पूर्ण-लंबाई एमआरएनए अनुक्रमण-नैनोपोर
सेवा लाभ
● निम्न अनुक्रम पूर्वाग्रह
● पूर्ण लंबाई वाले सीडीएनए अणुओं को प्रकट करना
● प्रतिलेखों की समान संख्या को कवर करने के लिए कम डेटा की आवश्यकता होती है
● प्रति जीन एकाधिक आइसोफॉर्म की पहचान
● आइसोफॉर्म स्तर में अभिव्यक्ति मात्रा का ठहराव
सेवा विशिष्टताएँ
| पुस्तकालय | प्लैटफ़ॉर्म | अनुशंसित डेटा उपज (जीबी) | गुणवत्ता नियंत्रण |
| सीडीएनए-पीसीआर (पॉली-ए समृद्ध) | नैनोपोर प्रोमेथियन P48 | 6 जीबी/नमूना (प्रजाति के आधार पर) | पूर्ण-लंबाई अनुपात> 70% औसत गुणवत्ता स्कोर: Q10
|
जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण करता है
●कच्चा डेटा प्रोसेसिंग
● प्रतिलेख पहचान
● वैकल्पिक स्प्लिसिंग
● जीन स्तर और आइसोफॉर्म स्तर में अभिव्यक्ति मात्रा का ठहराव
● विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण
● फ़ंक्शन एनोटेशन और संवर्धन (डीईजी और डीईटी)
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
नमूना आवश्यकताएँ:
न्यूक्लियोटाइड्स:
| सांद्र(एनजी/μl) | मात्रा (μg) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 जेल पर सीमित या कोई प्रोटीन या डीएनए संदूषण नहीं दिखाया गया है। | पौधों के लिए: RIN≥7.0; जानवरों के लिए: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
ऊतक: वजन (सूखा): ≥1 ग्राम
*5 मिलीग्राम से छोटे ऊतक के लिए, हम फ्लैश फ्रोजन (तरल नाइट्रोजन में) ऊतक का नमूना भेजने की सलाह देते हैं।
सेल निलंबन: सेल गिनती = 3×106- 1×107
*हम जमे हुए सेल लाइसेट को शिप करने की सलाह देते हैं।यदि वह सेल 5×10 से छोटा है5, तरल नाइट्रोजन में फ़्लैश जमे हुए की सिफारिश की जाती है, जो सूक्ष्म निष्कर्षण के लिए बेहतर है।
रक्त के नमूने: आयतन≥1 मिली
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फ़ॉइल अनुशंसित नहीं है)
नमूना लेबलिंग: समूह+प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3;बी1, बी2, बी3... ...
शिपमेंट: 2、सूखी-बर्फ: नमूनों को बैग में पैक करने और सूखी-बर्फ में दफनाने की आवश्यकता होती है।
- आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान में भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
न्यूक्लियोटाइड्स:
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएँ
सेवा कार्य प्रवाह
ऊतक:
प्रयोग डिज़ाइन
नमूना वितरण
आरएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएँ
1.विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण - ज्वालामुखी कथानक
विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण को विभेदित रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) की पहचान करने के लिए और आइसोफॉर्म स्तर पर विभेदित रूप से पहचानने के लिए दोनों जीन स्तरों पर संसाधित किया जा सकता है।
व्यक्त प्रतिलेख (डीईटी)
2.पदानुक्रमित क्लस्टरिंग हीटमैप
3.वैकल्पिक स्प्लिसिंग पहचान और वर्गीकरण
एस्टालाविस्टा द्वारा पांच प्रकार की वैकल्पिक स्प्लिसिंग घटनाओं की भविष्यवाणी की जा सकती है।
4.वैकल्पिक पॉली-एडिनाइलेशन (एपीए) घटनाओं की पहचान और पॉली-ए के 50 बीपी अपस्ट्रीम पर मोटिफ
बीएमके मामला
नैनोपोर पूर्ण-लंबाई ट्रांस्क्रिप्टोम अनुक्रमण द्वारा वैकल्पिक स्प्लिसिंग पहचान और आइसोफॉर्म-स्तरीय मात्रा का ठहराव
प्रकाशित:नेचर कम्युनिकेशंस,2020
अनुक्रमण रणनीति:
समूहीकरण: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E उत्परिवर्तन);3. सामान्य बी-कोशिकाएँ
अनुक्रमण रणनीति: मिनियन 2डी लाइब्रेरी अनुक्रमण, प्रोमेथियन 1डी लाइब्रेरी अनुक्रमण;समान नमूनों से संक्षिप्त-पठित डेटा
अनुक्रमण मंच: नैनोपोर मिनियन;नैनोपोर प्रोमेथियन;
मुख्य परिणाम
1.आइसोफॉर्म-स्तरीय वैकल्पिक स्प्लिसिंग पहचान
लंबे समय तक पढ़े जाने वाले अनुक्रम उत्परिवर्ती SF3B1 की पहचान को सशक्त बनाते हैंK700E-आइसोफॉर्म-स्तर पर परिवर्तित ब्याह स्थल।35 वैकल्पिक 3′SSs और 10 वैकल्पिक 5′SSs को SF3B1 के बीच महत्वपूर्ण अंतर से जोड़ा गया पाया गयाK700Eऔर SF3B1WT.35 में से 33 परिवर्तन लंबे समय से पढ़े गए अनुक्रमों द्वारा नए खोजे गए थे।
2.आइसोफॉर्म-स्तरीय वैकल्पिक स्प्लिसिंग मात्रा का ठहराव
SF3B1 में इंट्रॉन रिटेंशन (IR) आइसोफॉर्म की अभिव्यक्तिK700Eऔर SF3B1WTनैनोपोर अनुक्रमों के आधार पर मात्रा निर्धारित की गई, जिससे एसएफ3बी1 में आईआर आइसोफॉर्म के वैश्विक डाउन-रेगुलेशन का पता चला।K700E.
संदर्भ
टैंग एडी, सौलेट सीएम, बेरेन एमजेवी, एट अल।क्रोनिक लिम्फोसाइटिक ल्यूकेमिया में एसएफ3बी1 उत्परिवर्तन की पूर्ण-लंबाई प्रतिलेख लक्षण वर्णन से बरकरार इंट्रोन्स [जे] के डाउनरेगुलेशन का पता चलता है।प्रकृति संचार।
