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हाई-सी आधारित जीनोम असेंबली

हाई-सी एक ऐसी विधि है जिसे जांच निकटता-आधारित इंटरैक्शन और उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण के संयोजन से गुणसूत्र विन्यास को पकड़ने के लिए डिज़ाइन किया गया है।ऐसा माना जाता है कि इन अंतःक्रियाओं की तीव्रता का गुणसूत्रों पर भौतिक दूरी के साथ नकारात्मक संबंध होता है।इसलिए, हाई-सी डेटा एक ड्राफ्ट जीनोम में इकट्ठे अनुक्रमों के क्लस्टरिंग, ऑर्डरिंग और ओरिएंटेशन और उन्हें एक निश्चित संख्या में क्रोमोसोम पर एंकरिंग करने में मार्गदर्शन कर सकता है।यह तकनीक जनसंख्या-आधारित आनुवंशिक मानचित्र के अभाव में गुणसूत्र-स्तरीय जीनोम असेंबली को सशक्त बनाती है।प्रत्येक जीनोम को हाई-सी की आवश्यकता होती है।

प्लेटफार्म:इलुमिना नोवासेक प्लेटफार्म / डीएनबीएसईक्यू


सेवा विवरण

डेमो परिणाम

मामले का अध्ययन

सेवा लाभ

1-हाई-सी-अनुक्रमण का सिद्धांत

हाई-सी का अवलोकन
(लिबरमैन-एडेन ई एट अल.,विज्ञान, 2009)

● कॉन्टिग एंकरिंग के लिए आनुवंशिक जनसंख्या के निर्माण की कोई आवश्यकता नहीं;
● उच्च मार्कर घनत्व के कारण 90% से अधिक उच्च कॉन्टिग्स एंकरिंग अनुपात होता है;
● मौजूदा जीनोम असेंबली पर मूल्यांकन और सुधार सक्षम बनाता है;
● जीनोम असेंबली में उच्च सटीकता के साथ कम टर्न-अराउंड समय;
● 500 से अधिक प्रजातियों के लिए निर्मित 1000 से अधिक हाई-सी पुस्तकालयों के साथ प्रचुर अनुभव;
● 760 से अधिक के संचयी प्रकाशित प्रभाव कारक के साथ 100 से अधिक सफल मामले;
● पॉलीप्लॉइड जीनोम के लिए हाई-सी आधारित जीनोम असेंबली, पिछले प्रोजेक्ट में 100% एंकरिंग दर हासिल की गई थी;
● हाई-सी प्रयोगों और डेटा विश्लेषण के लिए इन-हाउस पेटेंट और सॉफ़्टवेयर कॉपीराइट;
● स्व-विकसित विज़ुअलाइज़्ड डेटा ट्यूनिंग सॉफ़्टवेयर, मैन्युअल ब्लॉक को स्थानांतरित करने, उलटने, रद्द करने और फिर से करने में सक्षम बनाता है।

सेवा विशिष्टताएँ

 

पुस्तकालय प्रकार

 

 

प्लैटफ़ॉर्म


लंबाई पढ़ें
रणनीति की अनुशंसा करें
हाय-सी
इलुमिना नोवासेक
पीई150
≥ 100X

जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण करता है

● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण

● हाई-सी लाइब्रेरी गुणवत्ता नियंत्रण

● हाई-सी आधारित जीनोम असेंबली

● विधानसभा के बाद मूल्यांकन

हाईसी वर्कफ़्लो

नमूना आवश्यकताएँ और वितरण

नमूना आवश्यकताएँ:

जानवर
कुकुरमुत्ता
पौधे

 

जमे हुए ऊतक: 1-2 ग्राम प्रति पुस्तकालय
सेल: प्रति लाइब्रेरी 1x 10^7 सेल
जमे हुए ऊतक: 1 ग्राम प्रति पुस्तकालय
जमे हुए ऊतक: 1-2 ग्राम प्रति पुस्तकालय

 

 
*हम हाई-सी प्रयोग के लिए कम से कम 2 एलिकोट्स (प्रत्येक 1 ग्राम) भेजने की दृढ़ता से अनुशंसा करते हैं।

अनुशंसित नमूना वितरण

कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फ़ॉइल अनुशंसित नहीं है)
अधिकांश नमूनों के लिए, हम इथेनॉल में संरक्षित न करने की सलाह देते हैं।
नमूना लेबलिंग: नमूनों को स्पष्ट रूप से लेबल किया जाना चाहिए और सबमिट किए गए नमूना सूचना प्रपत्र के समान होना चाहिए।
शिपमेंट: सूखी बर्फ: नमूनों को पहले बैग में पैक करना होगा और सूखी बर्फ में दबाना होगा।

सेवा कार्य प्रवाह

नमूना QC

प्रयोग डिज़ाइन

नमूना वितरण

नमूना वितरण

पायलट प्रयोग

डीएनए निष्कर्षण

पुस्तकालय की तैयारी

पुस्तकालय निर्माण

अनुक्रमण

अनुक्रमण

डेटा विश्लेषण

डेटा विश्लेषण

बिक्री के बाद सेवाएँ

बिक्री के बाद की सेवाएँ


  • पहले का:
  • अगला:

  • *यहां दिखाए गए सभी डेमो परिणाम बायोमार्कर टेक्नोलॉजीज के साथ प्रकाशित जीनोम से हैं

