उत्पादों

बायोइनफॉरमैटिक्स

1.एमआरएनए (डेनोवो) असेंबली का सिद्धांत

ट्रिनिटी द्वारा, रीड्स को छोटे-छोटे टुकड़ों में विभाजित किया जाता है, जिन्हें के-मेर के नाम से जाना जाता है।फिर इन के-मर्स का उपयोग बीजों के रूप में किया जाता है, जिन्हें कंटीग्स में विस्तारित किया जाता है और फिर कॉन्टिग ओवरलैपिंग के आधार पर घटक बनाया जाता है।अंत में, घटकों में प्रतिलेखों को पहचानने के लिए डी ब्रुइज़न को यहां लागू किया गया था।

एमआरएनए (डी नोवो) ट्रिनिटी का अवलोकन

2.एमआरएनए (डी नोवो) जीन अभिव्यक्ति स्तर का वितरण

RNA-Seq जीन अभिव्यक्ति का अत्यधिक संवेदनशील अनुमान प्राप्त करने में सक्षम है।आम तौर पर, प्रतिलेख अभिव्यक्ति एफपीकेएम की पता लगाने योग्य सीमा 10^-2 से 10^6 तक होती है

प्रत्येक नमूने में एफपीकेएम घनत्व का एमआरएनए (डी नोवो) वितरण

3.एमआरएनए (डी नोवो) डीईजी का संवर्धन विश्लेषण करें

जीओ (जीन ओन्टोलॉजी) डेटाबेस एक संरचित जैविक एनोटेशन प्रणाली है जिसमें जीन और जीन उत्पाद कार्यों की एक मानक शब्दावली होती है।इसमें कई स्तर होते हैं, जहां स्तर जितना कम होगा, कार्य उतने ही अधिक विशिष्ट होंगे।

दूसरे स्तर पर डीईजी का एमआरएनए (डी नोवो) जीओ वर्गीकरण

बीएमके मामला

प्याज में बल्ब की सूजन और विकास के दौरान सुक्रोज चयापचय का ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण (एलियम सेपा एल.)

प्रकाशित: पादप विज्ञान में सीमाएँ，2016

अनुक्रमण रणनीति

इलुमिना हाईसेक2500

नमूना संग्रह

इस अध्ययन में यूटा येलो स्वीट स्पेन किस्म "Y1351" का उपयोग किया गया था।एकत्र किये गये नमूनों की संख्या थी
बल्ब की सूजन (डीएएस) के 15वें दिन (2-सेमी व्यास और 3-4 ग्राम वजन), 30वें दिन (5-सेमी व्यास और 100-110 ग्राम वजन), और 40वें दिन पर ∼3 (7-सेमी व्यास और वजन) 260-300 ग्राम)।

मुख्य परिणाम

1. वेन आरेख में, विकासात्मक चरणों के सभी तीन जोड़े में कुल 146 डीईजी का पता लगाया गया था
2. "कार्बोहाइड्रेट परिवहन और चयापचय" का प्रतिनिधित्व केवल 585 स्वदेशी लोगों (यानी, एनोटेटेड सीओजी का 7%) द्वारा किया गया था।
3. जीओ डेटाबेस में सफलतापूर्वक एनोटेट किए गए यूनिजेन्स को बल्ब विकास के तीन अलग-अलग चरणों के लिए तीन प्रमुख श्रेणियों में वर्गीकृत किया गया था।"जैविक प्रक्रिया" प्रमुख श्रेणी में सबसे अधिक प्रतिनिधित्व "चयापचय प्रक्रिया" का था, उसके बाद "सेलुलर प्रक्रिया" का स्थान था।"आण्विक कार्य" की मुख्य श्रेणी में सबसे अधिक प्रतिनिधित्व वाली दो श्रेणियां "बाध्यकारी" और "उत्प्रेरक गतिविधि" थीं।

ऑर्थोलॉगस समूहों (सीओजी) वर्गीकरण के समूहों का हिस्टोग्राम	तीन विकासात्मक चरणों में बल्बों से प्राप्त यूनिजीन के लिए जीन ऑन्टोलॉजी (जीओ) वर्गीकरण का हिस्टोग्राम
वेन आरेख प्याज के बल्ब के विकास के किन्हीं दो चरणों में भिन्न रूप से व्यक्त जीन को दर्शाता है