-
ક્રોમેટિન ઇમ્યુનોપ્રિસિપિટેશન સિક્વન્સિંગ (ChIP-seq)
ChIP-Seq હિસ્ટોન ફેરફાર, ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળો અને અન્ય ડીએનએ-સંબંધિત પ્રોટીન માટે ડીએનએ લક્ષ્યોની જીનોમ-વ્યાપી પ્રોફાઇલિંગ પ્રદાન કરે છે.તે ચોક્કસ પ્રોટીન-ડીએનએ સંકુલને પુનઃપ્રાપ્ત કરવા માટે ક્રોમેટિન ઇમ્યુનો-પ્રિસિપિટેશન (ChIP) ની પસંદગીને જોડે છે, પુનઃપ્રાપ્ત ડીએનએના ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ માટે નેક્સ્ટ-જનરેશન સિક્વન્સિંગ (NGS) ની શક્તિ સાથે.વધારામાં, કારણ કે પ્રોટીન-ડીએનએ સંકુલ જીવંત કોષોમાંથી પુનઃપ્રાપ્ત થાય છે, બંધનકર્તા સ્થળોની તુલના વિવિધ કોષ પ્રકારો અને પેશીઓમાં અથવા વિવિધ પરિસ્થિતિઓમાં કરી શકાય છે.એપ્લિકેશનમાં ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ રેગ્યુલેશનથી લઈને ડેવલપમેન્ટલ પાથવેઝથી લઈને ડિસીઝ મિકેનિઝમ્સ અને તેનાથી આગળનો સમાવેશ થાય છે.
પ્લેટફોર્મ: ઈલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ
-
મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ -NGS
મેટાજેનોમ એ સજીવોના મિશ્ર સમુદાયની કુલ આનુવંશિક સામગ્રીના સંગ્રહનો ઉલ્લેખ કરે છે, જેમ કે પર્યાવરણીય મેટાજેનોમ, માનવ મેટાજેનોમ, વગેરે. તેમાં ખેતી કરી શકાય તેવા અને બિનખેતી ન કરી શકાય તેવા બંને સૂક્ષ્મજીવોના જીનોમનો સમાવેશ થાય છે.મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ એ એક પરમાણુ સાધન છે જેનો ઉપયોગ પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાંથી કાઢવામાં આવેલા મિશ્ર જિનોમિક પદાર્થોનું વિશ્લેષણ કરવા માટે થાય છે, જે પ્રજાતિની વિવિધતા અને વિપુલતા, વસ્તી માળખું, ફાયલોજેનેટિક સંબંધ, કાર્યાત્મક જનીનો અને પર્યાવરણીય પરિબળો સાથેના સહસંબંધ નેટવર્કમાં વિગતવાર માહિતી પ્રદાન કરે છે.
પ્લેટફોર્મ:ઇલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ
-
મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ-નેનોપોર
મેટાજેનોમિક્સ એ પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાંથી કાઢવામાં આવેલા મિશ્ર જીનોમિક પદાર્થોનું વિશ્લેષણ કરવા માટે વપરાતું મોલેક્યુલર સાધન છે, જે પ્રજાતિઓની વિવિધતા અને વિપુલતા, વસ્તી માળખું, ફાયલોજેનેટિક સંબંધ, કાર્યાત્મક જનીનો અને પર્યાવરણીય પરિબળો સાથેના સહસંબંધ નેટવર્ક વગેરેમાં વિગતવાર માહિતી પ્રદાન કરે છે. નેનોપોર સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ તાજેતરમાં રજૂ થયું છે. મેટાજેનોમિક અભ્યાસ માટે.વાંચન લંબાઈમાં તેનું ઉત્કૃષ્ટ પ્રદર્શન મોટે ભાગે ડાઉન સ્ટ્રીમ મેટાજેનોમિક વિશ્લેષણ, ખાસ કરીને મેટાજેનોમ એસેમ્બલીમાં વધારો કરે છે.વાંચન-લંબાઈનો લાભ લઈને, નેનોપોર-આધારિત મેટાજેનોમિક અભ્યાસ શોટ-ગન મેટાજેનોમિક્સની તુલનામાં વધુ સતત એસેમ્બલી પ્રાપ્ત કરવામાં સક્ષમ છે.તે પ્રકાશિત કરવામાં આવ્યું છે કે નેનોપોર-આધારિત મેટાજેનોમિક્સે સફળતાપૂર્વક માઇક્રોબાયોમ્સ (મોસ, ઇએલ, એટ. અલ,નેચર બાયોટેક, 2020)
પ્લેટફોર્મ:નેનોપોર પ્રોમેથિઅન P48
-
સંપૂર્ણ જીનોમ બિસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ
સાયટોસિન (5-mC) માં પાંચમા સ્થાને DNA મેથિલેશન જનીન અભિવ્યક્તિ અને સેલ્યુલર પ્રવૃત્તિ પર મૂળભૂત પ્રભાવ ધરાવે છે.અસામાન્ય મેથિલેશન પેટર્ન કેન્સર જેવી અનેક પરિસ્થિતિઓ અને રોગો સાથે સંકળાયેલી છે.ડબલ્યુજીબીએસ સિંગલ બેઝ રિઝોલ્યુશન પર જીનોમ-વાઇડ મેથિલેશનનો અભ્યાસ કરવા માટેનું ગોલ્ડ સ્ટાન્ડર્ડ બની ગયું છે.
