● लॉन्ग-रीड्स से 16S/18S/ITS के पूर्ण-लंबाई अनुक्रम का पता चलता है
● PacBio CCS मोड अनुक्रमण के साथ अत्यधिक सटीक आधार कॉलिंग
● ओटीयू/एएसवी एनोटेशन में प्रजाति-स्तरीय रिज़ॉल्यूशन
● नवीनतम QIIME2 डेटाबेस, एनोटेशन, OTU/ASV के संदर्भ में विविध विश्लेषणों के साथ प्रवाह का विश्लेषण कर रहा है।
● विविध माइक्रोबियल समुदाय अध्ययनों पर लागू
● बीएमके के पास मिट्टी, पानी, गैस, कीचड़, मल, आंत, त्वचा, किण्वन शोरबा, कीड़े, पौधे आदि को कवर करने वाले प्रति वर्ष 100,000 से अधिक नमूनों का व्यापक अनुभव है।
● BMKCloud ने 45 वैयक्तिकृत विश्लेषण टूल युक्त डेटा व्याख्या की सुविधा प्रदान की
अनुक्रमणप्लैटफ़ॉर्म | पुस्तकालय | अनुशंसित डेटा | बदलाव का समय |
पैकबियो सीक्वल II | SMRT-घंटी | 5K/10K/20K टैग | 44 कार्य दिवस |
● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● ओटीयू क्लस्टरिंग/डी-शोर (एएसवी)
● ओटीयू एनोटेशन
● अल्फ़ा विविधता
● बीटा विविधता
● अंतर-समूह विश्लेषण
● प्रायोगिक कारकों के विरुद्ध एसोसिएशन विश्लेषण
● फ़ंक्शन जीन भविष्यवाणी
के लिएडीएनए अर्क:
नमूना प्रकार | मात्रा | एकाग्रता | पवित्रता |
डीएनए अर्क | > 1 μg | > 20 एनजी/μl | ओडी260/280= 1.6-2.5 |
पर्यावरणीय नमूनों के लिए:
नमूना प्रकार | अनुशंसित नमूनाकरण प्रक्रिया |
मिट्टी | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;शेष सूखे पदार्थ को सतह से हटाने की जरूरत है;बड़े टुकड़ों को पीसें और 2 मिमी फिल्टर से गुजारें;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या साइरोट्यूब में विभाज्य नमूने। |
मल | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में नमूने एकत्र करें और उन्हें अलग करें। |
आंत्र सामग्री | नमूनों को सड़न रोकने वाली स्थिति में संसाधित करने की आवश्यकता है।एकत्रित ऊतक को पीबीएस से धोएं;पीबीएस को सेंट्रीफ्यूज करें और अवक्षेपक को ईपी-ट्यूबों में इकट्ठा करें। |
कीचड़ | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में कीचड़ का नमूना एकत्र करें और उसे अलग करें |
जल निकाय | सीमित मात्रा में माइक्रोबियल वाले नमूने के लिए, जैसे नल का पानी, कुएं का पानी, आदि, कम से कम 1 एल पानी इकट्ठा करें और झिल्ली पर माइक्रोबियल को समृद्ध करने के लिए 0.22 माइक्रोन फिल्टर से गुजारें।झिल्ली को बाँझ ट्यूब में संग्रहित करें। |
त्वचा | त्वचा की सतह को स्टेराइल कॉटन स्वाब या सर्जिकल ब्लेड से सावधानीपूर्वक खुरचें और इसे स्टेराइल ट्यूब में रखें। |
नमूनों को तरल नाइट्रोजन में 3-4 घंटे के लिए फ्रीज करें और दीर्घकालिक आरक्षण के लिए तरल नाइट्रोजन या -80 डिग्री में संग्रहित करें।सूखी बर्फ के साथ नमूना शिपिंग आवश्यक है।
1.V3+V4(इलुमिना)-आधारित माइक्रोबियल समुदाय प्रोफाइलिंग बनाम पूर्ण-लंबाई (PacBio)-आधारित प्रोफाइलिंग की एनोटेशन दर।
(आँकड़ों के लिए यादृच्छिक रूप से चुनी गई 30 परियोजनाओं का डेटा लागू किया गया था)
2. विभिन्न नमूना प्रकारों में प्रजाति-स्तर पर पूर्ण-लंबाई एम्प्लिकॉन अनुक्रमण की एनोटेशन दर
3.प्रजाति वितरण
4.फाइलोजेनेटिक वृक्ष
बीएमके मामला
आर्सेनिक के संपर्क से आंतों की बाधा को नुकसान पहुंचता है और इसके परिणामस्वरूप आंत-यकृत अक्ष सक्रिय हो जाता है, जिससे बत्तखों में यकृत में सूजन और पाइरोप्टोसिस हो जाता है।
प्रकाशित:संपूर्ण पर्यावरण का विज्ञान,2021
अनुक्रमण रणनीति:
नमूने: नियंत्रण बनाम 8 मिलीग्राम/किग्रा एटीओ उजागर समूह
अनुक्रमण डेटा उपज: कुल 102,583 कच्चे सीसीएस अनुक्रम
नियंत्रण: 54,518 ± 747 प्रभावी सीसीएस
एटीओ-एक्सपोज़्ड: 45,050 ± 1675 प्रभावी सीसीएस
मुख्य परिणाम
अल्फा विविधता:एटीओ एक्सपोज़र ने बत्तखों में आंतों की माइक्रोबियल समृद्धि और विविधता को महत्वपूर्ण रूप से बदल दिया।
मेटास्टेट्स विश्लेषण:
फ़ाइलम स्तर में: 2 जीवाणु फ़ाइला केवल नियंत्रण समूहों में पाए जाते हैं
जीनस स्तर पर: 6 जेनेरा सापेक्ष बहुतायत में काफी भिन्न पाए गए
प्रजातियों के स्तर में: कुल मिलाकर 36 प्रजातियों की पहचान की गई, जिनमें से 6 प्रजातियों की सापेक्ष बहुतायत में काफी भिन्नता थी
संदर्भ
थिंगहोम, एलबी, एट अल।"टाइप 2 मधुमेह वाले और बिना टाइप 2 मधुमेह वाले मोटे व्यक्तियों में अलग-अलग आंत माइक्रोबियल कार्यात्मक क्षमता और संरचना दिखाई देती है।"सेल होस्ट और माइक्रोब26.2(2019).