उच्च-थ्रूपुट जीनोटाइपिंग, विशेष रूप से बड़े पैमाने पर आबादी पर, आनुवंशिक संघ अध्ययन में एक मौलिक कदम है, जो कार्यात्मक जीन खोज, विकासवादी विश्लेषण आदि के लिए आनुवंशिक आधार प्रदान करता है। गहन संपूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण के बजाय, कम प्रतिनिधित्व जीनोम अनुक्रमण (आरआरजीएस) ) आनुवंशिक मार्कर खोज पर उचित दक्षता बनाए रखते हुए, प्रति नमूना अनुक्रमण लागत को कम करने के लिए पेश किया गया है।यह आमतौर पर दिए गए आकार सीमा के भीतर प्रतिबंध खंड को निकालकर हासिल किया जाता है, जिसे कम प्रतिनिधित्व लाइब्रेरी (आरआरएल) नाम दिया गया है।विशिष्ट-स्थान प्रवर्धित खंड अनुक्रमण (SLAF-Seq) डे नोवो एसएनपी खोज और बड़ी आबादी के एसएनपी जीनोटाइपिंग के लिए एक स्व-विकसित रणनीति है।
तकनीकी कार्यप्रवाह
एसएलएएफ बनाम मौजूदा आरआरएल विधियां
एसएलएएफ के लाभ
उच्च आनुवंशिक मार्कर खोज दक्षता- उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण तकनीक के साथ संयुक्त, SLAF-Seq संदर्भ जीनोम के साथ या उसके बिना, विविध अनुसंधान परियोजनाओं के अनुरोध को पूरा करने के लिए पूरे जीनोम के भीतर खोजे गए सैकड़ों हजारों टैग प्राप्त कर सकता है।
अनुकूलित एवं लचीला प्रयोगात्मक डिज़ाइन- विभिन्न शोध लक्ष्य या प्रजातियों के लिए, एकल-एंजाइम, दोहरे-एंजाइम और बहु-एंजाइम पाचन सहित विभिन्न एंजाइमेटिक पाचन रणनीतियाँ उपलब्ध हैं।इष्टतम एंजाइम डिज़ाइन सुनिश्चित करने के लिए सिलिको में पाचन रणनीति का पूर्व-मूल्यांकन किया जाएगा।
एंजाइमेटिक पाचन में उच्च दक्षता- पूर्व-डिज़ाइन किया गया एंजाइमैटिक पाचन गुणसूत्र पर अधिक समान रूप से वितरित एसएलएएफ प्रदान करता है।टुकड़ा संग्रह कुशल 95% से अधिक प्राप्त कर सकते हैं।
दोहराव वाले क्रम से बचें- SLAF-Seq डेटा में दोहराव अनुक्रम का प्रतिशत 5% से कम हो गया है, विशेष रूप से उच्च स्तर के दोहराव वाले तत्वों वाली प्रजातियों में, जैसे गेहूं, मक्का, आदि।
स्व-विकसित जैव सूचनात्मक वर्कफ़्लो- BMK ने अंतिम आउटपुट की विश्वसनीयता और सटीकता सुनिश्चित करने के लिए SLAF-Seq तकनीक पर लागू एक एकीकृत जैव सूचनात्मक वर्कफ़्लो विकसित किया।
एसएलएएफ का अनुप्रयोग
जेनेटिक लिंकेज मानचित्र
उच्च-घनत्व आनुवंशिक मानचित्र निर्माण और गुलदाउदी (गुलदाउदी x मोरीफोलियम रमैट) में फूल-प्रकार के लक्षणों को नियंत्रित करने वाले लोकी की पहचान।
जर्नल: बागवानी अनुसंधान प्रकाशित: 2020.7
जीडब्ल्यूएएस
जीनोम-वाइड एसोसिएशन और लिंकेज मैपिंग का उपयोग करके सोयाबीन के बीजों में आइसोफेवोन सामग्री से जुड़े एक उम्मीदवार जीन की पहचान
जर्नल: द प्लांट जर्नल प्रकाशित: 2020.08
विकासवादी आनुवंशिकी
जनसंख्या जीनोमिक विश्लेषण और डे नोवो असेंबली से एक विकासवादी खेल के रूप में खरपतवार चावल की उत्पत्ति का पता चलता है
जर्नल: आण्विक संयंत्र प्रकाशित: 2019.5
थोक पृथक्करण विश्लेषण (बीएसए)
GmST1, जो एक सल्फोट्रांसफेरेज़ को एन्कोड करता है, सोयाबीन मोज़ेक वायरस उपभेदों G2 और G3 के लिए प्रतिरोध प्रदान करता है
जर्नल: प्लांट, सेल और पर्यावरण प्रकाशित: 2021.04
संदर्भ
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पोस्ट समय: जनवरी-04-2022