METAGENOMICS
Ua kom tiav, kaw cov kab mob genomes los ntawm microbiomes siv nanopore sequencing
Nanopor Sequencing |Metagenomics |MAG |Kab mob genome ncig |Lub plab microbiota
Qhov tseem ceeb
1.Ib txoj kev tshiab los rho tawm cov kab mob DNA ntev tau nthuav tawm hauv txoj kev tshawb no, uas tau ua tiav kev rho tawm ntawm microgram ntawm ntshiab, HMW DNA haum rau kev nyeem ntev ntev los ntawm 300 mg ntawm cov quav.
2.Ib qho kev sib dhos ua haujlwm, Tshuab dhos, tau qhia hauv txoj kev tshawb no, qhov MAGs tau sib sau ua ke los ntawm kev nyeem ntev thiab kho los ntawm kev nyeem luv luv.
3. Tshuab dhos tau soj ntsuam los ntawm kev sib xyaw ua ke.7 ntawm 12 tus kab mob tau ua tiav rau hauv ib qho kab mob thiab 3 tau sib sau ua plaub los yog tsawg dua contigs.
4. Tshuab dhos tau ntxiv rau cov qauv quav, uas tau tsim 20 lub voj voog ncig, suav nrog Prevotella copri thiab tus neeg sib tw Cibiobacter sp., uas tau paub tias yog nplua nuj nyob hauv cov noob caj noob ces.
Kev Ua Tau Zoo
Extraction protocol for HWM DNA
Kev nyeem ntawv ntev ntev raws li kev tshawb fawb gut metagenomic tau raug kev txom nyem ntev los ntawm hardness hauv extracting siab molecular hnyav (HMW) DNA los ntawm cov quav.Nyob rau hauv txoj kev tshawb no, ib tug enzyme-raws li kev cai extraction raws tu qauv tau qhia kom tsis txhob ntau shearing los ntawm hlaws beating nyob rau hauv ib txwm txoj kev.Raws li pom nyob rau hauv daim duab hauv qab no, cov qauv raug kho thawj zaug nrog ib qho dej cawv ntawm cov enzymes, suav nrog lytic enzyme, MetaPolyzyme, thiab lwm yam kom degrade cell phab ntsa.Tso tawm DNA tau muab rho tawm los ntawm Phenol-chloroform system, ua raws li Proteinase K thiab RNase A kev zom zaub mov, kem-raws li purification thiab SPRI loj xaiv.Txoj kev no tau tswj hwm kom tau txais micrograms ntawm HMW DNA los ntawm 300 m ntawm cov quav, uas ua tiav cov ntawv nyeem ntev raws li qhov xav tau ntawm ob qho tib si zoo thiab kom muaj nuj nqis.
Figure 1. HWM DNA extraction scheme
Scheme flow of Tshuab dhos
Raws li tau piav qhia hauv daim duab hauv qab no, Tshuab dhos muaj cov txheej txheem uas twb muaj lawm ntawm cov txheej txheem kev hu xov tooj siv Guppy.Ob lub rooj sib tham ntev ntev yog tom qab ntawd tsim los ntawm Flye thiab Canu sib cais ua raws los ntawm kev kuaj pom tsis raug thiab tshem tawm.Ob lub rooj sib txoos yog merged nrog quickmerge.Thaum sib koom ua ke, cov rooj sib txoos loj ntawm qib megabase tom qab ntawd raug kuaj xyuas rau kev ncig.Tom qab ntawd, kev pom zoo kho dua tshiab ntawm cov rooj sib txoos no tau ua tiav nrog luv luv nyeem.Thaum kawg cov kab mob sib sau ua ke tau ua tiav rau qhov kawg mis-assembly tshawb pom thiab tshem tawm.
Daim duab 2. Scheme ntws ntawm tshuab dhos los ua ke
Kev ntsuam xyuas ntawm Tshuab dhos nrog cov kab mob sib xyaw
Tus qauv ATCC 12-hom kev sib xyaw ua ke suav nrog cov kab mob Gram-positive thiab Gram-negative tau ua haujlwm los ntsuas qhov ua tau zoo ntawm nanopore sequencing platform thiab Tshuab dhos hauv MAG sib dhos.Tag nrho ntawm 30.3 Gb cov ntaub ntawv tau tsim los ntawm nanopore platform nrog N50 ntawm 5.9 kb.Lub tshuab dhos tau txhim kho kev sib dhos N50 rau 1.6 txog 4-fold piv rau lwm cov cuab yeej sib dhos ntev thiab 2 txog 9-fold piv rau cov cuab yeej sib dhos hybridd.Ntawm 12 kab mob genomes, xya tau sib sau ua ke rau hauv ib qho contigs (Daim duab 3. Circos nrog cov dot dub).Peb ntxiv tau sib sau ua plaub los yog tsawg dua contigs, uas feem ntau tsis tiav kev sib dhos muaj 83% ntawm cov genome hauv ib qho contig.
