जीनोम इवोल्यूशन, पैंजेनोम
पैन-जीनोम क्या है?
संचित साक्ष्यों से पता चलता है कि किसी प्रजाति के विभिन्न उपभेदों के बीच अंतर बहुत बड़ा हो सकता है।एक एकल जीनोम किसी एक प्रजाति की आनुवंशिक जानकारी की पूरी तस्वीर हासिल करने के लिए पर्याप्त नहीं है।पैन-जीनोम अध्ययन का उद्देश्य किसी प्रजाति का अधिक व्यापक जीनोमिक ग्राफ प्राप्त करना और कई उपभेदों की जीनोम डे नोवो असेंबली आयोजित करके लक्षणों और आनुवंशिक कोड के बीच संबंधों को डिकोड करना है, जो विविधताओं के गहन और व्यापक खनन की अनुमति देता है।
पैन-जीनोम अध्ययन के रुझान
चित्र 1 पैन-जीनोम के प्रकाशित शोध पत्रों के रुझान।
नोट: यह आंकड़ा प्रकृति, कोशिका और विज्ञान श्रृंखला पत्रिकाओं में प्रकाशित लेखों के शीर्षकों को खोजने के लिए मुख्य शब्द के रूप में "पैन-जीनोम" लेने का परिणाम दिखाता है।
एक।एकाधिक नमूनों से पढ़े गए को एक संदर्भ के साथ संरेखित किया जाता है और असंरेखित नमूनों को उपन्यास कॉन्टिग्स में इकट्ठा किया जाता है।इन नवीन प्रसंगों को मूल संदर्भ अनुक्रम में जोड़कर, एक पैन्जेनोम संदर्भ का निर्माण किया जा सकता है।डिस्पेंसेबल क्षेत्रों का निर्धारण पैन्जेनोम में सभी रीड्स की मैपिंग के आधार पर किया जाता है।
बी।कई परिग्रहणों के जीनोम की डी नोवो असेंबली डिस्पेंसेबल जीनोमिक क्षेत्रों की पहचान करने के लिए पूरे जीनोम संरेखण दृष्टिकोण की अनुमति देती है।
सी।एक पैन-जीनोम ग्राफ का निर्माण पूरे जीनोम संरेखण से या डे नोवो ग्राफ असेंबली द्वारा किया जा सकता है, जो ग्राफ के माध्यम से अद्वितीय पथों के रूप में डिस्पेंसेबल क्षेत्रों की भिन्न जानकारी को कुशलतापूर्वक संग्रहीत करता है।
पैन-जीनोम का निर्माण कैसे करें?
चित्र 2 पैन-जीनोम दृष्टिकोण की तुलना1
एक।एकाधिक नमूनों से पढ़े गए को एक संदर्भ के साथ संरेखित किया जाता है और असंरेखित नमूनों को उपन्यास कॉन्टिग्स में इकट्ठा किया जाता है।इन नवीन प्रसंगों को मूल संदर्भ अनुक्रम में जोड़कर, एक पैन्जेनोम संदर्भ का निर्माण किया जा सकता है।डिस्पेंसेबल क्षेत्रों का निर्धारण पैन्जेनोम में सभी रीड्स की मैपिंग के आधार पर किया जाता है।
बी।कई परिग्रहणों के जीनोम की डी नोवो असेंबली डिस्पेंसेबल जीनोमिक क्षेत्रों की पहचान करने के लिए पूरे जीनोम संरेखण दृष्टिकोण की अनुमति देती है।
सी।एक पैन-जीनोम ग्राफ का निर्माण पूरे जीनोम संरेखण से या डे नोवो ग्राफ असेंबली द्वारा किया जा सकता है, जो ग्राफ के माध्यम से अद्वितीय पथों के रूप में डिस्पेंसेबल क्षेत्रों की भिन्न जानकारी को कुशलतापूर्वक संग्रहीत करता है।
हाल ही में प्रकाशित पैन-जीनोम
● बलात्कार पैन-जीनोम2
● टमाटर पैन-जीनोम 3
● चावल पैन-जीनोम4
● सूरजमुखी पैन-जीनोम5
● सोयाबीन पैन-जीनोम 6
● चावल पैन-जीनोम7
● जौ पैन-जीनोम8
● गेहूं पैन-जीनोम9
● सोरघम पैन-जीनोम10
● फाइटोप्लांकटन पैन-जीनोम11
संदर्भ
1. बायर पीई, गोलिक्ज़ एए, शेबेन ए, बैटली जे, एडवर्ड्स डी. प्लांट पैन-जीनोम नए संदर्भ हैं।नट पौधे.2020;6(8):914-920।doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. सॉन्ग जेएम, गुआन जेड, हू जे, एट अल।आठ उच्च-गुणवत्ता वाले जीनोम पैन-जीनोम वास्तुकला और ब्रैसिका नेपस के पारिस्थितिक प्रकार के भेदभाव को प्रकट करते हैं।नट पौधे.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. गाओ एल, गोंडा I, सन एच, एट अल।टमाटर पैन-जीनोम नए जीन और फलों के स्वाद को नियंत्रित करने वाले एक दुर्लभ एलील को उजागर करता है।नेट जेनेट.2019;51(6):1044-1051।doi:10.1038/s41588-019-0410-2
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11. फैन एक्स, किउ एच, हान डब्ल्यू, एट अल।फाइटोप्लांकटन पैन्जेनोम विविध कार्यों के व्यापक प्रोकैरियोटिक क्षैतिज जीन स्थानांतरण का खुलासा करता है।विज्ञान सलाहकार.2020;6(18):eaba0111.प्रकाशित 2020 अप्रैल 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
पोस्ट समय: जनवरी-04-2022