● उच्च गुणवत्ता वाली असेंबली-प्रजातियों की पहचान और कार्यात्मक जीन भविष्यवाणी की सटीकता को बढ़ाना
● बंद जीवाणु जीनोम अलगाव
● विविध क्षेत्रों में अधिक शक्तिशाली और विश्वसनीय अनुप्रयोग, जैसे रोगजनक सूक्ष्मजीवों या एंटीबायोटिक प्रतिरोध से संबंधित जीन का पता लगाना
● तुलनात्मक मेटागेनोम विश्लेषण
प्लैटफ़ॉर्म | अनुक्रमण | अनुशंसित डेटा | बदलाव का समय |
नैनोपोर | ONT | 6 जी/10 जी | 65 कार्य दिवस |
● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● मेटाजेनोम असेंबली
● गैर-अनावश्यक जीन सेट और एनोटेशन
● प्रजाति विविधता विश्लेषण
● आनुवंशिक कार्य विविधता विश्लेषण
● अंतर-समूह विश्लेषण
● प्रायोगिक कारकों के विरुद्ध एसोसिएशन विश्लेषण
नमूना आवश्यकताएँ:
के लिएडीएनए अर्क:
नमूना प्रकार | मात्रा | एकाग्रता | पवित्रता |
डीएनए अर्क | 1-1.5 μg | > 20 एनजी/μl | ओडी260/280= 1.6-2.5 |
पर्यावरणीय नमूनों के लिए:
नमूना प्रकार | अनुशंसित नमूनाकरण प्रक्रिया |
मिट्टी | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;शेष सूखे पदार्थ को सतह से हटाने की जरूरत है;बड़े टुकड़ों को पीसें और 2 मिमी फिल्टर से गुजारें;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या साइरोट्यूब में विभाज्य नमूने। |
मल | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में नमूने एकत्र करें और उन्हें अलग करें। |
आंत्र सामग्री | नमूनों को सड़न रोकने वाली स्थिति में संसाधित करने की आवश्यकता है।एकत्रित ऊतक को पीबीएस से धोएं;पीबीएस को सेंट्रीफ्यूज करें और अवक्षेपक को ईपी-ट्यूबों में इकट्ठा करें। |
कीचड़ | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में कीचड़ का नमूना एकत्र करें और उसे अलग करें |
जल निकाय | सीमित मात्रा में माइक्रोबियल वाले नमूने के लिए, जैसे नल का पानी, कुएं का पानी, आदि, कम से कम 1 एल पानी इकट्ठा करें और झिल्ली पर माइक्रोबियल को समृद्ध करने के लिए 0.22 माइक्रोन फिल्टर से गुजारें।झिल्ली को बाँझ ट्यूब में संग्रहित करें। |
त्वचा | त्वचा की सतह को स्टेराइल कॉटन स्वाब या सर्जिकल ब्लेड से सावधानीपूर्वक खुरचें और इसे स्टेराइल ट्यूब में रखें। |
नमूनों को तरल नाइट्रोजन में 3-4 घंटे के लिए फ्रीज करें और दीर्घकालिक आरक्षण के लिए तरल नाइट्रोजन या -80 डिग्री में संग्रहित करें।सूखी बर्फ के साथ नमूना शिपिंग आवश्यक है।
1.हीटमैप: प्रजाति समृद्धि क्लस्टरिंग2. कार्यात्मक जीन केईजीजी चयापचय मार्गों को एनोटेट करते हैं3.प्रजाति सहसंबंध नेटवर्क4. CARD एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन का चक्र
बीएमके मामला
नैनोपोर मेटागेनोमिक्स बैक्टीरिया के निचले श्वसन संक्रमण के तेजी से नैदानिक निदान को सक्षम बनाता है
प्रकाशित:प्रकृति जैव प्रौद्योगिकी, 2019
तकनीकी मुख्य बातें
अनुक्रमण: नैनोपोर मिनियन
क्लिनिकल मेटागेनोमिक्स जैव सूचना विज्ञान: मेजबान डीएनए कमी, WIMP और ARMA विश्लेषण
त्वरित पहचान: 6 घंटे
उच्च संवेदनशीलता: 96.6%
मुख्य परिणाम
2006 में, निम्न श्वसन संक्रमण (एलआर) के कारण वैश्विक स्तर पर 30 लाख मानव मृत्यु हुई।एलआर1 रोगज़नक़ का पता लगाने के लिए विशिष्ट विधि खेती है, जिसमें खराब संवेदनशीलता, लंबे समय तक बदलाव और प्रारंभिक एंटीबायोटिक चिकित्सा में मार्गदर्शन की कमी है।एक त्वरित और सटीक माइक्रोबियल निदान लंबे समय से एक तत्काल आवश्यकता रही है।ईस्ट एंग्लिया विश्वविद्यालय के डॉ. जस्टिन और उनके सहयोगियों ने रोगज़नक़ का पता लगाने के लिए नैनोपोर-आधारित मेटागेनोमिक विधि सफलतापूर्वक विकसित की।उनके वर्कफ़्लो के अनुसार, 99.99% होस्ट डीएनए ख़त्म हो सकता है।रोगज़नक़ों और एंटीबायोटिक प्रतिरोधी जीन का पता लगाने का काम 6 घंटे में पूरा किया जा सकता है।
संदर्भ
चारलाम्पस, टी., के, जीएल, रिचर्डसन, एच., आयडिन, ए., और ओ'ग्राडी, जे.।(2019)।नैनोपोर मेटागेनोमिक्स बैक्टीरिया के निचले श्वसन संक्रमण के तेजी से नैदानिक निदान को सक्षम बनाता है।नेचर बायोटेक्नोलॉजी, 37(7), 1.