circRNA sekvenciranje-Illumina
Značajke
● Deplecija rRNA praćena usmjerenom pripremom biblioteke, omogućavajući sekvenciranje podataka koji su specifični za lanac.
● Bioinformatički tijek rada omogućuje predviđanje circRNA i kvantifikaciju ekspresije
Prednosti usluge
●Sveobuhvatnije RNA biblioteke:mi koristimo depleciju rRNA umjesto linearne deplecije RNA u našoj pripremi prije biblioteke, osiguravajući da podaci sekvenciranja ne uključuju samo circRNA nego i mRNA i lncRNA, omogućujući zajedničku analizu ovih skupova podataka
●Izborna analiza konkurentskih endogenih RNA (ceRNA) mreža: pružanje dubljeg uvida u stanične regulacijske mehanizme
●Opsežna stručnost: s iskustvom u obradi preko 20 000 uzoraka u BMK-u, obuhvaćajući različite tipove uzoraka i lncRNA projekte, naš tim unosi bogato iskustvo u svaki projekt.
●Rigorozna kontrola kvalitete: implementiramo ključne kontrolne točke u svim fazama, od pripreme uzorka i biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike.Ovaj pedantan nadzor osigurava isporuku dosljedno visokokvalitetnih rezultata.
● Podrška nakon prodaje: Naša predanost proteže se i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim servisnim razdobljem nakon prodaje.Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja povezana s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i isporuka
| Knjižnica | Platforma | Preporučeni podaci | QC podataka |
| Poli A obogaćen | Ilumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Zahtjevi za uzorke:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | Za biljke: RIN≥6,5; Za životinje: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva osnovna elevacija |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● Životinja:
Srce ili crijeva: 450 mg
Utroba ili mozak: 240 mg
Mišić: 600 mg
Kosti, kosa ili koža: 1,5 g
● Člankonošci:
Insekti: 9g
Ljuskarice: 450 mg
● Puna krv:2 cijevi
● Ćelije: 106 Stanice
● Serum i plazma: 6 mL
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke je potrebno zapakirati u vrećice i zakopati u suhi led.
2. RNAstable epruvete: RNA uzorci se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
ekstrakcija RNA
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
predviđanje circRNA: kromosomska distribucija
Diferencijalno izražene circRNAs – grafikon vulkana
Diferencijalno izražene circRNA – hijerarhijsko grupiranje
Funkcionalno obogaćivanje gena domaćina circRNA
Istražite napredak u istraživanju omogućen BMKGeneovim uslugama sekvenciranja circRNA kroz odabranu zbirku publikacija.
Wang, X. i sur.(2021) 'CPSF4 regulira stvaranje circRNA i utišavanje gena posredovano mikroRNA u hepatocelularnom karcinomu', Oncogene 2021 40:25, 40(25), str. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. i sur.(2023) 'Transkriptom koji reagira na X oo otkriva ulogu kružne RNA133 u otpornosti na bolesti reguliranjem ekspresije OsARAB-a u riži', Phytopathology Research, 5(1), str. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/SLIKE/6.
Y, H. i sur.(2023) 'CPSF3 modulira ravnotežu kružnih i linearnih transkripata u hepatocelularnom karcinomu'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. i sur.(2023.) 'Sveobuhvatna procjena circRNA u cirotičnoj kardiomiopatiji prije i nakon transplantacije jetre', International Immunopharmacology, 114, str.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
