2021 में, BMKGENE ने 31 डी नोवो जीनोम शोध को 320 से अधिक कुल प्रभाव कारकों के साथ उच्च प्रभाव वाली पत्रिकाओं में सफलतापूर्वक प्रकाशित किया। 15 लेख सह-लेखक थे, उनमें से 4 BMKGENE द्वारा पहले लेखक के रूप में सह-लेखक थे।
वर्ष 2022 की शुरुआत के ठीक बाद, क्रमशः "नेचुरल जेनेटिक्स" और "मॉलिक्यूलर प्लांट" जर्नल पर दो शोध लेख प्रकाशित हो चुके हैं।वे हैं, "अत्यधिक विषमयुग्मजी लीची जीनोम से दो भिन्न हैप्लोटाइप प्रारंभिक और देर से परिपक्व होने वाली किस्मों के लिए स्वतंत्र पालतूकरण की घटनाओं का सुझाव देते हैं" (लीची जीनोम अनुसंधान, कॉलेज ऑफ हॉर्टिकल्चर, दक्षिण चीन कृषि विश्वविद्यालय और वैज्ञानिक सहयोगियों द्वारा संचालित, नेचुरल जेनेटिक्स पर प्रकाशित। ), और "एजिलॉप्स की पांच सिटोप्सिस प्रजातियों के जीनोम अनुक्रम और पॉलीप्लॉइड गेहूं बी-सबजीनोम की उत्पत्ति" (पांच सिटोप्सिस प्रजातियों के जीनोम, नॉर्थईस्ट नॉर्मल यूनिवर्सिटी के प्रोफेसर बाओ लियू की शोध टीम द्वारा संचालित)।हम इन दोनों लेखों की समीक्षा भी करेंगे और अपने पाठकों के साथ साझा करेंगे।
अब, आइए बीएमके और हमारी सहयोगी सुविधाओं द्वारा सह-लेखक 2021 में प्रकाशित उत्कृष्ट शोध लेखों पर एक नज़र डालें।
पादप जीनोम - बहु-प्रजातियों पर निर्णायक प्रगति।
1. एक उच्च गुणवत्ता वाली जीनोम असेंबली राई जीनोमिक विशेषताओं और कृषि संबंधी महत्वपूर्ण जीनों पर प्रकाश डालती है
सहयोगित सुविधा: हेनान कृषि विश्वविद्यालय
जर्नल: नेचुरल जेनेटिक्स
प्रभाव कारक: 38.31
इस परियोजना में, एक विशिष्ट चीनी राई किस्म, वेनिंग राई के जीनोम को अनुक्रमित किया गया था।एकत्रित कंटिग्स (7.74 जीबी) अनुमानित जीनोम आकार (7.86 जीबी) का 98.47% था, जिसमें 93.67% कंटिग्स (7.25 जीबी) सात गुणसूत्रों को सौंपा गया था।एकत्रित जीनोम में दोहराव वाले तत्व 90.31% थे।वेनिंग असेंबली के आगे के विश्लेषणों ने जीनोम-वाइड जीन दोहराव और स्टार्च बायोसिंथेसिस जीन पर उनके प्रभाव, जटिल प्रोलामिन लोकी के भौतिक संगठन, जीन अभिव्यक्ति में अंतर्निहित प्रारंभिक शीर्षक विशेषता और राई में अनुमानित पालतू-संबंधी क्रोमोसोमल क्षेत्रों और लोकी पर नई रोशनी डाली।यह जीनोम अनुक्रम राई और संबंधित अनाज फसलों में जीनोमिक और प्रजनन अध्ययन में तेजी लाने का वादा करता है।
2. बिना कांटे वाला गुलाब: नमी अनुकूलन से जुड़ी जीनोमिक अंतर्दृष्टि
सहयोगित सुविधा: कुनमिंग वनस्पति विज्ञान संस्थान, चीनी विज्ञान अकादमी
जर्नल: राष्ट्रीय विज्ञान समीक्षा
प्रभाव कारक: 17.273
