BMKMANU S1000 prostorni transkriptom
Tehnička shema prostornog transkriptoma BMKMANU S1000
Prednosti BMKMANU S1000
1) Podstanična rezolucija: Svako područje snimanja sadržavalo je >2 milijuna prostornih točaka s crtičnim kodom promjera 2,5 µm i razmakom od 5 µm između središta točaka, što je omogućilo prostornu analizu transkriptoma s substaničnom rezolucijom (5 µm).
2) Analiza razlučivosti na više razina: Fleksibilna analiza na više razina u rasponu od 100 μm do 5 μm za razlučivanje različitih značajki tkiva uz optimalnu razlučivost.
3) Sveobuhvatno profiliranje transkriptoma: Transkripti snimljeni s cijelog slajda tkiva mogu se analizirati, bez ograničenja broja ciljnih gena i ciljnog područja.
Specifikacije usluge
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučen izlaz podataka |
| S1000 cDNA biblioteka | BMKMANU S1000-Illumina PE150 | 60 Gb/uzorak |
Zahtjevi za uzorke
| Uzorak | Broj | Veličina | Kvaliteta RNA |
| OCT ugrađeni blok tkiva | 2-3 bloka/ uzorak | Cca.6,8x6,8x6,8 mm3 | RIN≥7 |
Za više pojedinosti o smjernicama za pripremu uzoraka i tijeku rada usluge, slobodno razgovarajte s aBMKGENE stručnjak
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
Predeksperiment
Prostorno barkodiranje
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Podaci koje generira BMKMANU S1000 analiziraju se pomoću softvera "BSTMatrix", koji je neovisno dizajnirao BMKGENE, uključujući:
1) Generiranje matrice ekspresije gena
2) HE obrada slike
3) Kompatibilan s daljnjim softverom treće strane za analizu
4) Mrežni “BSTViewer” pomaže u dobivanju rezultata vizualizacije u različitim rezolucijama.
1.Grupiranje mjesta
2.Prostorni raspored
Note: Razlučivostrazina=13 (100 µm, lijevo); 7 (50 µm, desno)
3. Toplotna karta obilja izraza markera
4. Analiza podataka među uzorcima
