Nūhou

Ua ʻike ʻia ka hoʻonui ʻia ʻana o ka element Transposable (TE) ma ke ʻano he mea hoʻoikaika i ka hoʻonui ʻana i ka nui o ka genome a me ka hoʻomohala ʻana, akā ʻaʻole ʻike nui ʻia nā hopena no ka hoʻokumu ʻana i ka hoʻolālā genomic 3D i nā mea kanu.Ma ʻaneʻi, hōʻike mākou i nā hui genome papa kuhikuhi no ʻekolu mau ʻano pulupulu e hoʻomaka ana i ʻekolu paʻi i ka nui genome, ʻo ia hoʻi.ʻO Gossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), aG. raimondii(D5), me ka hoʻohana ʻana iā Oxford Nanopore Technologies.Hoʻopaʻa ʻia nā loiloi genome hoʻohālikelike i nā kikoʻī o ka hoʻonui ʻia ʻana o ka TE e pili ana i nā ʻokoʻa nui o ka genome (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), a hōʻike i ka mālama ʻana i nā ʻano gene a me nā pilina synteny ma waena o nā genomes.Ua ʻike mākou aia ma kahi o 17% o nā genes syntenic e hōʻike ana i ka loli kūlana chromatin ma waena o nā keʻena hana ("A") a me ka hana ʻole ("B"), a ua pili ka hoʻonui ʻia ʻana o TE me ka hoʻonui ʻana o ka māhele o A i nā ʻāpana gene (~ 7,000 genes. ) ma K2 a me A2 pili ia D5.ʻO 42% wale nō o nā palena topologically associating domain (TAD) i mālama ʻia ma waena o nā genomes ʻekolu.Hoʻopili kā mākou ʻikepili i ka hoʻonui hou ʻana o TEs ma hope o ka hoʻokumu ʻana i nā palena TAD kikoʻī.Hōʻike kēia haʻawina i ka hana o ka transposon-mediated genome expansion i ka hoʻomohala ʻana o ka hoʻolālā chromatin kiʻekiʻe i nā mea kanu.