10x जीनोमिक्स विसियम स्पैटियल ट्रांस्क्रिप्टोम
विशेषताएँ
● रिज़ॉल्यूशन: 100 µM
● स्पॉट व्यास: 55 µM
● स्थानों की संख्या: 4992
● कैप्चर क्षेत्र: 6.5 x 6.5 मिमी
● प्रत्येक बारकोडेड स्पॉट 4 खंडों से बने प्राइमरों से भरा हुआ है:
- एमआरएनए प्राइमिंग और सीडीएनए संश्लेषण के लिए पॉली (डीटी) टेल
- प्रवर्धन पूर्वाग्रह को ठीक करने के लिए अद्वितीय आणविक पहचानकर्ता (यूएमआई)।
- स्थानिक बारकोड
- आंशिक रूप से पढ़े गए 1 अनुक्रमण प्राइमर का बाइंडिंग अनुक्रम
● अनुभागों का एच एंड ई धुंधलापन
लाभ
●एक बंद सेवा: क्रायो-सेक्शनिंग, स्टेनिंग, ऊतक अनुकूलन, स्थानिक बारकोडिंग, पुस्तकालय तैयारी, अनुक्रमण और जैव सूचना विज्ञान सहित सभी अनुभव और कौशल-आधारित चरणों को एकीकृत करता है।
● अत्यधिक कुशल तकनीकी टीम: 250 से अधिक ऊतक प्रकारों और मानव, चूहे, स्तनपायी, मछली और पौधों सहित 100 से अधिक प्रजातियों में अनुभव के साथ।
●पूरे प्रोजेक्ट पर वास्तविक समय का अपडेट: प्रायोगिक प्रगति के पूर्ण नियंत्रण के साथ।
●व्यापक मानक जैव सूचना विज्ञान:पैकेज में 29 विश्लेषण और 100+ उच्च गुणवत्ता वाले आंकड़े शामिल हैं।
●अनुकूलित डेटा विश्लेषण और विज़ुअलाइज़ेशन: विभिन्न शोध अनुरोधों के लिए उपलब्ध।
●एकल-कोशिका एमआरएनए अनुक्रमण के साथ वैकल्पिक संयुक्त विश्लेषण
विशेष विवरण
| नमूना आवश्यकताएँ | पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | डेटा अनुशंसित | गुणवत्ता नियंत्रण |
| OCT-एम्बेडेड क्रायो नमूने, FFPE नमूने (इष्टतम व्यास: लगभग 6x6x6 मिमी3) प्रति नमूना 3 ब्लॉक | 10X विसियम सीडीएनए लाइब्रेरी | इलुमिना PE150 | प्रति स्थान 50K PE पढ़ता है (60जीबी) | आरआईएन>7 |
नमूना तैयार करने के मार्गदर्शन और सेवा कार्यप्रवाह के बारे में अधिक जानकारी के लिए, कृपया बेझिझक किसी से बात करेंबीएमकेजीन विशेषज्ञ
सेवा कार्यप्रवाह
नमूना तैयार करने के चरण में, उच्च गुणवत्ता वाला आरएनए प्राप्त किया जा सकता है यह सुनिश्चित करने के लिए प्रारंभिक थोक आरएनए निष्कर्षण परीक्षण किया जाता है।ऊतक अनुकूलन चरण में वर्गों को दाग दिया जाता है और कल्पना की जाती है और ऊतक से एमआरएनए रिलीज के लिए पारगम्यता स्थितियों को अनुकूलित किया जाता है।अनुकूलित प्रोटोकॉल को लाइब्रेरी निर्माण के दौरान लागू किया जाता है, इसके बाद अनुक्रमण और डेटा विश्लेषण किया जाता है।
संपूर्ण सेवा वर्कफ़्लो में एक प्रतिक्रियाशील फीडबैक लूप बनाए रखने के लिए वास्तविक समय के अपडेट और क्लाइंट पुष्टिकरण शामिल हैं, जिससे परियोजना का सुचारू निष्पादन सुनिश्चित होता है।
निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
डेटा गुणवत्ता नियंत्रण:
o डेटा आउटपुट और गुणवत्ता स्कोर वितरण
o प्रति स्थान जीन का पता लगाना
o ऊतक कवरेज
आंतरिक नमूना विश्लेषण:
o जीन समृद्धि
o कम आयाम विश्लेषण सहित स्पॉट क्लस्टरिंग
o समूहों के बीच विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण: मार्कर जीन की पहचान
o मार्कर जीन का कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन
अंतर-समूह विश्लेषण
o दोनों नमूनों (जैसे रोगग्रस्त और नियंत्रित) से धब्बों का पुनः संयोजन और पुनः क्लस्टर
o प्रत्येक क्लस्टर के लिए मार्कर जीन की पहचान
o मार्कर जीन का कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन
o समूहों के बीच एक ही क्लस्टर की विभेदक अभिव्यक्ति
आंतरिक नमूना विश्लेषण
स्पॉट क्लस्टरिंग
मार्कर जीन की पहचान और स्थानिक वितरण
अंतर-समूह विश्लेषण
दोनों समूहों से डेटा संयोजन और पुनः क्लस्टर
नए समूहों के मार्कर जीन
इन विशेष प्रकाशनों में 10X Visium द्वारा BMKGene की स्थानिक ट्रांसक्रिपटॉमिक्स सेवा द्वारा प्रदान की गई प्रगति का अन्वेषण करें:
चेन, डी. एट अल.(2023) 'एमटीएचएल1, स्तनधारी आसंजन जीपीसीआर का एक संभावित ड्रोसोफिला होमोलॉग, मक्खियों में इंजेक्ट ऑन्कोजेनिक कोशिकाओं के लिए एंटीट्यूमर प्रतिक्रियाओं में शामिल है', संयुक्त राज्य अमेरिका के नेशनल एकेडमी ऑफ साइंसेज की कार्यवाही, 120(30), पी।e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
चेन, वाई. एट अल.(2023) 'स्टील स्पेटियोटेम्पोरल ट्रांसक्रिप्टोमिक डेटा के उच्च-रिज़ॉल्यूशन चित्रण को सक्षम बनाता है', बायोइनफॉरमैटिक्स में ब्रीफिंग, 24(2), पीपी 1-10।डीओआई: 10.1093/बीआईबी/बीबीएडी068।
लियू, सी. एट अल.(2022) 'आर्किड फूलों के विकास में ऑर्गोजेनेसिस का एक स्पैटिओटेम्पोरल एटलस', न्यूक्लिक एसिड रिसर्च, 50(17), पीपी. 9724-9737।डीओआई: 10.1093/एनएआर/जीकेएसी773।
वांग, जे. एट अल.(2023) 'स्थानिक ट्रांसक्रिपटॉमिक्स और एकल-नाभिक आरएनए अनुक्रमण को एकीकृत करने से गर्भाशय लेयोमायोमा के लिए संभावित चिकित्सीय रणनीतियों का पता चलता है', इंटरनेशनल जर्नल ऑफ बायोलॉजिकल साइंसेज, 19(8), पीपी 2515-2530।डीओआई: 10.7150/आईजेबीएस.83510।
