10x Genomics Visium prostorni transkriptom
Značajke
● Razlučivost: 100 µM
● Promjer točke: 55 µM
● Broj mjesta: 4992
● Područje snimanja: 6,5 x 6,5 mm
● Svaka točka s crtičnim kodom napunjena je početnim slojevima koji se sastoje od 4 odjeljka:
- poli(dT) rep za mRNA priming i cDNA sintezu
- Jedinstveni molekularni identifikator (UMI) za ispravljanje pristranosti pojačanja
- Prostorni bar kod
- Vezuća sekvenca parcijalnog očitavanja 1 početnice sekvenciranja
● H&E bojenje rezova
Prednosti
●Usluga na jednom mjestu: integrira sve korake temeljene na iskustvu i vještinama, uključujući krio-presjeke, bojenje, optimizaciju tkiva, prostorno barkodiranje, pripremu knjižnice, sekvenciranje i bioinformatiku.
● Visoko kvalificiran tehnički tim: s iskustvom u više od 250 vrsta tkiva i 100+ vrsta uključujući ljude, miševe, sisavce, ribe i biljke.
●Ažuriranje cijelog projekta u stvarnom vremenu: s potpunom kontrolom eksperimentalnog napretka.
●Sveobuhvatna standardna bioinformatika:paket uključuje 29 analiza i 100+ visokokvalitetnih slika.
●Prilagođena analiza podataka i vizualizacija: dostupno za različite istraživačke zahtjeve.
●Izborna zajednička analiza s jednostaničnim sekvenciranjem mRNA
Tehnički podaci
| Zahtjevi za uzorke | Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| OCT-ugrađeni krio uzorci, FFPE uzorci (Optimalan promjer: cca. 6x6x6 mm3) 3 bloka po uzorku | 10X Visium cDNA biblioteka | Ilumina PE150 | 50K PE čitanja po mjestu (60 Gb) | RIN>7 |
Za više pojedinosti o smjernicama za pripremu uzoraka i tijeku rada usluge, slobodno razgovarajte s aBMKGENE stručnjak
Tijek rada usluge
U fazi pripreme uzorka izvodi se početno ispitivanje masovne ekstrakcije RNA kako bi se osiguralo da se može dobiti visokokvalitetna RNA.U fazi optimizacije tkiva rezovi se boje i vizualiziraju te se optimiziraju uvjeti permeabilizacije za oslobađanje mRNA iz tkiva.Optimizirani protokol se zatim primjenjuje tijekom izgradnje knjižnice, nakon čega slijedi sekvenciranje i analiza podataka.
Cjeloviti radni tijek usluge uključuje ažuriranja u stvarnom vremenu i potvrde klijenata kako bi se održala brza petlja povratnih informacija, čime se osigurava glatka izvedba projekta.
Uključuje sljedeću analizu:
Kontrola kvalitete podataka:
o Izlaz podataka i distribucija ocjene kvalitete
o Detekcija gena po mjestu
o Pokrivenost tkiva
Analiza unutarnjeg uzorka:
o Bogatstvo gena
o Spot grupiranje, uključujući analizu smanjenih dimenzija
o Diferencijalna analiza ekspresije između klastera: identifikacija marker gena
o Funkcionalna anotacija i obogaćivanje marker gena
Međugrupna analiza
o Ponovna kombinacija točaka iz oba uzorka (npr. bolesnog i kontrolnog) i ponovno grupiranje
o Identifikacija marker gena za svaki klaster
o Funkcionalna anotacija i obogaćivanje marker gena
o Diferencijalni izraz istog klastera između grupa
Analiza unutarnjeg uzorka
Grupiranje mjesta
Identifikacija marker gena i prostorna distribucija
Inter-grupna analiza
Kombinacija podataka iz obje grupe i ponovno grupiranje
Markerski geni novih klastera
Istražite napredak koji omogućuje usluga prostorne transkriptomije BMKGene od strane 10X Visiuma U ovim istaknutim publikacijama:
Chen, D. i sur.(2023) 'mthl1, potencijalni homolog Drosophile adhezijskih GPCR-ova sisavaca, uključen je u antitumorske reakcije na ubrizgane onkogene stanice kod muha', Zbornik radova Nacionalne akademije znanosti Sjedinjenih Američkih Država, 120(30), str.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. i sur.(2023) 'STEEL omogućuje ocrtavanje prostorno-vremenskih transkriptomskih podataka visoke razlučivosti', Briefings in Bioinformatics, 24(2), str. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. i sur.(2022) 'Prostorno-vremenski atlas organogeneze u razvoju cvjetova orhideja', Nucleic Acids Research, 50(17), str. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. i sur.(2023) 'Integriranje prostorne transkriptomike i jednojezgrenog sekvenciranja RNA otkriva potencijalne terapijske strategije za leiomiom maternice', Međunarodni časopis bioloških znanosti, 19(8), str. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