    1.हाई-सी इंटरेक्शन हीट मैपकैम्पटोथेका एक्यूमिनटाजीनोम.जैसा कि मानचित्र पर दिखाया गया है, अंतःक्रियाओं की तीव्रता रैखिक दूरी के साथ नकारात्मक रूप से सहसंबद्ध होती है, जो अत्यधिक सटीक गुणसूत्र-स्तरीय असेंबली को इंगित करती है।(एंकरिंग अनुपात: 96.03%)

    3Hi-C-इंटरैक्शन-हीटमैप-दिखा रहा है-कंटिग्स-एंकरिंग-इन-जीनोम-असेंबली

    कांग एम एट अल.,प्रकृति संचार, 2021

     

    2.Hi-C ने बीच व्युत्क्रमों के सत्यापन की सुविधा प्रदान कीगॉसिपियम हिर्सुटमएल. टीएम-1 ए06 औरजी आर्बोरियमChr06

    4Hi-C-हीटमैप-जीनोमों के बीच-व्युत्क्रमों का खुलासा-सुविधा प्रदान करता है

    यांग ज़ेड एट अल.,नेचर कम्युनिकेशंस, 2019

     

     

    3. कसावा जीनोम SC205 का संयोजन और द्विवार्षिक विभेदन।हाई-सी हीटमैप में समजातीय गुणसूत्रों में स्पष्ट विभाजन दिखाया गया है।

    5Hi-C-हीटमैप-दिखा रहा-समजात-गुणसूत्र

    हू डब्ल्यू एट अल.,आण्विक पौधा, 2021

     

     

    4. दो फ़िकस प्रजाति जीनोम असेंबली पर हाई-सी हीटमैप:एफ.माइक्रोकार्पा(एंकरिंग अनुपात: 99.3%) औरएफ.हिस्पिडा (एंकरिंग अनुपात: 99.7%)
    6हाय-सी-हीटमैप-दिखा रहा है-कॉन्टिग-एंकरिंग-ऑफ़-फ़िकस-जीनोम

    झांग एक्स एट अल.,कक्ष, 2020

     

     

    बीएमके मामला

    बरगद के पेड़ और परागणक ततैया के जीनोम अंजीर-ततैया के सह-विकास में अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं

    प्रकाशित: कक्ष, 2020

    अनुक्रमण रणनीति:

    एफ. माइक्रोकार्पा जीनोम: लगभग.84 एक्स पैकबायो आरएसआईआई (36.87 जीबी) + हाय-सी (44 जीबी)

    एफ. हिस्पिडाजीनोम: लगभग.97 एक्स पैकबायो आरएसआईआई (36.12 जीबी) + हाई-सी (60 जीबी)

    यूप्रिस्टिना वर्टिसिलाटाजीनोम: लगभग.170 एक्स पैकबायो आरएसआईआई (65 जीबी)

    मुख्य परिणाम

    1. दो बरगद के पेड़ जीनोम और एक परागणक ततैया जीनोम का निर्माण PacBio अनुक्रमण, हाई-सी और लिंकेज मानचित्र का उपयोग करके किया गया था।
    (1)एफ. माइक्रोकार्पाजीनोम: 426 एमबी (अनुमानित जीनोम आकार का 97.7%) की एक असेंबली 908 केबी के कॉन्टिग एन50, 95.6% के बुस्को स्कोर के साथ स्थापित की गई थी।कुल मिलाकर 423 एमबी अनुक्रमों को हाय-सी द्वारा 13 गुणसूत्रों से जोड़ा गया।जीनोम एनोटेशन से 29,416 प्रोटीन-कोडिंग जीन प्राप्त हुए।
    (2)एफ हिस्पिडाजीनोम: 360 एमबी (अनुमानित जीनोम आकार का 97.3%) की एक असेंबली 492 केबी के कॉन्टिग एन50 और 97.4% के बुस्को स्कोर के साथ उत्पन्न हुई थी।हाई-सी द्वारा 14 गुणसूत्रों पर कुल 359 एमबी अनुक्रमों को लंगर डाला गया था और यह उच्च-घनत्व लिंकेज मानचित्र के समान था।
    (3)यूप्रिस्टिना वर्टिसिलाटाजीनोम: 387 एमबी (अनुमानित जीनोम आकार: 382 एमबी) की एक असेंबली 3.1 एमबी के कॉन्टिग एन50 और 97.7% के बुस्को स्कोर के साथ स्थापित की गई थी।

    2. तुलनात्मक जीनोमिक्स विश्लेषण से दोनों के बीच बड़ी संख्या में संरचना भिन्नताएं सामने आईंनंदीजीनोम, जो अनुकूली विकास अध्ययनों के लिए अमूल्य आनुवंशिक संसाधन प्रदान करता है।इस अध्ययन ने, पहली बार, जीनोमिक-स्तर पर अंजीर-ततैया के सह-विकास में अंतर्दृष्टि प्रदान की।

    पीबी-पूर्ण-लंबाई-आरएनए-अनुक्रमण-केस-अध्ययन

    दो की जीनोमिक विशेषताओं पर सर्कोस आरेखनंदीजीनोम, जिसमें गुणसूत्र, खंडीय दोहराव (एसडी), ट्रांसपोज़न (एलटीआर, टीई, डीएनए टीई), जीन अभिव्यक्ति और सिंटेनी शामिल हैं

    पीबी-पूर्ण-लंबाई-आरएनए-वैकल्पिक-स्प्लिसिंग

    वाई गुणसूत्र और लिंग निर्धारण उम्मीदवार जीन की पहचान

     
    संदर्भ

    झांग, एक्स., एट अल."बरगद के पेड़ और पोलिनेटर ततैया के जीनोम अंजीर-ततैया के सह-विकास में अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं।"सेल 183.4(2020)।

    एक कहावत कहना

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