ट्रांस्क्रिप्टोमिक्स
प्रकृति
संचार
क्रोनिक लिम्फोसाइटिक ल्यूकेमिया में एसएफ 3 बी 1 उत्परिवर्तन की पूर्ण-लंबाई प्रतिलेख लक्षण वर्णन से बरकरार इंट्रॉन के डाउनरेगुलेशन का पता चलता है
पूर्ण-लंबाई प्रतिलेख|नैनोपोर अनुक्रमण|वैकल्पिक आइसोफॉर्म विश्लेषण
पृष्ठभूमि
Sस्प्लिसिंग फैक्टर SF3B1 में ओमैटिक उत्परिवर्तन को व्यापक रूप से क्रोनिक लिम्फोसाइटिक ल्यूकेमिया (CLL), यूवील मेलेनोमा, स्तन कैंसर आदि सहित विभिन्न कैंसर से जुड़ा हुआ बताया गया है। इसके अलावा, कम पढ़े जाने वाले ट्रांसक्रिप्टोमिक अध्ययनों से SF3B1 उत्परिवर्तन से प्रेरित असामान्य स्प्लिसिंग पैटर्न का पता चला है।हालाँकि, इन वैकल्पिक स्प्लिसिंग पैटर्न पर अध्ययन लंबे समय तक घटना-स्तर तक ही सीमित रहा है और अल्प-पढ़े गए इकट्ठे प्रतिलेखों की सीमा के कारण आइसोफॉर्म-स्तर पर ज्ञान की कमी है।यहां, पूर्ण-लंबाई प्रतिलेख उत्पन्न करने के लिए नैनोपोर अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म पेश किया गया था, जिसने एएस आइसोफॉर्म पर जांच को सशक्त बनाया।
प्रयोगात्मक परिरूप
प्रयोगों
समूहन:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E उत्परिवर्तन);3. सामान्य बी-कोशिकाएँ
अनुक्रमण रणनीति:मिनियन 2डी लाइब्रेरी अनुक्रमण, प्रोमेथियन 1डी लाइब्रेरी अनुक्रमण;समान नमूनों से संक्षिप्त-पठित डेटा
अनुक्रमण मंच:ओएनटी मिनियन;ओएनटी प्रोमेथियन;
जैव सूचनात्मक विश्लेषण
परिणाम
ए6 सीएलएल नमूनों और 3 बी-कोशिकाओं से कुल 257 मिलियन रीड्स उत्पन्न हुए।इनमें से औसतन 30.5% को पूर्ण-लंबाई प्रतिलेख के रूप में पहचाना गया।
Fउच्च-आत्मविश्वास वाले आइसोफॉर्म का एक सेट उत्पन्न करने के लिए आरएनए (FLAIR) का पूर्ण-लंबाई वैकल्पिक आइसोफॉर्म विश्लेषण विकसित किया गया था।स्वभाव को संक्षेप में इस प्रकार प्रस्तुत किया जा सकता है:
Nएनोपोर संरेखण पढ़ता है: संदर्भ जीनोम के आधार पर सामान्य प्रतिलेख संरचना की पहचान करें;
Sप्लिस जंक्शन सुधार: एनोटेटेड इंट्रोन्स, शॉर्ट-रीड डेटा या दोनों से इंट्रोन्स से स्प्लिस साइट के साथ अनुक्रम त्रुटियों (लाल) को सही करें;
Cओलैप्स: स्प्लिस जंक्शन चेन (प्रथम-पास सेट) के आधार पर प्रतिनिधि आइसोफॉर्म को सारांशित करें।सहायक रीड्स की संख्या (सीमा: 3) के आधार पर उच्च-आत्मविश्वास वाले आइसोफ्रॉम का चयन करें।
चित्र 1. सीएलएल में एसएफ3बी1 उत्परिवर्तन से जुड़े पूर्ण-लंबाई आइसोफॉर्म की पहचान करने के लिए फ्लेयर विश्लेषण
Fएलएआईआर ने 326,699 उच्च-आत्मविश्वास वाले स्प्लिस्ड आइसोफॉर्म की पहचान की, जिनमें से 90% नए आइसोफॉर्म हैं।इनमें से अधिकांश अघोषित आइसोफॉर्म ज्ञात स्प्लिस जंक्शनों (142,971) के उपन्यास संयोजन पाए गए, जबकि बाकी उपन्यास आइसोफॉर्म में या तो बरकरार इंट्रॉन (21,700) या उपन्यास एक्सॉन (3594) शामिल थे।
