Ƙwararren ƙwayar cuta mai girma, musamman a kan yawan jama'a, wani muhimmin mataki ne a cikin nazarin ƙungiyoyin kwayoyin halitta, wanda ke ba da tushen kwayoyin halitta don gano aikin kwayoyin halitta, nazarin juyin halitta, da dai sauransu. Maimakon zurfin tsarin sake fasalin kwayoyin halitta, rage yawan wakilcin kwayoyin halitta (RRGS). ) an gabatar da shi don rage farashin jeri akan kowane samfuri, yayin da ake kiyaye ingantaccen aiki akan gano alamun kwayoyin halitta.Ana samun wannan galibi ta hanyar ciro ɓangarorin taƙaitawa a cikin kewayon girman da aka ba, wanda ake kiran sunan ɗakin karatu na wakilci (RRL).Takamaiman-wuri ƙara girman juzu'i (SLAF-Seq) dabara ce ta haɓaka kai don de novo SNP ganowa da SNP genotyping na yawan jama'a.
Gudun aikin fasaha
SLAF vs Hanyoyin RRL na yanzu
Amfanin SLAF
Ingantacciyar gano alamar kwayoyin halitta- Haɗe tare da fasaha mai mahimmanci na kayan aiki, SLAF-Seq na iya cimma daruruwan dubban tags da aka gano a cikin dukkanin kwayoyin halitta don cika buƙatar ayyukan bincike daban-daban, ko dai tare da ko tare da kwayoyin halitta.
Ƙirar gwaji na musamman&mai sassauƙa- Don maƙasudin bincike ko nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i) nau'i-nau'.Za a riga an kimanta dabarun narkewa cikin siliki don tabbatar da ƙirar enzyme mafi kyau.
Babban inganci a cikin narkewar enzymatic- Narkewar enzymatic da aka riga aka tsara yana ba da ƙarin rarraba SLAFs akan chromosome.Tarin juzu'i mai inganci na iya cimma sama da 95%.
Ka guji maimaita jerin abubuwa- Kashi na maimaita maimaitawa a cikin bayanan SLAF-Seq ya ragu zuwa ƙasa da 5%, musamman a cikin nau'in nau'in nau'in nau'in abubuwa masu maimaitawa, kamar alkama, masara, da sauransu.
Gudun aiki na bioinformatic da kansa- BMK ya haɓaka haɗaɗɗen tsarin aiki na bioinformatic wanda ya dace da fasahar SLAF-Seq don tabbatar da aminci da daidaiton fitarwa na ƙarshe.
Farashin SLAF
Taswirar haɗin kai
Gine-ginen taswirar kwayoyin halitta mai girma da gano nau'ikan nau'ikan furanni masu sarrafa loci a cikin Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Jarida: Binciken Noma da aka Buga: 2020.7
GWAS
Gano jinsin ɗan takara mai alaƙa da abun cikin isofavone a cikin tsaba na waken soya ta amfani da ƙungiyar genome-fadi da taswirar haɗin gwiwa.
Jarida: Jaridar Shuka An buga: 2020.08
Juyin Halitta
Binciken kwayoyin halitta na yawan jama'a da taron de novo sun bayyana asalin shinkafar ciyawa azaman wasan juyin halitta
Jarida: Tsirrai Kwayoyin Buga: 2019.5
Binciken Segregant (BSA)
GmST1, wanda ke ɓoye sulfotransferase, yana ba da juriya ga nau'in ƙwayar ƙwayar ƙwayar waken soya G2 da G3.
Jarida: Shuka, Tantanin halitta & Muhalli An buga: 2021.04
Magana
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: ingantacciyar hanya ta babban-sikelin de novo SNP ganowa da genotyping ta hanyar yin amfani da babban tsari [J].Plos 1, 2013, 8 (3): e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Gina taswirar ƙayyadaddun ƙayyadaddun ƙayyadaddun ƙayyadaddun ƙayyadaddun ƙayyadaddun ƙayyadaddun ƙayyadaddun taswira da gano yanayin loci masu sarrafa nau'ikan furanni a cikin Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Gano nau'in ɗan takara wanda ke da alaƙa da abun ciki na isoflavone a cikin tsaba na waken soya ta amfani da ƙungiyar genome-fadi da taswirar haɗin gwiwa.Shuka J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Binciken Al'ummar Al'umma da Majalisar De Novo Sun Bayyana Asalin Rice Rice azaman Wasan Juyin Halitta.Mol Shuka.2019; 12 (5): 632-647.Mol Shuka.2018;11 (11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, wanda ke ɓoye sulfotransferase, yana ba da juriya ga nau'in ƙwayar ƙwayar waken soya G2 da G3.Muhallin Tsirrai.2021;10.1111/pc.14066
Lokacin aikawa: Janairu-04-2022