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क्रोमैटिन इम्यूनोप्रेसिपिटेशन सीक्वेंसिंग (चिप-सीक)
ChIP-Seq हिस्टोन संशोधन, प्रतिलेखन कारकों और अन्य डीएनए से जुड़े प्रोटीन के लिए डीएनए लक्ष्यों की जीनोम-वाइड प्रोफाइलिंग प्रदान करता है।यह विशिष्ट प्रोटीन-डीएनए कॉम्प्लेक्स को पुनर्प्राप्त करने के लिए क्रोमैटिन इम्यूनो-वर्षा (चिप) की चयनात्मकता को, पुनर्प्राप्त डीएनए के उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण के लिए अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (एनजीएस) की शक्ति के साथ जोड़ती है।इसके अतिरिक्त, क्योंकि प्रोटीन-डीएनए कॉम्प्लेक्स जीवित कोशिकाओं से पुनर्प्राप्त होते हैं, बंधन स्थलों की तुलना विभिन्न प्रकार की कोशिकाओं और ऊतकों में या विभिन्न परिस्थितियों में की जा सकती है।अनुप्रयोग ट्रांसक्रिप्शनल विनियमन से लेकर विकासात्मक मार्गों से लेकर रोग तंत्र और उससे आगे तक होते हैं।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक प्लेटफ़ॉर्म
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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग -एनजीएस
मेटाजेनोम का तात्पर्य जीवों के मिश्रित समुदाय की कुल आनुवंशिक सामग्री के संग्रह से है, जैसे कि पर्यावरणीय मेटाजेनोम, मानव मेटाजेनोम, आदि। इसमें खेती योग्य और अनुपयोगी दोनों सूक्ष्मजीवों के जीनोम शामिल हैं।मेटागेनोमिक अनुक्रमण एक आणविक उपकरण है जिसका उपयोग पर्यावरणीय नमूनों से निकाली गई मिश्रित जीनोमिक सामग्रियों का विश्लेषण करने के लिए किया जाता है, जो प्रजातियों की विविधता और प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फ़ाइलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन और पर्यावरणीय कारकों के साथ सहसंबंध नेटवर्क में विस्तृत जानकारी प्रदान करता है।
प्लैटफ़ॉर्म:इलुमिना नोवासेक प्लेटफार्म
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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग-नैनोपोर
मेटागेनोमिक्स एक आणविक उपकरण है जिसका उपयोग पर्यावरणीय नमूनों से निकाली गई मिश्रित जीनोमिक सामग्रियों का विश्लेषण करने के लिए किया जाता है, जो प्रजातियों की विविधता और प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फ़ाइलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन और पर्यावरणीय कारकों के साथ सहसंबंध नेटवर्क आदि के बारे में विस्तृत जानकारी प्रदान करता है। नैनोपोर अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म हाल ही में पेश किया गया है मेटागेनोमिक अध्ययन के लिए।पढ़ने की लंबाई में इसका उत्कृष्ट प्रदर्शन काफी हद तक डाउन स्ट्रीम मेटागेनोमिक विश्लेषण, विशेष रूप से मेटाजेनोम असेंबली को बढ़ाता है।रीड-लेंथ का लाभ उठाते हुए, नैनोपोर-आधारित मेटागेनोमिक अध्ययन शॉट-गन मेटागेनोमिक्स की तुलना में अधिक निरंतर असेंबली प्राप्त करने में सक्षम है।यह प्रकाशित किया गया है कि नैनोपोर-आधारित मेटागेनोमिक्स ने माइक्रोबायोम्स (मॉस, ईएल, एट अल) से सफलतापूर्वक पूर्ण और बंद जीवाणु जीनोम उत्पन्न किया।नेचर बायोटेक, 2020)
प्लैटफ़ॉर्म:नैनोपोर प्रोमेथियन P48
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संपूर्ण जीनोम बिसल्फाइट अनुक्रमण
साइटोसिन (5-एमसी) में पांचवें स्थान पर डीएनए मिथाइलेशन का जीन अभिव्यक्ति और सेलुलर गतिविधि पर मौलिक प्रभाव पड़ता है।असामान्य मिथाइलेशन पैटर्न कैंसर जैसी कई स्थितियों और बीमारियों से जुड़े हुए हैं।WGBS एकल आधार रिज़ॉल्यूशन पर जीनोम-वाइड मिथाइलेशन का अध्ययन करने के लिए स्वर्ण मानक बन गया है।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक प्लेटफ़ॉर्म