Lऑन-रीड अनुक्रम आइसोफॉर्म-स्तर पर उत्परिवर्ती SF3B1-K700E-परिवर्तित ब्याह साइटों की पहचान को सशक्त बनाता है।35 वैकल्पिक 3'SS और 10 वैकल्पिक 5'SS को SF3B1-K700E और SF3B1-WT के बीच महत्वपूर्ण अंतर से जोड़ा गया पाया गया।35 में से 33 परिवर्तन लंबे समय से पढ़े गए अनुक्रमों द्वारा नए खोजे गए थे।नैनोपोर डेटा में, SF3B1-K700E-परिवर्तित 3'SS से विहित साइटों की चोटियों के बीच की दूरी का वितरण -20 बीपी के आसपास है, जो कि नियंत्रण वितरण से काफी भिन्न है, जैसा कि सीएलएल शॉर्ट-रीड अनुक्रमों में रिपोर्ट किया गया है।ERGIC3 जीन के आइसोफॉर्म का विश्लेषण किया गया, जहां समीपस्थ ब्याह स्थल वाला एक नया आइसोफॉर्म SF3B1-K700E में अधिक प्रचुर मात्रा में पाया गया।समीपस्थ और दूरस्थ 3'एसएस दोनों ही कई आइसोफॉर्म उत्पन्न करने वाले विशिष्ट एएस पैटर्न से जुड़े थे।
चित्र 2. नैनोपोर अनुक्रमण डेटा के साथ वैकल्पिक 3′ स्प्लिसिंग पैटर्न की पहचान की गई
आईआर पहचान और मात्रा निर्धारण में विश्वास के कारण आईआर इवेंट उपयोग विश्लेषण लंबे समय से लघु-पठन आधारित विश्लेषण में सीमित रहा है।SF3B1-K700E और SF3B1-WT में IR आइसोफॉर्म की अभिव्यक्ति को नैनोपोर अनुक्रमों के आधार पर निर्धारित किया गया था, जिससे SF3B1-K700E में IR आइसोफॉर्म के वैश्विक डाउन-रेगुलेशन का पता चला।
चित्र 4. तीन कृषि प्रणालियों (ए और बी) में कृषि सघनता और नेटवर्क कनेक्टिविटी;यादृच्छिक वन विश्लेषण (सी) और कृषि तीव्रता और एएमएफ उपनिवेशण के बीच संबंध (डी)
चित्र 3. CLL SF3B1-K700E में इंट्रोन रेंटेशन घटनाओं को अधिक दृढ़ता से डाउनरेगुलेट किया गया है
तकनीकी
नैनोपोर लंबे समय से पढ़ी जाने वाली अनुक्रमणिका
Nएनोपोर अनुक्रमण एक एकल अणु वास्तविक समय विद्युत संकेत अनुक्रमण तकनीक है।
Dडबल-स्ट्रैंडेड डीएनए या आरएनए बायोफिल्म में एम्बेडेड नैनोपोरस प्रोटीन से बंधेगा और मोटर प्रोटीन के नेतृत्व में खुल जाएगा।
Dएनए/आरएनए स्ट्रैंड वोल्टेज अंतर की क्रिया के तहत निश्चित दर पर नैनोपोर चैनल प्रोटीन से गुजरते हैं।
Mअणु रासायनिक संरचना के अनुसार विभिन्न विद्युत संकेत उत्पन्न करते हैं।
Rआधार कॉलिंग द्वारा अनुक्रमों का वास्तविक समय में पता लगाया जाता है।
पूर्ण-लंबाई प्रतिलेख अनुक्रमण का प्रदर्शन
√ डेटा संतृप्ति
तुलनीय डेटा संतृप्ति तक पहुंचने के लिए 7 गुना कम रीड की आवश्यकता है।
√ प्रतिलेख संरचना पहचान
प्रत्येक प्रतिलेख की सर्वसम्मति से पूर्ण-लंबाई रीडआउट के साथ विविध संरचनात्मक वेरिएंट की पहचान
√ प्रतिलेख-स्तरीय विभेदक विश्लेषण - लघु-पठन द्वारा छिपे हुए परिवर्तनों को प्रकट करें
संदर्भ
टैंग एडी, सौलेट सीएम, बेरेन एमजेवी, एट अल।क्रोनिक लिम्फोसाइटिक ल्यूकेमिया में एसएफ3बी1 उत्परिवर्तन की पूर्ण-लंबाई प्रतिलेख लक्षण वर्णन से बरकरार इंट्रोन्स [जे] के डाउनरेगुलेशन का पता चलता है।प्रकृति संचार।
टेक और हाइलाइट्स इसका उद्देश्य विभिन्न अनुसंधान क्षेत्रों में विभिन्न उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों के नवीनतम सफल अनुप्रयोग के साथ-साथ प्रयोगात्मक डिजाइन और डेटा खनन में शानदार विचारों को साझा करना है।
पोस्ट समय: जनवरी-08-2022