso-Seq, Genska anotacija, Detekcija metilacije DNA

Prednosti usluge

● Preko 5 godina iskustva na PacBio platformi za sekvenciranje s tisućama zatvorenih projekata s različitim vrstama.
● BMKGENE je službeni partner tvrtke Oxford Nanopore, s dvostrukom platformom RNA/DNA certifikacije.
● Postoje glavni modeli sekvencera s potpunom opremom i dovoljnom propusnošću sekvenciranja.
● Na temelju platforme Nanopore, više od 10 Denovo istraživanja o životinjama i biljkama objavljeno je u međunarodno priznatim časopisima.

Zahtjevi za uzorke

Vrsta uzorka

Iznos

Koncentracija (Qubit®)

Volumen

Čistoća

Drugi

Genomska DNK

Ovisno o zahtjevima podataka

≥20ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5;

Jasan vrh na 260 nm, nema kontaminacije

Koncentraciju je potrebno mjeriti Qubitom i Qubitom/Nanoporeom ≤ 2

Ukupna RNK

≥1,2 μg

≥100μg/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5；bez kontaminacije

RIN vrijednost ≥7,5

Tijek rada usluge

Priprema uzorka

Izgradnja knjižnice

Sekvenciranje

Analiza podataka

Isporuka projekta

Prethodna: Sekvenciranje DNA/RNA – Illumina sekvencer

Sljedeći: Sekvenciranje pojačanih fragmenata specifičnog lokusa (SLAF-Seq)

Procjena kvalitete podataka DNK uzorka

Tablica 1. Statistika čistih podataka.

BMKID	rawSeqNum	rawSumBase	cleanSeqNum	cleanSumBase	čistiN50Len	čistiN90Len	cleanMeanLen	cleanMaxLen	cleanMeanQual
DNK_BMK01	1,218,239	26.37	1,121,736	25.90	28,014	15,764	23.090	143.181	9