Komparativna genomika
Prednosti usluge
● Sveobuhvatni paket analiza, koji sadrži osam najčešće potrebnih analiza
● Visoka pouzdanost analize s detaljnim i lako razumljivim tumačenjem rezultata
● Dobro dizajnirane brojke spremne za objavu
● Visokostručni bioinformatički tim ispunjava različite zahtjeve personalizirane analize
● Kraće vrijeme obrade uz veću točnost analize
● Bogato iskustvo s više od 90 uspješnih slučajeva s ukupnim objavljenim faktorom utjecaja od preko 900
Specifikacije usluge
| Procijenjeno vrijeme obrade | Broj vrsta | Analize |
| 30 radnih dana | 6 - 12 (izvorni znanstveni rad, znanstveni). | Grupiranje obitelji gena Širenje i skupljanje obitelji gena Konstrukcija filogenetskog stabla Procjena vremena divergencije (potrebna kalibracija fosila) Vrijeme umetanja LTR (za biljke) Dupliciranje cijelog genoma (za biljke) Selektivni pritisak Sintenska analiza |
Bioinformatičke analize
● Obitelj gena
● Filogenetika
● Vrijeme divergencije
● Selektivni pritisak
● Synteny analiza
Zahtjevi za uzorke i isporuka
Zahtjevi za uzorke:
Tkivo ili DNK za sekvenciranje i sastavljanje genoma
Za tkivo
| Vrsta | Tkivo | Pregled | PacBio CCS |
| Životinja | Visceralno tkivo | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Mišićno tkivo | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Krv sisavaca | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Krv peradi/riblje | |||
| Biljka | Svježi list | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Latica/Stabljika | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Korijen/sjeme | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0g | |
| Stanice | Kultivirana stanica | - | ≥ 1 x 108 |
Podaci
Datoteke sekvenci genoma (.fasta) i datoteke s komentarima (.gff3) blisko povezanih vrsta
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
*Ovdje prikazani demo rezultati su iz genoma objavljenih uz Biomarker Technologies
1. Procjena vremena umetanja LTR: Slika prikazuje jedinstvenu bimodalnu distribuciju vremena umetanja LTR-RTs u genom Weiningove raži, u usporedbi s drugim vrstama.Najnoviji vrhunac pojavio se prije otprilike 0,5 milijuna godina.
Li Guang i dr.,Nature Genetics, 2021
2. Analiza filogenije i obitelji gena na čajotu (Sechium edule): Analizom čajote i drugih 13 srodnih vrsta u obitelji gena, Chayote je najteže povezan sa zmijom (Trichosanthes anguina).Chayote dobiven iz zmijske tikve u razdoblju od oko 27-45 Mya, a udvostručenje cijelog genoma (WGD) primijećeno je u čajotu u 25±4 Mya, što je treći događaj WGD-a u cucuibitaceae.
Fu A i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021
3.Synteny analiza: Neki geni povezani s fitohormonima u razvoju voća pronađeni su u čajotu, zmijskoj tikvi i tikvicama.Korelacija između čajote i tikve nešto je veća od one između čajote i zmijske tikve.
Fu A i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021
4. Analiza obitelji gena: obogaćivanje KEGG-a na ekspanziju i kontrakciju obitelji gena u genomima G.thurberi i G.davidsonii pokazalo je da su geni povezani s biosintezom steroida i biosintezom brasinosteroida prošireni.
Yang Z i dr.,BMC biologija, 2021
5. Analiza dupliciranja cijelog genoma: Analiza distribucije 4DTV i Ks pokazala je događaj dupliciranja cijelog genoma.Vrhovi intraspecijskih događaja koji pokazuju duplikaciju.Vrhovi interspecijskih prikazanih događaja specijacije.Analiza je pokazala da je u usporedbi s ostale tri blisko povezane vrste, O. europaea nedavno prošla kroz dupliciranje gena velikih razmjera.
Rao G i dr.,Istraživanje hortikulture, 2021
BMK slučaj
Ruža bez bodlji: genomski uvidi povezani s prilagodbom vlage
Objavljeno: National Science Review, 2021
Strategija sekvenciranja:
'Basye'sBez trna' (R.Wichurainan) genom:
Cca.93 X PacBio + cca.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Ključni rezultati
1. Visokokvalitetni genom R.wichuraiana konstruiran je korištenjem tehnika dugotrajnog sekvenciranja, koje daju skup od 530,07 Mb (procijenjena veličina genoma bila je približno 525,9 Mb protočnom citometrijom i 525,5 Mb ispitivanjem genoma； Heterozigotnost je bila oko 1,03%).BUSCO procijenjeni rezultat bio je 93,9%.Uspoređujući sa "starim rumenilom" (haploOB), kvaliteta i cjelovitost ovog genoma potvrđena je osnovnom jednobaznom preciznošću i LTR indeksom sklopa (LAI=20,03).Genom R.wichuraiana sadrži 32 674 gena koji kodiraju proteine.
2. Zajednička multi-omika analiza, koja se sastoji od komparativne genomike, transkriptomike, QTL analize genetske populacije, otkrila je ključnu specijaciju između R. wichuraiana i Rosa chinensis.Također, varijacije ekspresije srodnih gena u QTL-u vjerojatno su povezane s uzorkom bodljikavih stabljika.
Usporedna genomska analiza između Basye;s Thornless i Rosa chinensis, uključujući analizu sintenije, familiju gena, analizu ekspanzije i kontrakcije, otkrila je veliki broj varijacija, koje se odnose na ključne osobine ruža.Jedinstveno širenje obitelji gena NAC i FAR1/FRS vrlo je vjerojatno povezano s otpornošću na crnu pjegavost.
Usporedna genomska analiza između BT i haploOB genoma.
Zhong, M., et al.“Ruža bez bodlji: genomski uvidi povezani s prilagodbom vlage”National Science Review, 2021;, nwab092.