इस परियोजना में, 'बासेज़ थॉर्नलेस' (बीटी, रोज़ा विचुरियाना की एक चुभन-मुक्त किस्म), 'ओल्ड ब्लश' (ओबी, गुलाब पालतू बनाने में एक संस्थापक जीनोटाइप), उनके एफ1 संकर और बीसीएफ1 के नमूने एकत्र किए गए थे।और स्टेम प्रिकल विकास से संबंधित आनुवंशिक तत्वों की पहचान करने के लिए एक उच्च गुणवत्ता वाली संदर्भ जीनोम असेंबली तैयार की गई थी।जीनोम का आकार लगभग 530.6 एमबी है।इकट्ठे जीनोम की गुणवत्ता को सत्यापित करने के लिए, आनुवंशिक मानचित्र तुलना, BUSCO, NGS रीड्स रीअसेंबली, ओबी हैप्लोटाइप के साथ तुलना, अनुक्रमण आधार त्रुटि दर नियंत्रण और जीनोम-वाइड एलटीआर असेंबली इंडेक्स वैल्यू चेक (एलएआई = 20.03) जैसे विश्लेषण आयोजित किए गए थे।इस शोध से स्टेम प्रिकल्स के जटिल वंशानुक्रम पैटर्न और नियामक तंत्र का पता चलता है और हमें गुलाब जीव विज्ञान और महत्वपूर्ण लक्षणों से जुड़े आणविक मार्करों का अध्ययन करने के लिए एक आधार और उपन्यास संसाधन प्रदान किए गए हैं।
3.कुकुमिस में संश्लेषित एलोपॉलीप्लोइड्स का संपूर्ण-जीनोम अनुक्रम एलोपॉलीप्लोइडाइजेशन के जीनोम विकास में अंतर्दृष्टि प्रकट करता है
सहयोगित सुविधा: नानजिंग कृषि विश्वविद्यालय
जर्नल: उन्नत विज्ञान
प्रभाव कारक: 16.801
इस अध्ययन में ककड़ी (सी. सैटिवस, 2एन = 14) और इसकी जंगली सापेक्ष प्रजातियों (सी. हिस्ट्रिक्स, 2एन = 24) और उसके बाद के गुणसूत्र दोहराव के बीच अंतरविशिष्ट संकरण का उपयोग करके प्राप्त सिंथेटिक एलोटेट्राप्लोइड के उच्च गुणवत्ता वाले जीनोम की सूचना दी गई, जो कि पहला है पूरी तरह से अनुक्रमित सिंथेटिक एलोपॉलीप्लॉइड।जीनोम की असेंबली ने "PacBio+BioNano+Hi-C+इलुमिना" अनुक्रमण के वर्कफ़्लो को लागू किया, जिसके परिणामस्वरूप जीनोम का आकार 530.8Mb और contig N50 = 6.5Mb हो गया।रीड्स को 19 स्यूडोक्रोमोसोम और सबजेनोम को सौंपा गया था।परिणामों ने संकेत दिया कि जीनोम दोहराव के बजाय संकरण, परमाणु और सीपी जीनोम दोनों में अधिकांश जीनोमिक परिवर्तनों का कारण बनता है।इसने सुझाव दिया कि निश्चित हेटेरोज़ायोसिटी सी. × हाइटिवस को बढ़े हुए तनाव अनुकूलन के साथ प्रदान करती है।परिणाम पौधों के पॉलीप्लोइडी विकास में नई अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं और भविष्य की फसलों के लिए एक संभावित प्रजनन रणनीति प्रदान करते हैं।
4. तुलनात्मक जीनोम विश्लेषण ट्रांसपोसॉन मध्यस्थता जीनोम विस्तार और कपास में 3डी जीनोमिक फोल्डिंग की विकासवादी वास्तुकला पर प्रकाश डालता है।
सहयोगित सुविधा: हुआज़ोंग कृषि विश्वविद्यालय
जर्नल: आण्विक जीवविज्ञान और विकास
प्रभाव कारक: 16.242