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उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण (एटीएसी-सीक्यू) के साथ ट्रांसपोज़ेज़-सुलभ क्रोमैटिन के लिए परख
ATAC-seq जीनोम-वाइड क्रोमैटिन पहुंच के विश्लेषण के लिए एक उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण विधि है, जो जीन अभिव्यक्ति के वैश्विक एपिजेनेटिक नियंत्रण के लिए महत्वपूर्ण है।हाइपरएक्टिव Tn5 ट्रांसपोज़ेज़ द्वारा अनुक्रमण एडेप्टर को खुले क्रोमैटिन क्षेत्रों में डाला जाता है।पीसीआर प्रवर्धन के बाद, एक अनुक्रमण पुस्तकालय का निर्माण किया जाता है।सभी खुले क्रोमैटिन क्षेत्रों को एक विशिष्ट स्थान-समय की स्थिति के तहत प्राप्त किया जा सकता है, न केवल प्रतिलेखन कारक की बाध्यकारी साइटों या एक निश्चित हिस्टोन संशोधित क्षेत्र तक सीमित है।
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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-पैकबायो
16एस और 18एस आरआरएनए पर सबयूनिट जिसमें अत्यधिक संरक्षित और हाइपर-वेरिएबल दोनों क्षेत्र शामिल हैं, प्रोकैरियोटिक और यूकेरियोटिक जीवों की पहचान के लिए एक आदर्श आणविक फिंगरप्रिंट है।अनुक्रमण का लाभ उठाते हुए, इन एम्प्लीकॉन्स को संरक्षित भागों के आधार पर लक्षित किया जा सकता है और माइक्रोबियल विविधता विश्लेषण, वर्गीकरण, फाइलोजेनी आदि को कवर करने वाले अध्ययनों में योगदान देने वाले माइक्रोबियल पहचान के लिए हाइपर-वेरिएबल क्षेत्रों को पूरी तरह से चित्रित किया जा सकता है। एकल-अणु वास्तविक समय (एसएमआरटी) ) PacBio प्लेटफ़ॉर्म की अनुक्रमण अत्यधिक सटीक लंबी रीडिंग प्राप्त करने में सक्षम बनाता है, जो पूर्ण-लंबाई एम्प्लिकॉन (लगभग 1.5 Kb) को कवर कर सकता है।आनुवंशिक क्षेत्र के व्यापक दृष्टिकोण ने बैक्टीरिया या कवक समुदाय में प्रजातियों के एनोटेशन में संकल्प को काफी बढ़ाया है।
प्लैटफ़ॉर्म:पैकबियो सीक्वल II
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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-एनजीएस
16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन अनुक्रमण का उद्देश्य हाउसकीपिंग जेनेटिक मार्करों के पीसीआर उत्पादों की जांच करके माइक्रोबियल समुदाय में फाइलोजेनी, वर्गीकरण और प्रजातियों की प्रचुरता को प्रकट करना है, जिसमें अत्यधिक संवादी और हाइपरवेरिएबल दोनों भाग शामिल हैं।वोएसेस एट अल (1977) द्वारा इन संपूर्ण आणविक फिंगरप्रिंट की शुरूआत अलगाव-मुक्त माइक्रोबायोम प्रोफाइलिंग को सशक्त बनाती है।16एस (बैक्टीरिया), 18एस (कवक) और आंतरिक प्रतिलेखित स्पेसर (आईटीएस, कवक) का अनुक्रमण प्रचुर प्रजातियों के साथ-साथ दुर्लभ और अज्ञात प्रजातियों दोनों की पहचान की अनुमति देता है।यह तकनीक विभिन्न वातावरणों, जैसे मानव मुंह, आंतों, मल इत्यादि में विभेदक माइक्रोबियल संरचना की पहचान करने में व्यापक रूप से लागू और प्रमुख उपकरण बन गई है।
प्लैटफ़ॉर्म:इलुमिना नोवासेक प्लेटफार्म
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बैक्टीरियल और फंगल संपूर्ण जीनोम पुनः अनुक्रमण
ज्ञात जीवाणु और कवक के जीनोम को पूरा करने के साथ-साथ कई जीनोम की तुलना करने या नए जीवों के जीनोम को मैप करने के लिए बैक्टीरिया और फंगल पूरे जीनोम पुन: अनुक्रमण एक महत्वपूर्ण उपकरण है।सटीक संदर्भ जीनोम उत्पन्न करने, माइक्रोबियल पहचान और अन्य तुलनात्मक जीनोम अध्ययन करने के लिए जीवाणु और कवक के संपूर्ण जीनोम को अनुक्रमित करना बहुत महत्वपूर्ण है।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक प्लेटफ़ॉर्म