Daim duab 3. Genome assemblies nyob rau hauv ib tug txhais 12 hom kab mob sib tov
Kev siv lub tshuab dhos hauv cov qauv quav
Txoj kev no tau siv ntxiv rau tib neeg cov quav hauv cov qauv txhawm rau txhawm rau sib piv cov kab mob kev txheeb xyuas thiab kev sib koom ua ke rau cov txheej txheem uas twb muaj lawm, nyeem-huab thiab tshawb xyuas luv luv.Los ntawm peb cov qauv kev koom tes, qhov tshiab enzyme-raws li extraction yielded tsawg kawg yog 1 μg ib 300 mg ntawm input mass.Nanopore sequencing ntawm cov HMW DNA tsim cov ntawv nyeem ntev nrog N50 ntawm 4.7 kb, 3.0kb thiab 3.0kb feem.Qhov tseem ceeb, txoj kev tam sim no tau pom muaj peev xwm zoo hauv kev tshawb nrhiav microbial piv rau cov txheej txheem uas twb muaj lawm.Kev sib txawv ntawm hom alpha ntau dua tau pom ntawm no piv rau luv luv nyeem thiab nyeem-huab.Ntxiv mus, tag nrho cov genera los ntawm kev tshawb xyuas luv luv, txawm tias feem ntau lysis-resistant Gram-zoo kab mob, tau zoo los ntawm txoj kev no.
Daim duab 4. Alpha ntau haiv neeg thiab taxanomic Cheebtsam txiav txim los ntawm Nanopore, luv-nyeem ntawv thiab nyeem-cloud method
Lub tshuab dhos tau txais txiaj ntsig ntev dua tag nrho ntawm N50 dua li luv-nyeem thiab nyeem-huab sib dhos, txawm tias muaj peb-rau-rau-fold qis ntawm cov ntaub ntawv raw.Draft genomes tau tsim los ntawm contig binning, nyob rau hauv uas cov ntawv sau tau muab faib ua "zoo" lossis "ib nrab" raws li kev ua tiav, kev sib kis, ib daim ntawv theej core genes, thiab lwm yam. Ntev-nyeem sib dhos qhia ntau dua contiguity ntawm tus nqi qis dua piv rau luv-nyeem thiab nyeem-huab.
Daim duab 5. Per-organism assembly contiguity ntawm txhua txoj kev
Ntxiv mus, tam sim no los ua ke mus kom ze yog muaj peev xwm los tawm los kaw, ncig genomes.Nyob rau hauv cov quav kuaj, yim zoo, ib leeg-contig genomes tau sib sau ua ke thiab tsib ntawm cov ua tiav percise circularization.Kev nyeem ntawv ntev kuj tseem qhia tau tias muaj peev xwm los daws cov ntsiab lus rov ua dua hauv genomes.CircularizedP. coprigenome tau tsim los ntawm txoj hauv kev no, uas tau paub tias muaj qib siab ntawm kev rov ua ntu zus.Kev sib dhos zoo tshaj plaws ntawm cov genome no los ntawm luv-nyeem thiab nyeem-huab tsis tau tshaj N50 ntawm 130 kb, txawm tias muaj qhov tob ntawm 4800X.Cov ntawv luam siab ntawm cov ntsiab lus no tau daws tag nrho los ntawm kev nyeem ntawv ntev, uas feem ntau pom ntawm cov ntsiab lus ntawm kev nyeem luv luv lossis nyeem cov huab sib dhos.Lwm qhov kaw genome tau tshaj tawm nyob rau hauv txoj kev tshawb no, uas tau ntseeg tias yog ib tug tswv cuab ntawm tsis ntev los no tau piav qhiaCibiobacteriaclade.Tsib putative phage tau txheeb xyuas nyob rau hauv lub kaw lus kaw no, xws li ntawm 8.5 txog 65.9 kb.
Daim duab 6. Circos daim duab ntawm kaw genomes ntawm P.copri thiab Cibiobacter sp.
Kev siv
Moss, EL, Maghini, DG, & Bhatt, AS (2020).Ua kom tiav, kaw cov kab mob genomes los ntawm microbiomes siv nanopore sequencing.Ntuj biotechnology,38(6), 701-707.
Tech thiab Highlights Lub hom phiaj ntawm kev sib koom ua tiav daim ntawv thov tam sim no ntawm kev sib txawv high-throughput sequencing technologies nyob rau hauv ntau yam reseach arena nrog rau cov tswv yim ci ntsa iab hauv kev sim tsim thiab cov ntaub ntawv mining.
Post lub sij hawm: Jan-07-2022