પ્લેટફોર્મ: ઈલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ
-
ઉચ્ચ થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ (ATAC-seq) સાથે ટ્રાન્સપોસેઝ-ઍક્સેસિબલ ક્રોમેટિન માટે પરીક્ષા
ATAC-seq એ જીનોમ-વ્યાપી ક્રોમેટિન સુલભતાના વિશ્લેષણ માટે ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ પદ્ધતિ છે, જે જનીન અભિવ્યક્તિના વૈશ્વિક એપિજેનેટિક નિયંત્રણ માટે મહત્વપૂર્ણ છે.સિક્વન્સિંગ એડેપ્ટરો હાયપરએક્ટિવ Tn5 ટ્રાન્સપોસેઝ દ્વારા ખુલ્લા ક્રોમેટિન પ્રદેશોમાં દાખલ કરવામાં આવે છે.પીસીઆર એમ્પ્લીફિકેશન પછી, સિક્વન્સિંગ લાઇબ્રેરી બનાવવામાં આવે છે.બધા ખુલ્લા ક્રોમેટિન પ્રદેશો ચોક્કસ અવકાશ-સમયની સ્થિતિ હેઠળ મેળવી શકાય છે, માત્ર ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળની બંધનકર્તા સાઇટ્સ અથવા ચોક્કસ હિસ્ટોન સંશોધિત પ્રદેશ સુધી મર્યાદિત નથી.
-
16S/18S/ITS એમ્પ્લિકન સિક્વન્સિંગ-PacBio
16S અને 18S rRNA પરનું સબયુનિટ અત્યંત સંરક્ષિત અને હાયપર-વેરિયેબલ બંને પ્રદેશો ધરાવે છે તે પ્રોકાર્યોટિક અને યુકેરીયોટિક સજીવોની ઓળખ માટે સંપૂર્ણ મોલેક્યુલર ફિંગરપ્રિન્ટ છે.સિક્વન્સિંગનો લાભ લઈને, આ એમ્પ્લિકોન્સને સંરક્ષિત ભાગોના આધારે લક્ષ્ય બનાવી શકાય છે અને માઇક્રોબાયલ ડાયવર્સિટી વિશ્લેષણ, વર્ગીકરણ, ફાયલોજેની, વગેરેને આવરી લેતા અભ્યાસમાં યોગદાન આપતા માઇક્રોબાયલ ઓળખ માટે હાઇપર-વેરિયેબલ પ્રદેશોને સંપૂર્ણ રીતે દર્શાવી શકાય છે. સિંગલ-મોલેક્યુલ રીઅલ-ટાઇમ (SMRT) ) PacBio પ્લેટફોર્મનું અનુક્રમ ખૂબ જ સચોટ લાંબા વાંચન મેળવવા માટે સક્ષમ કરે છે, જે પૂર્ણ-લંબાઈના એમ્પ્લિકન્સ (અંદાજે 1.5 Kb)ને આવરી શકે છે.આનુવંશિક ક્ષેત્રના વ્યાપક દૃષ્ટિકોણથી બેક્ટેરિયા અથવા ફૂગ સમુદાયમાં પ્રજાતિઓની ટીકામાં રિઝોલ્યુશનમાં ઘણો વધારો થયો છે.
