MICROBIAL ECOLOGY
Kev siv zog ua liaj ua teb txo qis microbial network complexity thiab kev nplua nuj ntawm keystone taxa hauv cov hauv paus hniav
Full-length Amplicon Sequencing (ITS) |PacBio HIFI
Qhov tseem ceeb
AKev siv zog ua liaj ua teb tau dhau los ua teeb meem ntau ntxiv vim nws qhov kev cuam tshuam ib puag ncig xws li kev siv cov khoom noj tsis zoo, kev siv dej hauv av, kev ua kom cov av tsis zoo, thiab lwm yam. Lwm txoj kev ua liaj ua teb suav nrog kev ua liaj ua teb tsis muaj qoob loo thiab cov organic ua liaj ua teb tau dav siv los txo cov kev puas tsuaj.Microbial zej zog plays lub luag haujlwm tseem ceeb hauv kev tsim khoom thiab kev ruaj khov ntawm agroecosystem.Txawm li cas los xij, nws tsis paub meej tias kev ua liaj ua teb sib txawv cuam tshuam li cas hauv paus microbiota.
Kev sim tsim
Kev sim
SCov roj thiab hauv paus (DNA) cov qauv yog los ntawm cov nplej teb los ntawm 60 ua liaj ua teb ua liaj ua teb (20 txhua)
Grouping: 1. Convention (nrog tillage);2. Convention (tsis-tillage);3. Organic farmland
Sequencing lub tswv yim: Full-length amplicon sequencing (ITS)
Primers: ITS1F-ITS4 (tsom mus rau tag nrho ITS cheeb tsam ~ 630 bp)
Sequence platform: PacBio RS II
Bioinformatic Analysis
Cov txiaj ntsig
On nruab nrab ntawm 357 OTUs tau txheeb xyuas ib qhov chaw thiab tag nrho ntawm 837 OTUs ntawm tag nrho 60 qhov chaw.Alpha ntau haiv neeg ntawm cov hauv paus fungal cov zej zog tsis qhia qhov txawv ntawm peb txoj kev ua liaj ua teb.Txawm li cas los xij, peb pawg sib txawv tau tsim nyob rau hauv kev txheeb xyuas kev sib txawv ntawm beta, qhia tias muaj kev cuam tshuam zoo ntawm kev ua liaj ua teb ntawm cov hauv paus fungal hauv zej zog cov qauv.
Daim duab 1. Alpha diversity (Shannon Performance index thiab zej zog muaj pes tsawg leeg) thiab beta diversity tsom xam (canonical tsom xam ntawm tus thawj tswj xyuas) ntawm cov hauv paus fungal zej zog
Ten keystone taxa tau txhais raws li tag nrho cov network ntawm fungal cov zej zog thoob plaws peb txoj kev ua liaj ua teb: sab saum toj 10 nodes nrog qib siab tshaj plaws, siab tshaj plaws hauv nruab nrab thiab qis nruab nrab nruab nrab ntawm qhov nruab nrab raug xaiv.Xya ntawm lawv tau mus rau mycorrhizal xaj.
Daim duab 2. Zuag qhia tag nrho ntawm cov hauv paus fungal zej zog ntawm peb txoj kev ua liaj ua teb
Farming-system tshwj xeeb tes hauj lwm qhia tau hais tias muaj kev sib txuas ntau dua hauv cov organic network nrog ob zaug ntxiv cov npoo thiab ntau qhov sib txuas ntau dua li tsis muaj-txog thiab cov qauv sib txuas.Ntxiv mus, cov organic ua liaj ua teb network harbored ntau keystone taxa (pob zeb diamond) piv rau tus so, uas txhawb nws complexity thiab connectivity.
Daim duab 3. Kev ua liaj ua teb tshwj xeeb hauv paus fungal tes hauj lwm
AKev sib raug zoo tsis zoo ntawm kev siv ua liaj ua teb thiab hauv paus fungal network txuas tau pom.Kev txheeb xyuas hav zoov Random qhia cov tsav tsheb tseem ceeb ntawm keystone taxa: av phosphorus, bulk ntom, pH thiab mycorrhizal colonization.
Daim duab 4. Kev ua liaj ua teb siv zog thiab kev sib txuas hauv network thoob plaws peb txoj kev ua liaj ua teb (A thiab B);Kev txheeb xyuas hav zoov Random (C) thiab Kev sib raug zoo ntawm kev siv ua liaj ua teb thiab AMF colonization (D)
Technology
Full-length amplicon sequencing
As "Tsim Thib Peb Kev Sib Tw" los rau theem, cov kev txwv hauv cheeb tsam tsom thiab teeb meem hauv de novo lub rooj sib tham tau kov yeej.Pacific Bioscience (PacBio) tau ua tiav qhov kev nyeem cov kab ke mus rau kaum ntawm kilobases, uas tso cai rau peb kom tau txais kev nyeem tag nrho ntawm 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) hauv cov kab mob lossis 18S rRNA (1,500 bp-2,00) thiab thaj chaw (400 bp-900 bp) hauv eukaryotics.Kev nthuav dav ntawm cov noob caj noob ces zoo heev txhim kho qhov kev daws teeb meem ntawm hom annotation thiab cov noob ua haujlwm.Qhov teeb meem kev txhawj xeeb ntev ntawm qhov tseeb tau raug daws los ntawm PacBio CCS kev kho tus kheej, uas tsim HIFI nyeem nrog ntau dua 99% kev nyeem ntawv raug.
Kev ua tau zoo hauv OTU annotation
Tua kom muaj txiaj ntsig zoo ntawm kev nyeem ntawv ntev thiab siab dhau los, qhov tseeb ntawm cov lus piav qhia tuaj yeem nce siab thiab ua tiav "qib hom" daws teeb meem hauv kev txheeb xyuas microbial.
Kev siv
Banerjee, Samiran, et al."Kev siv zog ua liaj ua teb txo qis microbial network complexity thiab kev nplua nuj ntawm keystone taxa hauv cov hauv paus hniav."ISME Journal (2019).
Tech thiab Highlights Lub hom phiaj ntawm kev sib koom ua tiav daim ntawv thov tsis ntev los no ntawm kev sib txawv high-throughput sequencing technologies nyob rau hauv ntau yam reseach arena nrog rau cov tswv yim ci ntsa iab hauv kev sim tsim thiab cov ntaub ntawv mining.
Post lub sij hawm: Jan-08-2022