इस परियोजना में तीन कपास प्रजातियों के जीनोम को इकट्ठा करने के लिए नैनोपोर अनुक्रमण का उपयोग किया गया: गॉसिपियम रोटुन्डिफोलियम (K2, जीनोम का आकार = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. आर्बोरियम (A2, जीनोम का आकार = 1.62Gb, contigN50 = 11.69Mb), और जी. रायमोंडी (डी5, जीनोम आकार = 0.75जीबी, कॉन्टिगएन50 = 17.04 जीबी)।तीनों जीनोमों में से 99% से अधिक को हाई-सी के माध्यम से इकट्ठा किया गया था।BUSCO विश्लेषण के परिणाम क्रमशः 92.5%, 93.9% और 95.4% हैं।इन सभी संख्याओं ने संकेत दिया कि तीन असेंबली जीनोम संदर्भ-ग्रेड हैं।तुलनात्मक जीनोम विश्लेषण ने बड़े जीनोम आकार के अंतर में योगदान देने वाले वंश-विशिष्ट टीई प्रवर्धन के विवरण का दस्तावेजीकरण किया।यह अध्ययन पौधों में उच्च-क्रम क्रोमैटिन संरचना के विकास में ट्रांसपोसॉन-मध्यस्थता जीनोम विस्तार की भूमिका पर प्रकाश डालता है।
5. बायोमास फसल मिसेंथस लुटारियोरिपेरियस जीनोम का क्रोमोसोम-स्केल संयोजन और विश्लेषण
सहयोगित सुविधा: आणविक पादप विज्ञान में उत्कृष्टता के लिए सीएएस केंद्र
जर्नल: नेचर कम्युनिकेशंस
प्रभाव कारक: 14.912
इस परियोजना ने ऑक्सफ़ोर्ड नैनोपोर अनुक्रमण और हाय-सी प्रौद्योगिकियों के संयोजन से मिसेंथस लुटारियोरिपेरियस जीनोम की एक गुणसूत्र-पैमाने पर असेंबली की सूचना दी।2.07 जीबी असेंबली 96.64% जीनोम को कवर करती है, जिसमें 1.71 एमबी का एन50 शामिल है।कुल अनुक्रमों का लगभग 94.30% 19 स्यूडोक्रोमोसोम में आधारित था।बीएसी अनुक्रम, एलएआई मूल्यांकन, बुस्को मूल्यांकन, एनजीएस डेटा के साथ पुन: संयोजन, ट्रांसक्रिप्टोम डेटा के पुन: संयोजन के साथ तुलना के माध्यम से, जीनोम का मूल्यांकन उच्च गुणवत्ता और निरंतरता के रूप में किया गया था।एम. लुटारियोरिपेरियस की एलोटेट्राप्लोइड उत्पत्ति की पुष्टि सेंट्रोमेरिक उपग्रह दोहराव का उपयोग करके की जाती है।एम. लुटारियोरिपेरियस के अग्रानुक्रम डुप्लिकेट जीन न केवल तनाव प्रतिक्रिया से संबंधित, बल्कि कोशिका दीवार जैवसंश्लेषण से संबंधित कार्यात्मक रूप से समृद्ध हैं।जीन डुप्लिकेट संभवतः C4 प्रकाश संश्लेषण में भूमिका निभाते हैं और कम तापमान पर मिसेंथस C4 प्रकाश संश्लेषण में योगदान करते हैं।शोध ने बारहमासी पौधों के अध्ययन के लिए महत्वपूर्ण संदर्भ प्रदान किया।
6. एक गुणसूत्र-स्तरीय कैम्पटोथेका एक्यूमिनटा जीनोम असेंबली कैम्पटोथेसिन जैवसंश्लेषण के विकासवादी मूल में अंतर्दृष्टि प्रदान करती है
सहयोगित सुविधा: सिचुआन विश्वविद्यालय
जर्नल: नेचर कम्युनिकेशंस
प्रभाव कारक: 14.912
इस परियोजना ने एक उच्च-गुणवत्ता, गुणसूत्र-स्तरीय सी. एक्यूमिनटा जीनोम असेंबली की सूचना दी, जिसका जीनोम आकार 414.95Mb और contingN50 1.47Mb है।हमने पाया कि सी. एक्यूमिनटा एक स्वतंत्र संपूर्ण-जीनोम दोहराव का अनुभव करता है और इससे प्राप्त कई जीन कैंप्टोथेसिन जैवसंश्लेषण से संबंधित हैं।इसलिए, LAMT जीन का कार्यात्मक विचलन और दो SLAS जीन का सकारात्मक विकास, दोनों ने C. एक्यूमिनटा में कैंप्टोथेसिन जैवसंश्लेषण में बहुत योगदान दिया।परिणामों ने द्वितीयक मेटाबोलाइट के विकासवादी मूल में आनुवंशिक परिवर्तनों की पहचान करने में उच्च गुणवत्ता वाले जीनोम असेंबली के महत्व पर जोर दिया।