પ્લેટફોર્મ:PacBio સિક્વલ II
-
16S/18S/ITS એમ્પ્લિકન સિક્વન્સિંગ-NGS
16S/18S/ITS એમ્પ્લિકોન સિક્વન્સિંગનો હેતુ હાઉસકીપિંગ આનુવંશિક માર્કર્સના પીસીઆર ઉત્પાદનોની તપાસ કરીને માઇક્રોબાયલ સમુદાયમાં ફાયલોજેની, વર્ગીકરણ અને પ્રજાતિઓની વિપુલતાને છતી કરવાનો છે જેમાં અત્યંત સંવાદિત અને હાયપરવેરિયેબલ બંને ભાગો છે.Woeses et al,(1977) દ્વારા આ સંપૂર્ણ મોલેક્યુલર ફિંગરપ્રિન્ટનો પરિચય અલગતા-મુક્ત માઇક્રોબાયોમ પ્રોફાઇલિંગને સશક્ત બનાવે છે.16S (બેક્ટેરિયા), 18S (ફૂગ) અને આંતરિક ટ્રાન્સક્રિપ્ટેડ સ્પેસર (ITS, ફૂગ) નું અનુક્રમ વિપુલ પ્રમાણમાં તેમજ દુર્લભ અને અજાણી પ્રજાતિઓ બંનેને ઓળખવાની મંજૂરી આપે છે.માનવ મોં, આંતરડા, મળ, વગેરે જેવા વિવિધ વાતાવરણમાં વિભેદક માઇક્રોબાયલ કમ્પોઝિશનને ઓળખવા માટે આ ટેકનોલોજી વ્યાપકપણે લાગુ અને મુખ્ય સાધન બની રહી છે.
પ્લેટફોર્મ:ઇલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ
-
બેક્ટેરિયલ અને ફંગલ આખા જીનોમ રી-સિક્વન્સિંગ
બેક્ટેરિયલ અને ફંગલ આખા જીનોમ રી-સિક્વન્સિંગ એ જાણીતા બેક્ટેરિયમ અને ફૂગના જીનોમને પૂર્ણ કરવા તેમજ બહુવિધ જીનોમ્સની તુલના કરવા અથવા નવા જીવોના જીનોમને મેપ કરવા માટે એક મહત્વપૂર્ણ સાધન છે.સચોટ સંદર્ભ જીનોમ જનરેટ કરવા, માઇક્રોબાયલ ઓળખ અને અન્ય તુલનાત્મક જીનોમ અભ્યાસ કરવા માટે બેક્ટેરિયમ અને ફૂગના સમગ્ર જીનોમને ક્રમમાં ગોઠવવાનું ખૂબ મહત્વનું છે.
પ્લેટફોર્મ: ઈલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ
-
PacBio-સંપૂર્ણ-લંબાઈ 16S/18S/ITS એમ્પ્લિકન સિક્વન્સિંગ
Amplicon (16S/18S/ITS) પ્લેટફોર્મ માઇક્રોબાયલ ડાયવર્સિટી પ્રોજેક્ટ વિશ્લેષણના વર્ષોના અનુભવ સાથે વિકસાવવામાં આવ્યું છે, જેમાં પ્રમાણભૂત મૂળભૂત વિશ્લેષણ અને વ્યક્તિગત વિશ્લેષણ શામેલ છે: મૂળભૂત વિશ્લેષણ વર્તમાન માઇક્રોબાયલ સંશોધનની મુખ્ય પ્રવાહની વિશ્લેષણ સામગ્રીને આવરી લે છે, વિશ્લેષણ સામગ્રી સમૃદ્ધ અને વ્યાપક છે, અને વિશ્લેષણ પરિણામો પ્રોજેક્ટ અહેવાલોના સ્વરૂપમાં રજૂ કરવામાં આવે છે;વ્યક્તિગત વિશ્લેષણની સામગ્રી વૈવિધ્યસભર છે.નમૂનાઓ પસંદ કરી શકાય છે અને વ્યક્તિગત આવશ્યકતાઓને અનુભૂતિ કરવા માટે મૂળભૂત વિશ્લેષણ અહેવાલ અને સંશોધન હેતુ અનુસાર પરિમાણો લવચીક રીતે સેટ કરી શકાય છે.વિન્ડોઝ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ, સરળ અને ઝડપી.
