ઉચ્ચ-થ્રુપુટ જીનોટાઇપિંગ, ખાસ કરીને મોટા પાયે વસ્તી પર, આનુવંશિક જોડાણ અભ્યાસમાં એક મૂળભૂત પગલું છે, જે કાર્યાત્મક જનીન શોધ, ઉત્ક્રાંતિ વિશ્લેષણ વગેરે માટે આનુવંશિક આધાર પૂરો પાડે છે. ઊંડા સંપૂર્ણ જીનોમ રી-સિક્વન્સિંગને બદલે, ઘટાડો પ્રતિનિધિત્વ જીનોમ સિક્વન્સિંગ (RRGS) આનુવંશિક માર્કર શોધ પર વાજબી કાર્યક્ષમતા જાળવવા સાથે, નમૂના દીઠ અનુક્રમ ખર્ચ ઘટાડવા માટે રજૂ કરવામાં આવે છે.આ સામાન્ય રીતે આપેલ કદની શ્રેણીમાં પ્રતિબંધના ટુકડાને બહાર કાઢીને પ્રાપ્ત થાય છે, જેને રિડ્યુસ્ડ રિપ્રેઝન્ટેશન લાઇબ્રેરી(RRL) નામ આપવામાં આવ્યું છે.સ્પેસિફિક-લોકસ એમ્પ્લીફાઈડ ફ્રેગમેન્ટ સિક્વન્સિંગ (SLAF-Seq) એ નવી SNP શોધ અને મોટી વસ્તીના SNP જીનોટાઈપિંગ માટે સ્વ-વિકસિત વ્યૂહરચના છે.
ટેકનિકલ વર્કફ્લો
SLAF વિ હાલની RRL પદ્ધતિઓ
SLAF ના ફાયદા
ઉચ્ચ આનુવંશિક માર્કર શોધ કાર્યક્ષમતા- ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ ટેક્નોલોજી સાથે જોડાયેલી, SLAF-Seq વિવિધ સંશોધન પ્રોજેક્ટ્સની વિનંતીને પરિપૂર્ણ કરવા માટે સમગ્ર જીનોમમાં શોધાયેલ સેંકડો હજારો ટૅગ્સ હાંસલ કરી શકે છે, ક્યાં તો સંદર્ભ જિનોમ સાથે અથવા તેની સાથે.
કસ્ટમાઇઝ અને લવચીક પ્રાયોગિક ડિઝાઇન- વિવિધ સંશોધન ધ્યેય અથવા પ્રજાતિઓ માટે, સિંગલ-એન્ઝાઇમ, ડ્યુઅલ-એન્ઝાઇમ અને મલ્ટિ-એન્ઝાઇમ પાચન સહિત વિવિધ એન્ઝાઈમેટિક પાચન વ્યૂહરચના ઉપલબ્ધ છે.શ્રેષ્ઠ એન્ઝાઇમ ડિઝાઇનની ખાતરી કરવા માટે સિલિકોમાં પાચન વ્યૂહરચનાનું પૂર્વ-મૂલ્યાંકન કરવામાં આવશે.
એન્ઝાઇમેટિક પાચનમાં ઉચ્ચ કાર્યક્ષમતા- પૂર્વ-ડિઝાઇન એન્ઝાઇમેટિક પાચન રંગસૂત્ર પર વધુ સમાનરૂપે વિતરિત SLAFs પ્રદાન કરે છે.ફ્રેગમેન્ટ સંગ્રહ કાર્યક્ષમ 95% થી વધુ હાંસલ કરી શકે છે.
પુનરાવર્તિત ક્રમ ટાળો– SLAF-Seq ડેટામાં પુનરાવર્તિત ક્રમની ટકાવારી ઘટીને 5% કરતા ઓછી થઈ છે, ખાસ કરીને ઘઉં, મકાઈ વગેરે જેવા ઉચ્ચ સ્તરના પુનરાવર્તિત તત્વો ધરાવતી પ્રજાતિઓમાં.
