●Platforme:Illumina NovaSeq 6000, NovaSeq, HiSeq X Ten i BGI-DNB-T7
●Načini sekvenciranja:PE50, PE100, PE150, PE250
●Kontrola kvalitete knjižnica prije sekvenciranja
●Sekvenciranje isporuke podataka i kontrole kvalitete:isporuka QC izvješća i neobrađenih podataka u fastq formatu nakon demultipleksiranja i filtriranja Q30 čitanja.
●Svestranost usluga sekvenciranja:kupac može odabrati redoslijed po stazi, protočnoj ćeliji ili količini podataka.
●Svestranost platformi:DNB biblioteke mogu se prenijeti na Illumina platforme
●Veliko iskustvo na Illumina platformi za sekvenciranje:s tisućama zatvorenih projekata s raznim vrstama.
●Dostava QC izvješća o sekvenciranju:s metrikom kvalitete, točnosti podataka i cjelokupnom izvedbom projekta sekvenciranja.
●Proces zrelog sekvenciranja:s kratkim vremenom obrade.
●Rigorozna kontrola kvalitete: provodimo stroge QC zahtjeve kako bismo jamčili isporuku dosljedno visokokvalitetnih rezultata.
Količina podataka (X) | Koncentracija (qPCR/nM) | Volumen |
X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
50 Gb ≤ X < 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 20 μl |
X ≥ 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 20 μl |
Platforma | Koncentracija (qPCR/nM) | Volumen |
HiSeq X Ten | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
NovaSeq 6000 SP | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
NovaSeq 6000 S4 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
NovaSeq X | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
BGI-DNBSEQ-T7 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
Uz koncentraciju i ukupnu količinu, također je potreban odgovarajući uzorak vrha.
Izvješće o kvaliteti knjižnice daje se prije sekvenciranja, procjene količine knjižnice i fragmentacije.
Tablica 1. Statistika podataka sekvenciranja.
ID uzorka | BMKID | Raw čita | Neobrađeni podaci (bp) | Čista čitanja (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6.861.036.000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96,00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Slika 1. Distribucija kvalitete duž očitavanja u svakom uzorku
Slika 2. Distribucija osnovnog sadržaja
Slika 3. Distribucija pročitanih sadržaja u podacima sekvenciranja