-
PacBio-સંપૂર્ણ-લેન્થ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ (બિન-સંદર્ભ)
પેસિફિક બાયોસાયન્સિસ (PacBio) આઇસોફોર્મ સિક્વન્સિંગ ડેટાને ઇનપુટ તરીકે લેતા, આ એપ્લિકેશન પૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાન્સક્રિપ્ટ સિક્વન્સ (એસેમ્બલી વિના) ઓળખવામાં સક્ષમ છે.સંદર્ભ જિનોમ સામે પૂર્ણ-લંબાઈના સિક્વન્સને મેપ કરીને, ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સને જાણીતા જનીનો, ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સ, કોડિંગ પ્રદેશો વગેરે દ્વારા ઑપ્ટિમાઇઝ કરી શકાય છે. આ કિસ્સામાં, mRNA સ્ટ્રક્ચર્સની વધુ સચોટ ઓળખ, જેમ કે વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વગેરે, પ્રાપ્ત કરી શકાય છે.NGS ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ સિક્વન્સિંગ ડેટા સાથેનું સંયુક્ત વિશ્લેષણ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ સ્તરે અભિવ્યક્તિમાં વધુ વ્યાપક એનોટેશન અને વધુ સચોટ પરિમાણને સક્ષમ કરે છે, જે મોટાભાગે ડાઉનસ્ટ્રીમ ડિફરન્સિયલ એક્સપ્રેશન અને ફંક્શનલ એનાલિસિસને લાભ આપે છે.
-
રિડ્યુસ્ડ રિપ્રેઝન્ટેશન બિસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ (RRBS)
ડીએનએ મેથિલેશન સંશોધન હંમેશા રોગ સંશોધનમાં એક ગરમ વિષય રહ્યો છે, અને તે જનીન અભિવ્યક્તિ અને ફેનો-ટાઇપિક લક્ષણો સાથે નજીકથી સંબંધિત છે.RRBS એ DNA મેથિલેશન સંશોધન માટે સચોટ, કાર્યક્ષમ અને આર્થિક પદ્ધતિ છે.એન્ઝાઇમેટિક ક્લીવેજ (Msp I) દ્વારા પ્રમોટર અને CpG ટાપુ પ્રદેશોનું સંવર્ધન, Bisulfite ક્રમ સાથે મળીને, ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન DNA મેથિલેશન શોધ પ્રદાન કરે છે.
પ્લેટફોર્મ: ઈલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ
-
પ્રોકાર્યોટિક એમઆરએનએ સિક્વન્સિંગ
mRNA સિક્વન્સિંગ ચોક્કસ પરિસ્થિતિઓ હેઠળ કોષોની અંદર તમામ mRNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સની વ્યાપક પ્રોફાઇલિંગને સશક્ત બનાવે છે.આ અદ્યતન ટેકનોલોજી એક શક્તિશાળી સાધન તરીકે કામ કરે છે, જે જટિલ જનીન અભિવ્યક્તિ પ્રોફાઇલ્સ, જનીન બંધારણો અને વિવિધ જૈવિક પ્રક્રિયાઓ સાથે સંકળાયેલ મોલેક્યુલર મિકેનિઝમ્સનું અનાવરણ કરે છે.મૂળભૂત સંશોધન, ક્લિનિકલ ડાયગ્નોસ્ટિક્સ અને ડ્રગ ડેવલપમેન્ટમાં વ્યાપકપણે અપનાવવામાં આવેલ, mRNA સિક્વન્સિંગ સેલ્યુલર ડાયનેમિક્સ અને આનુવંશિક નિયમનની જટિલતાઓમાં આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે.અમારી પ્રોકાર્યોટિક mRNA સેમ્પલ પ્રોસેસિંગ પ્રોકાર્યોટિક ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ્સ માટે તૈયાર કરવામાં આવી છે, જેમાં rRNA ડિપ્લેશન અને ડાયરેક્શનલ લાઇબ્રેરીની તૈયારી સામેલ છે.
પ્લેટફોર્મ: Illumina NovaSeq X
