लंबी गैर-कोडिंग अनुक्रमण-इलुमिना
सेवा लाभ
● सेवा लाभ
● सेलुलर और ऊतक विशिष्ट
● विशिष्ट चरण गतिशील अभिव्यक्ति परिवर्तन को व्यक्त एवं प्रस्तुत करता है
● समय और स्थान की अभिव्यक्ति के सटीक पैटर्न
● एमआरएनए डेटा के साथ संयुक्त विश्लेषण।
● BMKCloud-आधारित परिणाम वितरण: प्लेटफ़ॉर्म पर अनुकूलित डेटा-माइनिंग उपलब्ध है।
● बिक्री के बाद की सेवाएं परियोजना के पूरा होने पर 3 महीने के लिए वैध हैं
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | प्लैटफ़ॉर्म | अनुशंसित डेटा | डेटा क्यूसी |
| आरआरएनए की कमी | इलुमिना PE150 | 10 जीबी | Q30≥85% |
| सांद्र(एनजी/μl) | मात्रा (μg) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 जेल पर सीमित या कोई प्रोटीन या डीएनए संदूषण नहीं दिखाया गया है। | पौधों के लिए: RIN≥6.5; जानवरों के लिए: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
न्यूक्लियोटाइड्स:
ऊतक: वजन (सूखा): ≥1 ग्राम
*5 मिलीग्राम से छोटे ऊतक के लिए, हम फ्लैश फ्रोजन (तरल नाइट्रोजन में) ऊतक का नमूना भेजने की सलाह देते हैं।
सेल निलंबन: सेल गिनती = 3×107
*हम जमे हुए सेल लाइसेट को शिप करने की सलाह देते हैं।यदि वह सेल 5×10 से छोटा है5, तरल नाइट्रोजन में फ़्लैश जमे हुए की सिफारिश की जाती है।
खून के नमूने:
पीए×जीनब्लडआरएनएट्यूब;
6mLTRIzol और 2mL रक्त (TRIzol:Blood=3:1)
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फ़ॉइल अनुशंसित नहीं है)
नमूना लेबलिंग: समूह+प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3;बी1, बी2, बी3... ...
शिपमेंट:
1. सूखी बर्फ: नमूनों को बैग में पैक करके सूखी बर्फ में दबा देना चाहिए।
2.आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (उदाहरण के लिए आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान में भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिज़ाइन
नमूना वितरण
आरएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएँ
बायोइनफॉरमैटिक्स
1.LncRNA वर्गीकरण
उपरोक्त चार सॉफ्टवेयरों द्वारा अनुमानित LncRNA को 4 श्रेणियों में वर्गीकृत किया गया था: lincRNA, एंटी-सेंस-LncRNA, इंट्रोनिक-LncRNA;इंद्रिय-LncRNA.LncRNA वर्गीकरण नीचे हिस्टोग्राम में दिखाया गया था।
एलएनसीआरएनए वर्गीकरण
2.DE-lncRNA संवर्धन विश्लेषण के सीआईएस-लक्षित जीन
क्लस्टरप्रोफाइलर को जैविक प्रक्रियाओं, आणविक कार्यों और सेलुलर घटकों के संदर्भ में विभेदित रूप से व्यक्त एलएनसीआरएनए (डीई-एलएनसीआरएनए) के सीआईएस-लक्षित जीन पर जीओ संवर्धन विश्लेषण में नियोजित किया गया था।जीओ संवर्धन विश्लेषण संपूर्ण जीनोम की तुलना में डीईजी-निर्देशित महत्वपूर्ण रूप से समृद्ध जीओ शब्दों की पहचान करने की एक प्रक्रिया है।जैसा कि नीचे दिखाया गया है, समृद्ध शब्दों को हिस्टोग्राम, बबल चार्ट आदि में प्रस्तुत किया गया था।
DE-lncRNA संवर्धन विश्लेषण के सीआईएस-लक्षित जीन - बबल चार्ट
3. एमआरएनए और एलएनसीआरएनए की लंबाई, एक्सॉन संख्या, ओआरएफ और अभिव्यक्ति मात्रा की तुलना करके, हम उनके बीच संरचना, अनुक्रम आदि में अंतर को समझ सकते हैं, और यह भी सत्यापित कर सकते हैं कि हमारे द्वारा अनुमानित उपन्यास एलएनसीआरएनए सामान्य विशेषताओं के अनुरूप है या नहीं।
बीएमके मामला
KRAS-G12D उत्परिवर्तन और P53 नॉकआउट के साथ माउस फेफड़े के एडेनोकार्सिनोमा में डीरेग्युलेटेड lncRNA अभिव्यक्ति प्रोफ़ाइल
प्रकाशित:जर्नल ऑफ़ सेल्युलर एंड मॉलिक्यूलर मेडिसिन，2019
अनुक्रमण रणनीति
Illumina
नमूना संग्रह
NONMMUT015812-नॉकडाउन KP (shRNA-2) कोशिकाएं और नकारात्मक नियंत्रण (sh-Scr) कोशिकाएं एक विशिष्ट वायरल संक्रमण के 6वें दिन प्राप्त की गईं।
मुख्य परिणाम
यह अध्ययन पी53 नॉकआउट और क्रासजी12डी उत्परिवर्तन के साथ माउस फेफड़े के एडेनोकार्सिनोमा में असामान्य रूप से व्यक्त एलएनसीआरएनए की जांच करता है।
1.6424 एलएनसीआरएनए को भिन्न रूप से व्यक्त किया गया (≥ 2-गुना परिवर्तन, पी <0.05)।
2. सभी 210 lncRNAs (FC≥8) में से, 11 lncRNAs की अभिव्यक्ति को क्रमशः P53 द्वारा, 33 lncRNAs को KRAS द्वारा और 13 lncRNAs को प्राथमिक KP कोशिकाओं में हाइपोक्सिया द्वारा नियंत्रित किया गया था।
3.NONMUT015812, जिसे माउस फेफड़े के एडेनोकार्सिनोमा में उल्लेखनीय रूप से विनियमित किया गया था और P53 पुनः अभिव्यक्ति द्वारा नकारात्मक रूप से विनियमित किया गया था, इसके सेलुलर फ़ंक्शन का विश्लेषण करने के लिए पता लगाया गया था।
4. shRNAs द्वारा NONMMUT015812 को नष्ट करने से KP कोशिकाओं की प्रसार और प्रवासन क्षमता में कमी आई।NONMMUT015812 एक संभावित ऑन्कोजीन था।
 NONMMUT015812-नॉकडाउन KP कोशिकाओं में विभेदित रूप से व्यक्त जीन का KEGG मार्ग विश्लेषण |  NONMMUT015812-नॉकडाउन केपी कोशिकाओं में विभेदित रूप से व्यक्त जीन का जीन ओन्टोलॉजी विश्लेषण |
संदर्भ
KRAS-G12D उत्परिवर्तन और P53 नॉकआउट [J] के साथ माउस फेफड़े के एडेनोकार्सिनोमा में डीरेग्युलेटेड lncRNA अभिव्यक्ति प्रोफ़ाइल।जर्नल ऑफ़ सेल्युलर एंड मॉलिक्यूलर मेडिसिन, 2019, 23(10)।डीओआई：10.1111/जेसीएमएम.14584