7.एलील-परिभाषित जीनोम कसावा विकास के दौरान द्विवार्षिक विभेदन को प्रकट करता है
सहयोगित सुविधा: चीनी उष्णकटिबंधीय कृषि विज्ञान अकादमी
जर्नल: आण्विक पौधा
प्रभाव कारक: 13.162
इस परियोजना ने पैसिफ़िक बायोसाइंसेज (PacBio) अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म का उपयोग करके contigN50 1.1Mb के साथ कसावा के लिए एक संदर्भ जीनोम इकट्ठा किया।BUSCO, LAI सूचकांक और उच्च-घनत्व आनुवंशिक मानचित्र द्वारा मूल्यांकन के बाद, इकट्ठे जीनोम को संदर्भ-ग्रेड के रूप में पुष्टि की जाती है।निरर्थक क्षेत्रों की पहचान की गई और हाई-सी लिंक का उपयोग करके 18 स्यूडोक्रोमोसोम पर कंटिग्स को एंकर किया गया।कसावा के लिए यह उच्च-गुणवत्ता और एलील-परिभाषित संदर्भ जीनोम समजात गुणसूत्रों पर भिन्न द्वि-एलील की पहचान करने में मूल्यवान है, जो द्वि-एलील और उनके अंतर्निहित विकासवादी ड्राइविंग बलों के भेदभाव और अभिव्यक्ति प्रभुत्व का पता लगाने की अनुमति देता है।इसने कसावा और अन्य अत्यधिक विषमयुग्मजी फसलों में प्रजनन रणनीतियों को नवीनीकृत करने की सुविधा प्रदान की।
8. पॉलाउनियास के तेजी से विकास और पॉलाउनिया चुड़ैलों के झाड़ू के गठन में जीनोमिक अंतर्दृष्टि
सहयोगित सुविधा: हेनान कृषि विश्वविद्यालय
जर्नल: आण्विक पौधा
प्रभाव कारक: 13.162
इस परियोजना ने 511.6 एमबी आकार के पॉलाउनिया फॉर्च्यून के उच्च गुणवत्ता वाले परमाणु जीनोम को इकट्ठा किया, जिसमें 93.2% अनुक्रम 20 स्यूडोक्रोमोसोम से जुड़े हुए थे।C3 प्रकाश संश्लेषण और क्रसुलेसियन एसिड चयापचय मार्ग को एकीकृत करके उच्च प्रकाश संश्लेषक दक्षता प्राप्त की जाती है, जिसने पाउलाउनिया पेड़ों की अत्यधिक तेज़ वृद्धि की आदत में योगदान दिया हो सकता है।कार्यात्मक विश्लेषणों के साथ संयुक्त PaWB फाइटोप्लाज्मा के अतिरिक्त जीनोम अनुक्रमण ने संकेत दिया कि प्रभावकार PaWB-SAP54 सीधे पॉलाउनिया PfSPLa के साथ संपर्क करता है, जो बदले में ubiquitin-मध्यस्थ मार्ग द्वारा PfSPLa के क्षरण का कारण बनता है और चुड़ैलों के झाड़ू के गठन की ओर जाता है।डेटा ने पाउलोनियस के जीव विज्ञान और PaWB के गठन के लिए नियामक तंत्र में महत्वपूर्ण अंतर्दृष्टि प्रदान की।
पशु जीनोम - प्रजातियों के विकास की गहरी अंतर्दृष्टि
1. नॉटिलस पोम्पिलियस का जीनोम आंखों के विकास और जैव-खनिजीकरण को प्रकाशित करता है
