● पर्यावरणीय नमूनों में माइक्रोबियल संरचना की अलगाव-मुक्त और तीव्र पहचान
● पर्यावरणीय नमूनों में कम-प्रचुर मात्रा में घटकों में उच्च रिज़ॉल्यूशन
● नवीनतम QIIME2 डेटाबेस, एनोटेशन, OTU/ASV के संदर्भ में विविध विश्लेषणों के साथ प्रवाह का विश्लेषण कर रहा है।
● उच्च-थ्रूपुट, उच्च सटीकता
● विविध माइक्रोबियल समुदाय अध्ययनों पर लागू
● बीएमके के पास मिट्टी, पानी, गैस, कीचड़, मल, आंत, त्वचा, किण्वन शोरबा, कीड़े, पौधे आदि को कवर करने वाले प्रति वर्ष 100,000 से अधिक नमूनों का व्यापक अनुभव है।
● BMKCloud ने 45 वैयक्तिकृत विश्लेषण टूल युक्त डेटा व्याख्या की सुविधा प्रदान की
अनुक्रमणप्लैटफ़ॉर्म | पुस्तकालय | अनुशंसित डेटा उपज | अनुमानित टर्न-अराउंड समय |
इलुमिना नोवासेक प्लेटफार्म | पीई250 | 50K/100K/300K टैग | तीस दिन |
● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● ओटीयू क्लस्टरिंग/डी-शोर (एएसवी)
● ओटीयू एनोटेशन
● अल्फ़ा विविधता
● बीटा विविधता
● अंतर-समूह विश्लेषण
● प्रायोगिक कारकों के विरुद्ध एसोसिएशन विश्लेषण
● फ़ंक्शन जीन भविष्यवाणी
के लिएडीएनए अर्क:
नमूना प्रकार | मात्रा | एकाग्रता | पवित्रता |
डीएनए अर्क | > 30 एनजी | > 1 एनजी/μl | ओडी260/280= 1.6-2.5 |
पर्यावरणीय नमूनों के लिए:
नमूना प्रकार | अनुशंसित नमूनाकरण प्रक्रिया |
मिट्टी | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;शेष सूखे पदार्थ को सतह से हटाने की जरूरत है;बड़े टुकड़ों को पीसें और 2 मिमी फिल्टर से गुजारें;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या साइरोट्यूब में विभाज्य नमूने। |
मल | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में नमूने एकत्र करें और उन्हें अलग करें। |
आंत्र सामग्री | नमूनों को सड़न रोकने वाली स्थिति में संसाधित करने की आवश्यकता है।एकत्रित ऊतक को पीबीएस से धोएं;पीबीएस को सेंट्रीफ्यूज करें और अवक्षेपक को ईपी-ट्यूबों में इकट्ठा करें। |
कीचड़ | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में कीचड़ का नमूना एकत्र करें और उसे अलग करें |
जल निकाय | सीमित मात्रा में माइक्रोबियल वाले नमूने के लिए, जैसे नल का पानी, कुएं का पानी, आदि, कम से कम 1 एल पानी इकट्ठा करें और झिल्ली पर माइक्रोबियल को समृद्ध करने के लिए 0.22 माइक्रोन फिल्टर से गुजारें।झिल्ली को बाँझ ट्यूब में संग्रहित करें। |
त्वचा | त्वचा की सतह को स्टेराइल कॉटन स्वाब या सर्जिकल ब्लेड से सावधानीपूर्वक खुरचें और इसे स्टेराइल ट्यूब में रखें। |
नमूनों को तरल नाइट्रोजन में 3-4 घंटे के लिए फ्रीज करें और दीर्घकालिक आरक्षण के लिए तरल नाइट्रोजन या -80 डिग्री में संग्रहित करें।सूखी बर्फ के साथ नमूना शिपिंग आवश्यक है।
1.प्रजाति वितरण
2.हीट मैप: प्रजाति समृद्धि क्लस्टरिंग
3.दुर्लभ गुट वक्र
4.एनएमडीएस विश्लेषण
5.लेफ़से विश्लेषण
बीएमके मामला
टाइप 2 मधुमेह वाले और बिना टाइप 2 मधुमेह वाले मोटे व्यक्तियों में आंत की माइक्रोबियल कार्यात्मक क्षमता और संरचना अलग-अलग दिखाई देती है
प्रकाशित:सेल होस्ट और माइक्रोब, 2019
अनुक्रमण रणनीति:
दुबला गैर-मधुमेह (n=633);मोटापा रहित मधुमेह (n=494);मोटापा-प्रकार 2 मधुमेह (n=153);
लक्ष्य क्षेत्र: 16एस आरडीएनए वी1-वी2
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना मिसेक (एनजीएस-आधारित एम्प्लिकॉन अनुक्रमण)
डीएनए अर्क के सबसेट को इलुमिना हिसेक पर मेटागेनोमिक अनुक्रमण के अधीन किया गया था
मुख्य परिणाम
इन चयापचय रोगों की माइक्रोबियल प्रोफाइलिंग को सफलतापूर्वक विभेदित किया गया।
16एस अनुक्रमण द्वारा उत्पन्न माइक्रोबियल विशेषताओं की तुलना करने पर, मोटापा माइक्रोबियल संरचना, व्यक्तिगत विशेषताओं में परिवर्तन, विशेष रूप से अक्करमेन्सिया, फ़ेकैलिबैक्टेरियम, ऑसिलिबैक्टर, एलिस्टिप्स, आदि में महत्वपूर्ण कमी के साथ जुड़ा हुआ पाया गया। इसके अलावा, टी2डी को एस्चेरिचिया/शिगेला में वृद्धि के साथ जुड़ा हुआ पाया गया। .
संदर्भ
थिंगहोम, एलबी, एट अल।"टाइप 2 मधुमेह वाले और बिना टाइप 2 मधुमेह वाले मोटे व्यक्तियों में अलग-अलग आंत माइक्रोबियल कार्यात्मक क्षमता और संरचना दिखाई देती है।"सेल होस्ट और माइक्रोब26.2(2019).