સ્વ-વિકસિત બાયોઇન્ફોર્મેટીક વર્કફ્લો- BMK એ અંતિમ આઉટપુટની વિશ્વસનીયતા અને સચોટતા સુનિશ્ચિત કરવા માટે SLAF-Seq ટેક્નોલોજીને લાગુ પડતો સંકલિત બાયોઇન્ફોર્મેટીક વર્કફ્લો વિકસાવ્યો છે.
SLAF ની અરજી
આનુવંશિક જોડાણ નકશો
ઉચ્ચ ઘનતા આનુવંશિક નકશાનું નિર્માણ અને ક્રાયસાન્થેમમ (ક્રાયસાન્થેમમ x મોરીફોલિયમ રામત.) માં સ્થાનને નિયંત્રિત કરતા ફૂલ-પ્રકારના લક્ષણોની ઓળખ
જર્નલ: હોર્ટિકલ્ચર રિસર્ચ પ્રકાશિત: 2020.7
GWAS
જીનોમ-વાઇડ એસોસિએશન અને લિન્કેજ મેપિંગનો ઉપયોગ કરીને સોયાબીનના બીજમાં આઇસોફેવોન સામગ્રી સાથે સંકળાયેલ ઉમેદવાર જનીનની ઓળખ
જર્નલ: ધ પ્લાન્ટ જર્નલ પ્રકાશિત: 2020.08
ઉત્ક્રાંતિ જિનેટિક્સ
વસ્તી જીનોમિક પૃથ્થકરણ અને ડી નોવો એસેમ્બલી એક ઉત્ક્રાંતિ રમત તરીકે નીંદણ ચોખાના મૂળને જાહેર કરે છે
જર્નલ: મોલેક્યુલર પ્લાન્ટ પ્રકાશિત: 2019.5
જથ્થાબંધ અલગ અલગ વિશ્લેષણ (BSA)
GmST1, જે સલ્ફોટ્રાન્સફેરેસને એન્કોડ કરે છે, સોયાબીન મોઝેક વાયરસ સ્ટ્રેન્સ G2 અને G3 સામે પ્રતિકાર આપે છે
જર્નલ: પ્લાન્ટ, સેલ એન્ડ એન્વાયર્નમેન્ટ પ્રકાશિત: 2021.04
સંદર્ભ
સન એક્સ, લિયુ ડી, ઝાંગ એક્સ, એટ અલ.SLAF-Seq: ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગનો ઉપયોગ કરીને મોટા પાયે ડી નોવો SNP શોધ અને જીનોટાઇપિંગની કાર્યક્ષમ પદ્ધતિ[J].પ્લસ વન, 2013, 8(3):e58700
ગીત X, Xu Y, Gao K, et al.ઉચ્ચ ઘનતા આનુવંશિક નકશાનું નિર્માણ અને ક્રાયસાન્થેમમ (ક્રાયસાન્થેમમ × મોરિફોલિયમ રામેટ.) માં ફૂલ-પ્રકારના લક્ષણોને નિયંત્રિત કરતા સ્થાનની ઓળખ.હોર્ટિક રેસ.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.જીનોમ-વાઇડ એસોસિએશન અને લિંકેજ મેપિંગનો ઉપયોગ કરીને સોયાબીનના બીજમાં આઇસોફ્લેવોન સામગ્રી સાથે સંકળાયેલ ઉમેદવાર જનીનની ઓળખ.પ્લાન્ટ જે. 2020;104(4): 950-963.
સન જે, મા ડી, તાંગ એલ, એટ અલ.પોપ્યુલેશન જીનોમિક એનાલિસિસ અને ડી નોવો એસેમ્બલી એક ઉત્ક્રાંતિ રમત તરીકે વીડી રાઇસની ઉત્પત્તિ દર્શાવે છે.મોલ પ્લાન્ટ.2019;12(5):632-647.મોલ પ્લાન્ટ.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, જે સલ્ફોટ્રાન્સફેરેસને એન્કોડ કરે છે, તે સોયાબીન મોઝેક વાયરસ સ્ટ્રેન્સ G2 અને G3 સામે પ્રતિકાર આપે છે.પ્લાન્ટ સેલ પર્યાવરણ.2021;10.1111/pce.14066
પોસ્ટ સમય: જાન્યુઆરી-04-2022