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PacBio-पूर्ण लंबाई 16S/18S/ITS एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग
एम्प्लिकॉन (16एस/18एस/आईटीएस) प्लेटफॉर्म माइक्रोबियल विविधता परियोजना विश्लेषण में वर्षों के अनुभव के साथ विकसित किया गया है, जिसमें मानकीकृत बुनियादी विश्लेषण और वैयक्तिकृत विश्लेषण शामिल है: बुनियादी विश्लेषण वर्तमान माइक्रोबियल अनुसंधान की मुख्यधारा विश्लेषण सामग्री को कवर करता है, विश्लेषण सामग्री समृद्ध और व्यापक है, और विश्लेषण परिणाम परियोजना रिपोर्ट के रूप में प्रस्तुत किए जाते हैं;वैयक्तिकृत विश्लेषण की सामग्री विविध है।व्यक्तिगत आवश्यकताओं को साकार करने के लिए नमूनों का चयन किया जा सकता है और बुनियादी विश्लेषण रिपोर्ट और अनुसंधान उद्देश्य के अनुसार मापदंडों को लचीले ढंग से सेट किया जा सकता है।विंडोज़ ऑपरेटिंग सिस्टम, सरल और तेज़।
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PacBio-पूर्ण लंबाई प्रतिलेख (गैर-संदर्भ)
पैसिफिक बायोसाइंसेज (पैकबियो) आइसोफॉर्म अनुक्रमण डेटा को इनपुट के रूप में लेते हुए, यह ऐप पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्ट अनुक्रम (असेंबली के बिना) की पहचान करने में सक्षम है।संदर्भ जीनोम के विरुद्ध पूर्ण-लंबाई अनुक्रमों को मैप करके, प्रतिलेखों को ज्ञात जीन, प्रतिलेख, कोडिंग क्षेत्रों आदि द्वारा अनुकूलित किया जा सकता है। इस मामले में, एमआरएनए संरचनाओं की अधिक सटीक पहचान, जैसे वैकल्पिक स्प्लिसिंग, आदि प्राप्त की जा सकती है।एनजीएस ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण डेटा के साथ संयुक्त विश्लेषण ट्रांसक्रिप्ट स्तर पर अभिव्यक्ति में अधिक व्यापक एनोटेशन और अधिक सटीक मात्रा का ठहराव सक्षम बनाता है, जो बड़े पैमाने पर डाउनस्ट्रीम अंतर अभिव्यक्ति और कार्यात्मक विश्लेषण को लाभ देता है।
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कम प्रतिनिधित्व बिसल्फाइट अनुक्रमण (आरआरबीएस)
डीएनए मिथाइलेशन अनुसंधान हमेशा रोग अनुसंधान में एक गर्म विषय रहा है, और यह जीन अभिव्यक्ति और फेनो-टाइपिक लक्षणों से निकटता से संबंधित है।आरआरबीएस डीएनए मिथाइलेशन अनुसंधान के लिए एक सटीक, कुशल और किफायती तरीका है।एंजाइमैटिक क्लीवेज (एमएसपी I) द्वारा प्रमोटर और सीपीजी द्वीप क्षेत्रों का संवर्धन, बिसल्फ़ाइट अनुक्रमण के साथ मिलकर, उच्च रिज़ॉल्यूशन डीएनए मेथिलिकरण का पता लगाता है।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक प्लेटफ़ॉर्म
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प्रोकैरियोटिक एमआरएनए अनुक्रमण
एमआरएनए अनुक्रमण विशिष्ट परिस्थितियों में कोशिकाओं के भीतर सभी एमआरएनए प्रतिलेखों की व्यापक प्रोफाइलिंग को सशक्त बनाता है।यह अत्याधुनिक तकनीक एक शक्तिशाली उपकरण के रूप में कार्य करती है, जो जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल, जीन संरचनाओं और विविध जैविक प्रक्रियाओं से जुड़े आणविक तंत्र का अनावरण करती है।मौलिक अनुसंधान, नैदानिक निदान और दवा विकास में व्यापक रूप से अपनाया गया, एमआरएनए अनुक्रमण सेलुलर गतिशीलता और आनुवंशिक विनियमन की जटिलताओं में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।हमारा प्रोकैरियोटिक एमआरएनए नमूना प्रसंस्करण प्रोकैरियोटिक ट्रांसक्रिप्टोम के लिए तैयार किया गया है, जिसमें आरआरएनए कमी और दिशात्मक पुस्तकालय तैयारी शामिल है।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक एक्स
