જીનોમ ઇવોલ્યુશન
જીનોમ ડી નોવો
એસેમ્બલી|લિંગ નિર્ધારણ બાયોમાર્કર ટેક્નોલોજિસ દ્વારા સમગ્ર સિક્વન્સિંગ કામો અને આંશિક બાયોઇન્ફોર્મેટીક સેવાઓ પ્રદાન કરવામાં આવી હતી.
અમૂર્ત
"સીડ્રેગનના આઇકોનિક ફેનોટાઇપમાં પાંદડા જેવા જોડાણો, દાંત વગરનું નળીઓવાળું મોં અને ખુલ્લા "બ્રુડ પેચ" પર ફળદ્રુપ ઇંડાના સેવનનો સમાવેશ કરતી પુરૂષ ગર્ભાવસ્થાનો સમાવેશ થાય છે.અમે સામાન્ય સીડ્રેગન (ફિલોપ્ટેરિક્સ ટેનીયોલેટસ) અને તેની નજીકથી સંબંધિત પ્રજાતિઓ, એલિગેટર પાઇપફિશ (સિન્ગ્નાથોઇડ્સ બાયક્યુલેટસ) ના નર અને માદા જીનોમનો ક્રમાંકિત કરીએ છીએ.ઉત્ક્રાંતિની નવીનતામાંથી ટ્રાંસ્ક્રિપ્શન પ્રોફાઇલ્સ, પાંદડા જેવા જોડાણો, દર્શાવે છે કે સામાન્ય રીતે ફિન ડેવલપમેન્ટમાં સામેલ જનીનોનો સમૂહ સહ-પસંદ કરવામાં આવ્યો છે તેમજ સંભવિત પેશીના સમારકામ અને રોગપ્રતિકારક સંરક્ષણ જનીનો માટે ટ્રાન સ્ક્રિપ્ટનું સંવર્ધન કરવામાં આવ્યું છે.scpp5 માટેના ઝેબ્રાફિશ મ્યુટન્ટ્સ, જે તમામ સિન્ગ્નાથિડ્સમાં ખોવાઈ જાય છે, તેમાં ફેરીન્જિયલ દાંતનો અભાવ જોવા મળ્યો હતો અથવા તે વિકૃત છે, જે અનુમાનને સમર્થન આપે છે કે scpp5 ની ખોટ સિન્ગ્નાથિડ્સમાં દાંતના નુકશાનમાં ફાળો આપે છે.સામાન્ય સીડ્રેગન અને એલિગેટર પાઈપફિશ દ્વારા વહેંચાયેલ પુરુષ-વિશિષ્ટ amhr2y જનીનને એન્કોડ કરતું એક લિંગ-નિર્ધારણ લોકસ ઓળખવામાં આવ્યું હતું. "
સામગ્રી અને પદ્ધતિઓ:
સામગ્રી
Fઅમારા સામાન્ય સીડ્રેગન (પી. ટેનીયોલેટસ) અને બે એલિગેટર પાઇપફિશ (એસ. બાયક્યુલેટસ) નમૂનાઓ.બે સામાન્ય સીડ્રેગન (એક પુરુષ અને એક સ્ત્રી) અને બે એલીગેટર પાઈપફિશ (એક પુરુષ અને એક સ્ત્રી) વ્યક્તિઓનો ઉપયોગ સંપૂર્ણ-જીનોમ સિક્વન્સિંગ માટે કરવામાં આવ્યો હતો, અને અન્ય બે પુરુષ સામાન્ય સીડ્રેગન વ્યક્તિઓનો ઉપયોગ જીનોમ અનુક્રમણિકા માટે કરવામાં આવ્યો હતો.
જીનોમ સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના
270/350 bp લાઇબ્રેરી (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) અથવા Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). સિક્વન્સિંગ, અને અન્ય બે પુરૂષ સામાન્ય સીડ્રેગન વ્યક્તિઓનો ઉપયોગ જીનોમ રિક્વન્સિંગ માટે કરવામાં આવ્યો હતો.
ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ સિક્વન્સિંગ
Fઅથવા સામાન્ય સીડ્રેગન, મગજ, આંખ, ગિલ, લીવર, હૃદય, કિડની, મેસેન્ટરી, આંતરડા, સ્નાયુ, ફિન, ત્વચા, પાંદડા જેવા ઉપાંગો, વૃષણ અને અંડાશય એકત્રિત કરવામાં આવ્યા હતા.
જીનોમ ડી નોવો એસેમ્બલી વ્યૂહરચના
Cઅનુ (સુધારણા) + WTDBG2 (એસેમ્બલી) + પિલોન (પોલિશ) + લેચેસિસ (હાય-સી).
મુખ્ય પરિણામો
ફિગ. 1. સામાન્ય સીડ્રેગન (P. taeniolatus) અને એલિગેટર પાઇપફિશ (S. biaculeatus) અને તેમની ફિલોજેનેટિક સ્થિતિની મુખ્ય લાક્ષણિકતાઓ.
ફિગ. 2. સામાન્ય સીડ્રેગન (P. taeniolatus) માં પાંદડા જેવા જોડાણોનું મોર્ફોલોજી અને આનુવંશિક મેકઅપ.
ફિગ. 3. સામાન્ય સીડ્રેગન (P. taeniolatus) અને એલીગેટર પાઇપફિશ (S. biaculeatus) માં પુટેટિવ લિંગ નિર્ધારણ જનીન.
ફિગ. 4. ઝેબ્રાફિશ એસસીપીપી5 હોમોઝાયગસ મ્યુટન્ટ્સમાં ફેરીન્જિયલ ટૂથ ફેનોટાઇપ્સ.
પોસ્ટ સમય: જાન્યુઆરી-08-2022