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*यहां दिखाए गए सभी डेमो परिणाम BMKGENE के साथ प्रकाशित जीनोम से हैं

1.विकास विश्लेषण में आनुवंशिक विविधताओं के आधार पर फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष, जनसंख्या संरचना और पीसीए का निर्माण शामिल है।

फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष सामान्य पूर्वज वाली प्रजातियों के बीच वर्गीकरण और विकासवादी संबंधों का प्रतिनिधित्व करता है।
पीसीए का लक्ष्य उप-आबादी के बीच निकटता की कल्पना करना है।
जनसंख्या संरचना एलील आवृत्तियों के संदर्भ में आनुवंशिक रूप से भिन्न उप-जनसंख्या की उपस्थिति को दर्शाती है।

चेन, एट.अल.,पीएनएएस, 2020

2. चयनात्मक स्वीप

चयनात्मक स्वीप एक ऐसी प्रक्रिया को संदर्भित करता है जिसके द्वारा एक लाभप्रद साइट का चयन किया जाता है और लिंक की गई तटस्थ साइटों की आवृत्तियों को बढ़ाया जाता है और अनलिंक की गई साइटों की आवृत्तियों को कम किया जाता है, जिसके परिणामस्वरूप क्षेत्रीय कमी आती है।

चयनात्मक स्वीप क्षेत्रों पर जीनोम-वाइड पहचान को एक निश्चित चरण (10 Kb) पर एक स्लाइडिंग विंडो (100 Kb) के भीतर सभी एसएनपी के जनसंख्या आनुवंशिक सूचकांक (π, Fst, ताजिमा डी) की गणना करके संसाधित किया जाता है।

न्यूक्लियोटाइड विविधता(π)

ताजिमा का डी

निर्धारण सूचकांक(Fst)

वू, एट.अल.,आण्विक पौधा, 2018

3.जीन प्रवाह

वू, एट.अल.,आण्विक पौधा, 2018

4.जनसांख्यिकीय इतिहास

झांग, एट.अल.,प्रकृति पारिस्थितिकी एवं विकास, 2021

5. विचलन समय

झांग, एट.अल.,प्रकृति पारिस्थितिकी एवं विकास, 2021

बीएमके मामला

एक जीनोमिक विविधता मानचित्र स्प्रिंग चाइनीज़ गोभी (ब्रैसिका रापा एसएसपी पेकिनेंसिस) चयन के आनुवंशिक आधार में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।

प्रकाशित: आण्विक पौधा, 2018

अनुक्रमण रणनीति:

पुनः अनुक्रमण: अनुक्रमण गहराई: 10×

मुख्य परिणाम

इस अध्ययन में, 194 चीनी गोभी को 10× की औसत गहराई के साथ पुन: अनुक्रमण के लिए संसाधित किया गया, जिससे 1,208,499 एसएनपी और 416,070 इनडेल प्राप्त हुए।इन 194 रेखाओं पर फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण से पता चला कि इन रेखाओं को तीन पारिस्थितिकी प्रकारों, वसंत, ग्रीष्म और शरद ऋतु में विभाजित किया जा सकता है।इसके अलावा, जनसंख्या संरचना और पीसीए विश्लेषण से संकेत मिलता है कि वसंत चीनी गोभी की उत्पत्ति चीन के शेडोंग में शरद ऋतु की गोभी से हुई थी।बाद में इन्हें कोरिया और जापान में पेश किया गया, स्थानीय लाइनों के साथ पार किया गया और उनमें से कुछ देर से पकने वाली किस्मों को चीन में वापस लाया गया और अंततः स्प्रिंग चाइनीज गोभी बन गई।

चयन पर वसंत चीनी गोभी और शरद ऋतु गोभी पर जीनोम-वाइड स्कैनिंग से 23 जीनोमिक लोकी का पता चला जो मजबूत चयन से गुजरे हैं, जिनमें से दो को क्यूटीएल-मैपिंग के आधार पर बोल्टिंग-टाइम नियंत्रण क्षेत्र के साथ ओवरलैप किया गया था।इन दो क्षेत्रों में प्रमुख जीन पाए गए जो फूलों को नियंत्रित करते हैं, BrVIN3.1 और BrFLC1।ट्रांसक्रिप्टोम अध्ययन और ट्रांसजेनिक प्रयोगों द्वारा इन दोनों जीनों के बोल्टिंग टाइम में शामिल होने की पुष्टि की गई।

चीनी गोभी पर जनसंख्या संरचना विश्लेषण

चीनी गोभी चयन पर आनुवंशिक जानकारी