પ્લેટફોર્મ: ઈલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ, PE150
લાઇબ્રેરી પ્રકાર: 350bp insert cDNA લાઇબ્રેરી (પીક ડિસ્ટ્રિબ્યુશન પર આધાર રાખે છે)
સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના: જોડી-અંત 150 bp
ભલામણ ડેટા રકમ: 2 Gb કાચો ડેટા/નમૂનો
(1) સિક્વન્સિંગ ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ: ન્યુક્લિયોટાઇડ વિતરણ, આધાર ગુણવત્તા વિતરણ, rRNA ગુણોત્તર આકારણી;
(2) ક્રમ સંરેખણ વિશ્લેષણ: સંરેખણ પરિણામ આંકડા, ક્રમનું સંતૃપ્તિ, ક્રમનું કવરેજ;
(3) સંદર્ભ જીનોમ એનોટેશન (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);
(4) અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ: અભિવ્યક્તિ વિતરણ (બે અથવા વધુ નમૂનાઓ સાથે), નમૂનાઓ વચ્ચે અભિવ્યક્તિનું વિશ્લેષણ (વેન વિશ્લેષણ, સહસંબંધ વિશ્લેષણ, પીસીએ વિશ્લેષણ);
(5) વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ (બે અથવા વધુ નમૂનાઓ સાથે);
(6) જનીન સમૂહ વિશ્લેષણ: વેન વિશ્લેષણ, ક્લસ્ટર વિશ્લેષણ, કાર્ય એનોટેશન વિશ્લેષણ (COG, GO, KEGG), કાર્ય સંવર્ધન વિશ્લેષણ (GO, KEGG), કાર્ય સંવર્ધન કોર્ડલ ગ્રાફ, Ipath વિશ્લેષણ;
(7) sRNA વિશ્લેષણ: sRNA આગાહી, sRNA એનોટેશન (બ્લાસ્ટ, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA ગૌણ માળખું અનુમાન, sRNA લક્ષ્ય જનીન આગાહી;
(8) ટ્રાન્સક્રિપ્ટ માળખું વિશ્લેષણ: ઓપેરોન વિશ્લેષણ, ટ્રાંસ્ક્રિપ્શન પ્રારંભ અને સમાપ્તિ સાઇટ્સ આગાહી, UTR એનોટેશન અને વિશ્લેષણ, પ્રમોટર સિક્વન્સ અનુમાન, SNP/InDel વિશ્લેષણ (SNP/InDel એનોટેશન, SNP/InDel પ્રાદેશિક વિતરણ, SNP આંકડાકીય).