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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग (एनजीएस)
मेटागेनोम जीवों के मिश्रित समुदाय की कुल आनुवंशिक सामग्री के संग्रह को संदर्भित करता है, जैसे कि पर्यावरणीय मेगाहेनजोम, मानव मेटागेनोम, आदि। इसमें खेती योग्य और गैर-कृषि योग्य सूक्ष्मजीवों दोनों के जीनोम होते हैं।मेटागेनोमिक अनुक्रमण एक आणविक उपकरण है जिसका उपयोग पर्यावरणीय नमूनों से निकाली गई मिश्रित जीनोमिक सामग्री का विश्लेषण करने के लिए किया जाता है, जो प्रजातियों की विविधता और बहुतायत, जनसंख्या संरचना, फ़ाइलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन और पर्यावरणीय कारकों के साथ सहसंबंध नेटवर्क में विस्तृत जानकारी प्रदान करता है।
प्लैटफ़ॉर्म:इल्लुमिना NovaSeq6000
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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग-नैनोपोर
मेटागेनोमिक्स एक आणविक उपकरण है जिसका उपयोग पर्यावरणीय नमूनों से निकाली गई मिश्रित जीनोमिक सामग्री का विश्लेषण करने के लिए किया जाता है, जो प्रजातियों की विविधता और बहुतायत, जनसंख्या संरचना, फ़ाइलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन और पर्यावरणीय कारकों के साथ सहसंबंध नेटवर्क आदि में विस्तृत जानकारी प्रदान करता है। नैनोपोर अनुक्रमण प्लेटफार्मों ने हाल ही में पेश किया है। मेटागेनोमिक अध्ययन के लिए।रीड लेंथ में इसका उत्कृष्ट प्रदर्शन काफी हद तक डाउन स्ट्रीम मेटागेनोमिक विश्लेषण, विशेष रूप से मेटागेनोम असेंबली को बढ़ाता है।रीड-लेंथ का लाभ उठाते हुए, नैनोपोर-आधारित मेटागेनोमिक अध्ययन शॉट-गन मेटागेनॉमिक्स की तुलना में अधिक निरंतर असेंबली प्राप्त करने में सक्षम है।यह प्रकाशित किया गया है कि नैनोपोर-आधारित मेटागेनोमिक्स ने माइक्रोबायोम (मॉस, ईएल, एट अल,) से सफलतापूर्वक पूर्ण और बंद जीवाणु जीनोम उत्पन्न किए।नेचर बायोटेक, 2020)
प्लैटफ़ॉर्म:नैनोपोर प्रोमेथियन P48
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16S/18S/ITS एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-PacBio
16S और 18S rRNA पर उपइकाई जिसमें अत्यधिक संरक्षित और अति-परिवर्तनीय दोनों क्षेत्र शामिल हैं, प्रोकैरियोटिक और यूकेरियोटिक जीवों की पहचान के लिए एक आदर्श आणविक फिंगरप्रिंट है।अनुक्रमण का लाभ उठाते हुए, इन आयामों को संरक्षित भागों के आधार पर लक्षित किया जा सकता है और माइक्रोबियल विविधता विश्लेषण, वर्गीकरण, फ़ाइलोजेनी, आदि को कवर करने वाले अध्ययनों में योगदान देने वाले माइक्रोबियल पहचान के लिए हाइपर-वेरिएबल क्षेत्रों को पूरी तरह से चित्रित किया जा सकता है। एकल-अणु वास्तविक समय (एसएमआरटी) ) PacBio प्लेटफॉर्म की अनुक्रमण अत्यधिक सटीक लंबी रीडिंग प्राप्त करने में सक्षम बनाता है, जो पूर्ण-लंबाई वाले एम्पलीकॉन (लगभग 1.5 Kb) को कवर कर सकता है।आनुवंशिक क्षेत्र के व्यापक दृष्टिकोण ने बैक्टीरिया या कवक समुदाय में प्रजातियों के एनोटेशन में संकल्प को बहुत बढ़ाया।
प्लैटफ़ॉर्म:PacBio सीक्वल II
