लघु आरएनए अनुक्रमण-इलुमिना
सेवा लाभ
● 5' छोर पर पहले आधार में विशिष्ट आरएनए प्राप्त करने के लिए यू के लिए एक मजबूत प्राथमिकता है
● miRNA लक्ष्य जीन भविष्यवाणी
● डेटा का उपयोग mRNA के साथ संयुक्त विश्लेषण करने के लिए किया जाता है
● miRNA विभेदक अभिव्यक्ति
● miRNA लक्ष्य जीन भविष्यवाणी
● BMKCloud-आधारित परिणाम वितरण: प्लेटफ़ॉर्म पर अनुकूलित डेटा-माइनिंग उपलब्ध है
● बिक्री के बाद की सेवाएं परियोजना के पूरा होने पर 3 महीने के लिए वैध हैं
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | प्लैटफ़ॉर्म | अनुशंसित डेटा | डेटा क्यूसी |
| एसआरएनए | इलुमिना SE50 | 10M/20M पढ़ता है | Q30≥85% |
नमूना आवश्यकताएँ:
न्यूक्लियोटाइड्स:
| सांद्र(एनजी/μl) | मात्रा (μg) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 80 | ≥ 0.5 | ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 जेल पर सीमित या कोई प्रोटीन या डीएनए संदूषण नहीं दिखाया गया है। | पौधों के लिए: RIN≥7.5; जानवरों के लिए: RIN≥8.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
*5 मिलीग्राम से छोटे ऊतक के लिए, हम फ्लैश फ्रोजन (तरल नाइट्रोजन में) ऊतक का नमूना भेजने की सलाह देते हैं।
सेल निलंबन: सेल गिनती = 3×107
*हम जमे हुए सेल लाइसेट को शिप करने की सलाह देते हैं।यदि वह सेल 5×10 से छोटा है5, तरल नाइट्रोजन में फ़्लैश जमे हुए की सिफारिश की जाती है।
खून के नमूने:
पीए×जीनब्लडआरएनएट्यूब;
6mLTRIzol और 2mL रक्त (TRIzol:Blood=3:1)
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर:
2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फ़ॉइल अनुशंसित नहीं है)
नमूना लेबलिंग: समूह+प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3;बी1, बी2, बी3... ...
शिपमेंट:
1. सूखी बर्फ: नमूनों को बैग में पैक करके सूखी बर्फ में दबा देना चाहिए।
2.आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (उदाहरण के लिए आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान में भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिज़ाइन
नमूना वितरण
आरएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएँ
बायोइनफॉरमैटिक्स
1.miRNA पहचान
miRDeep2 द्वारा पूर्वानुमानित नवीन miRNAs के प्रत्येक उम्मीदवार अग्रदूत के पास इसकी संरचना और अनुक्रमण गहराई को दर्शाने वाला एक पीडीएफ चित्र है।
miRNA अग्रदूत संरचना और अनुक्रमण गहराई
2.DE-miRNA लक्षित जीनों का KEGG संवर्धन
इस सत्र में, बायोमार्कर ने सबसे पहले जांच की कि क्या रास्ते DE-miRNA लक्षित जीन के साथ अति-प्रस्तुति हैं।संवर्धन कारक और फिशर परीक्षण को संवर्धन की डिग्री और मार्ग के महत्व के निर्धारण में लागू किया गया था।संवर्धन गणना का समीकरण नीचे दिखाया गया है।
DE-miRNA लक्षित जीन पर KEGG मार्ग संवर्धन
3. DE-miRNA लक्षित जीन पर GO संवर्धन विश्लेषण
क्लस्टरप्रोफाइलर को DE-miRNA लक्षित जीन पर GO संवर्धन विश्लेषण में नियोजित किया गया था।शब्दों की पदानुक्रमित संरचना को दिखाने के लिए समृद्ध शब्दों का निर्देशित चक्रीय ग्राफ तैयार किया गया था।चित्र में, तीरों की दिशा शब्दों के बीच समावेशन संबंधों को दर्शाती है, यानी नोड्स उनके ऊपरी नोड्स की तुलना में अधिक विशिष्ट हैं।DE-miRNA लक्षित जीन का निर्देशित एसाइलिक ग्राफ नीचे दिए गए चित्र में दिखाया गया था।
TopGO ने DE-miRNA लक्षित जीनों का चक्रीय ग्राफ़ निर्देशित किया
बीएमके मामला
MiRNA और मांस की गुणवत्ता से जुड़े जीन के एकीकृत विश्लेषण से पता चलता है कि Gga-MiR-140-5p मुर्गियों में इंट्रामस्क्युलर वसा जमाव को प्रभावित करता है
प्रकाशित:सेलुलर फिजियोलॉजी और जैव रसायन,2018
मुख्य परिणाम
देर से अंडे देने की अवधि वाली मुर्गियों ने किशोर मुर्गियों की तुलना में miRNAs के कम वैश्विक अभिव्यक्ति स्तर का प्रदर्शन किया।
मिरना-एमआरएनए का एक नियामक नेटवर्क बनाया गया जो मांस की गुणवत्ता को प्रभावित कर सकता है
gga-miR-140-5p RXRG को कम करके एडिपोसाइट विभेदन को बढ़ावा देता है।
 GGA-miR-140-5p RXRG के 3'UTR को लक्षित करके चिकन इंट्रामस्क्युलर पेरीडिपोसाइट भेदभाव को बढ़ावा देता है |
संदर्भ
झांग एम, ली डीएच, ली एफ, एट अल।MiRNA और मांस की गुणवत्ता से जुड़े जीन के एकीकृत विश्लेषण से पता चलता है कि Gga-MiR-140-5p मुर्गियों में इंट्रामस्क्युलर वसा जमाव को प्रभावित करता है [जे]।सेल्युलर फिजियोलॉजी और बायोकैमिस्ट्री, 2018:2421-2433।डीओआई: 10.1159/000489649