सहयोगित सुविधा: दक्षिण चीन सागर समुद्र विज्ञान संस्थान, CAS
जर्नल: प्राकृतिक पारिस्थितिकी और विकास
प्रभाव कारक: 15.462
इस परियोजना ने नॉटिलस पोम्पिलियस के लिए एक संपूर्ण जीनोम प्रस्तुत किया।इसमें अनुक्रमित सेफलोपोड्स के बीच न्यूनतम जीनोम है, जो contigN50 = 1.1Mb के साथ 730.58Mb है।BUSCO मूल्यांकन परिणाम 91.31% है।ट्रांसक्रिपटोम, प्रोटीओम, जीन परिवार और फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण के साथ संयुक्त, इस जीनोम ने सेफलोपॉड नवाचारों पर एक मौलिक संदर्भ प्रदान किया, जैसे कि पिनहोल आंख और बायोमिनरलाइज़ेशन।अनुसंधान ने संकेत दिया कि हॉक्स जीन क्लस्टर की पूर्णता पर क्षति मोलस्क के खोल के गायब होने से संबंधित हो सकती है।महत्वपूर्ण रूप से, जीन हानि, विशिष्ट जीन परिवारों के स्वतंत्र संकुचन और विस्तार और उनके संबंधित नियामक नेटवर्क सहित कई जीनोमिक नवाचारों ने संभवतः नॉटिलस पिनहोल आंख के विकास को आकार दिया।नॉटिलस जीनोम ने मौजूदा सेफलोपोड्स को आकार देने वाले विकासवादी परिदृश्यों और जीनोमिक नवाचारों के पुनर्निर्माण के लिए एक मूल्यवान संसाधन का गठन किया।
2. सीड्रैगन जीनोम विश्लेषण इसके फेनोटाइप और लिंग निर्धारण स्थान में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है
सहयोगित सुविधा: दक्षिण चीन सागर समुद्र विज्ञान संस्थान, CAS
जर्नल: साइंस एडवांसेज
प्रभाव कारक: 14.132
यह प्रोजेक्ट सामान्य सीड्रैगन (फ़ाइलोप्टेरिक्स टेनिओलेटस) और इसकी निकट संबंधी प्रजाति, एलीगेटर पाइपफ़िश (सिग्नैथोइड्स बायकुलिएटस) के नर और मादा जीनोम को नए सिरे से अनुक्रमित करता है।फाइलोप्टेरिक्स टैनीओलैटस के लिए जीनोम का आकार ~659 एमबी（♂） और ~663 एमबी（♀） है, जिसमें 10.0एमबी और 12.1एमबी का कॉन्टिगएन50 है।फाइलोप्टेरिक्स टैनियोलेटस के लिए जीनोम का आकार 637 एमबी（♂） और ~648 एमबी（♀） है, जिसमें 18.0Mb और 21.0Mb का contigN50 है।फाइलोजेनेटिक विश्लेषण के माध्यम से, सामान्य सीड्रैगन और एलीगेटर पाइपफिश सिग्नैथिना की बहन टैक्सन हैं, और लगभग 27.3 Ma पहले अलग हो गईं।एक विकासवादी नवीनता, पत्ती जैसे उपांगों से प्रतिलेखन प्रोफाइल से पता चलता है कि आम तौर पर फिन विकास में शामिल जीनों के एक सेट को सहयोजित किया गया है और साथ ही संभावित ऊतक मरम्मत और प्रतिरक्षा रक्षा जीन के लिए ट्रांस-स्क्रिप्ट का संवर्धन किया गया है।आम सीड्रैगन और एलीगेटर पाइपफ़िश द्वारा साझा किए गए पुरुष-विशिष्ट amhr2y जीन को एन्कोडिंग करने वाले एक अनुमानित लिंग-निर्धारण स्थान की पहचान की गई थी।इस परियोजना ने अनुकूली विकास के अध्ययन के लिए महत्वपूर्ण साक्ष्य प्रदान किए।
पोस्ट करने का समय: सितंबर-19-2022