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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-एनजीएस
16S/18S/ITS एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग का उद्देश्य हाउसकीपिंग जेनेटिक मार्करों के पीसीआर उत्पादों की जांच करके एक माइक्रोबियल समुदाय में फ़ाइलोजेनी, टैक्सोनॉमी और प्रजातियों की बहुतायत का खुलासा करना है, जिसमें अत्यधिक बातचीत और हाइपरवेरेबल दोनों भाग होते हैं।Woeses et al, (1977) द्वारा इन संपूर्ण आणविक फिंगरप्रिंट की शुरूआत अलगाव-मुक्त माइक्रोबायोम प्रोफाइलिंग को सशक्त बनाती है।16S (बैक्टीरिया), 18S (कवक) और आंतरिक लिखित स्पेसर (ITS, कवक) की अनुक्रमण प्रचुर प्रजातियों के साथ-साथ दुर्लभ और अज्ञात प्रजातियों दोनों की पहचान की अनुमति देता है।यह तकनीक विभिन्न वातावरणों, जैसे मानव मुंह, आंतों, मल, आदि में अंतर माइक्रोबियल संरचना की पहचान करने में व्यापक रूप से लागू और प्रमुख उपकरण बन गई है।
प्लैटफ़ॉर्म:इल्लुमिना NovaSeq6000
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बैक्टीरियल और फंगल संपूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण
ज्ञात जीवाणु और कवक के जीनोम को पूरा करने के साथ-साथ कई जीनोम की तुलना करने या नए जीवों के जीनोम को मैप करने के लिए बैक्टीरियल और फंगल पूरे जीनोम री-सीक्वेंसिंग एक महत्वपूर्ण उपकरण है।सटीक संदर्भ जीनोम उत्पन्न करने, माइक्रोबियल पहचान और अन्य तुलनात्मक जीनोम अध्ययन करने के लिए जीवाणु और कवक के पूरे जीनोम को अनुक्रमित करना बहुत महत्वपूर्ण है।
प्लेटफार्म: इलुमिना नोवासेक 6000
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फंगल जीनोम
बायोमार्कर टेक्नोलॉजीज विशिष्ट अनुसंधान लक्ष्य के आधार पर जीनोम सर्वेक्षण, फाइन जीनोम और कवक के पेन-पूर्ण जीनोम प्रदान करते हैं।उच्च-स्तरीय जीनोम असेंबली प्राप्त करने के लिए अगली पीढ़ी की अनुक्रमण + तीसरी पीढ़ी के अनुक्रमण को मिलाकर जीनोम अनुक्रमण, असेंबली और कार्यात्मक एनोटेशन प्राप्त किया जा सकता है।क्रोमोसोम स्तर पर जीनोम असेंबली की सुविधा के लिए हाई-सी तकनीक को भी नियोजित किया जा सकता है।
प्लैटफ़ॉर्म:PacBio सीक्वल II
नैनोपोर प्रोमेथियन P48
इल्लुमिना नोवासेक 6000
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बैक्टीरिया पूर्ण जीनोम
बायोमार्कर टेक्नोलॉजीज जीरो गैप वाले बैक्टीरिया के पूरे जीनोम के निर्माण पर सीक्वेंसिंग सेवा प्रदान करती है।बैक्टीरिया के पूर्ण जीनोम निर्माण के मुख्य कार्यप्रवाह में विशिष्ट अनुसंधान लक्ष्यों को पूरा करने वाली तीसरी पीढ़ी की अनुक्रमण, असेंबली, कार्यात्मक एनोटेशन और उन्नत जैव सूचनात्मक विश्लेषण शामिल हैं।जीवाणु जीनोम की एक अधिक व्यापक रूपरेखा उनकी जैविक प्रक्रियाओं में अंतर्निहित मूलभूत तंत्रों का खुलासा करने का अधिकार देती है, जो उच्च यूकेरियोटिक प्रजातियों में जीनोमिक शोध के लिए मूल्यवान संदर्भ भी प्रदान कर सकती है।
प्लैटफ़ॉर्म:नैनोपोर प्रोमेथियन P48 + इलुमिना नोवासेक 6000
PacBio सीक्वल II
