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Nroj Tsuag / Tsiaj De novo Genome Sequencing
De novsequencing yog hais txog kev tsim kho ntawm ib hom genome tag nrho siv cov thev naus laus zis sib txuas, xws li PacBio, Nanopore, NGS, thiab lwm yam, thaum tsis muaj kev siv genome.Qhov kev txhim kho zoo kawg nkaus hauv kev nyeem ntawv ntev ntawm peb tiam thib peb cov thev naus laus zis tau coj cov hauv kev tshiab hauv kev sib sau cov genomes nyuaj, xws li cov uas muaj heterozygosity siab, siab piv ntawm cov cheeb tsam rov ua dua, polyploids, thiab lwm yam. Nrog kev nyeem ntev ntawm kaum ntawm qib kilobases, cov kev sib txuas lus no ua rau daws cov ntsiab lus rov ua dua, cov cheeb tsam nrog cov ntsiab lus GC txawv txav thiab lwm thaj chaw nyuaj heev.
Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
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Hi-C raws li Genome Assembly
Hi-C yog ib txoj hauv kev tsim los ntes chromosome configuration los ntawm kev sib txuas kev soj ntsuam kev sib thooj-raws li kev sib cuam tshuam thiab kev sib tw siab.Kev siv ntawm cov kev sib cuam tshuam no tau ntseeg tias muaj kev cuam tshuam tsis zoo nrog lub cev nyob deb ntawm chromosomes.Yog li ntawd, cov ntaub ntawv Hi-C tuaj yeem coj cov pawg, kev txiav txim thiab kev taw qhia ntawm cov kab ke sib sau ua ke hauv cov txheej txheem genome thiab khi rau cov uas mus rau qee cov chromosomes.Cov thev naus laus zis no txhawb nqa lub chromosome-theem genome los ua ke thaum tsis muaj pej xeem raws li daim ntawv qhia caj ces.Txhua tus genome xav tau Hi-C.
Platform: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
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Evolutionary noob caj noob ces
Evolutionary noob caj noob ces yog ib qho kev pab cuam sib txuas tsim los muab kev txhais lus dav dav ntawm cov ntaub ntawv hloov pauv ntawm cov khoom siv raws li kev hloov pauv caj ces, suav nrog SNPs, InDels, SVs thiab CNVs.Nws muab tag nrho cov kev txheeb xyuas tseem ceeb uas yuav tsum tau piav qhia txog cov kev hloov pauv hloov pauv thiab cov yam ntxwv ntawm caj ces ntawm cov pej xeem, xws li cov qauv pej xeem, kev sib txawv ntawm caj ces, kev sib raug zoo ntawm phylogeny, thiab lwm yam.
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Sib piv Genomics
Kev sib piv genomics txhais tau hais tias sib piv cov genome ua tiav thiab cov qauv ntawm ntau hom.Qhov kev qhuab qhia no yog tsom rau kev nthuav tawm hom kev hloov pauv, kev ua haujlwm ntawm noob caj noob ces, kev tswj hwm cov txheej txheem ntawm qib genome los ntawm kev txheeb xyuas cov kab ke sib txuas thiab cov ntsiab lus uas tau khaws cia lossis sib txawv ntawm ntau hom.Kev sib piv genomics txoj kev tshawb no suav nrog kev txheeb xyuas hauv tsev neeg gene, evolutionary txoj kev loj hlob, tag nrho genome duplication, xaiv lub siab, thiab lwm yam.
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Kev ntsuam xyuas Segregant
Bulked Segregant Analysis (BSA) yog ib txoj hauv kev siv los txheeb xyuas cov phenotype txuam nrog cov cim caj ces.Lub luag haujlwm tseem ceeb ntawm BSA muaj xaiv ob pawg ntawm cov tib neeg uas muaj kev tawm tsam phenotypes, sib sau cov DNA ntawm txhua tus neeg los ua ob feem ntawm DNA, txheeb xyuas qhov sib txawv ntawm ob lub pas dej.Cov txheej txheem no tau siv dav hauv kev txheeb xyuas cov cim caj ces muaj feem cuam tshuam los ntawm cov noob hom phiaj hauv cov nroj tsuag / tsiaj genomes.
