ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ
પ્રકૃતિ
કોમ્યુનિકેશન્સ
ક્રોનિક લિમ્ફોસાયટીક લ્યુકેમિયામાં SF3B1 પરિવર્તનની પૂર્ણ-લંબાઈની ટ્રાન્સક્રિપ્ટ લાક્ષણિકતા જાળવી રાખેલા ઇન્ટ્રોન્સના ડાઉનરેગ્યુલેશનને દર્શાવે છે
પૂર્ણ-લંબાઈની ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સ|નેનોપોર સિક્વન્સિંગ|વૈકલ્પિક આઇસોફોર્મ વિશ્લેષણ
પૃષ્ઠભૂમિ
Sસ્પ્લિસિંગ ફેક્ટર SF3B1 માં ઓમેટિક પરિવર્તનો ક્રોનિક લિમ્ફોસાયટીક લ્યુકેમિયા(સીએલએલ), યુવેલ મેલાનોમા, સ્તન કેન્સર, વગેરે સહિત વિવિધ કેન્સર સાથે સંકળાયેલ હોવાનું વ્યાપકપણે નોંધવામાં આવ્યું છે. વધુમાં, ટૂંકા-વાંચેલા ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક અભ્યાસોએ SF3B1 mutation દ્વારા પ્રેરિત વિચલિત સ્પ્લિસિંગ પેટર્ન જાહેર કરી છે.જો કે, આ વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ પેટર્ન પરના અભ્યાસો લાંબા સમયથી ઘટના-સ્તર સુધી મર્યાદિત છે અને ટૂંકા-વાંચેલા એસેમ્બલ ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સની મર્યાદાને કારણે આઇસોફોર્મ-સ્તર પર જ્ઞાનના અભાવે છે.અહીં, નેનોપોર સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ પૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સ જનરેટ કરવા માટે રજૂ કરવામાં આવ્યું હતું, જે AS આઇસોફોર્મ્સ પર ઇન્વર્સ્ટિગેશનને સશક્ત બનાવે છે.
પ્રાયોગિક ડિઝાઇન
પ્રયોગો
જૂથીકરણ:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E મ્યુટેશન);3. સામાન્ય બી-કોષો
અનુક્રમ વ્યૂહરચના:MinION 2D લાઇબ્રેરી સિક્વન્સિંગ, PromethION 1D લાઇબ્રેરી સિક્વન્સિંગ;સમાન નમૂનાઓમાંથી ટૂંકા-વાંચવાનો ડેટા
સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ:ONT MinION;ઓએનટી પ્રોમેથિયન;
બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણ
પરિણામો
એ6 CLL નમૂનાઓ અને 3 B-સેલ્સમાંથી કુલ 257 મિલિયન રીડ જનરેટ થયા હતા.સરેરાશ 30.5% આ વાંચનને પૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાન્સક્રિપ્ટ તરીકે ઓળખવામાં આવ્યા હતા.
FRNA(FLAIR) નું ul-length વૈકલ્પિક આઇસોફોર્મ વિશ્લેષણ ઉચ્ચ આત્મવિશ્વાસ ધરાવતા આઇસોફોર્મ્સનો સમૂહ બનાવવા માટે વિકસાવવામાં આવ્યું હતું.FLAIR નો સારાંશ આ પ્રમાણે કરી શકાય છે:
Nએનોપોર સંરેખણ વાંચે છે: સંદર્ભ જીનોમ પર આધારિત સામાન્ય ટ્રાન્સક્રિપ્ટ માળખું ઓળખો;
Sપ્લાઈસ જંકશન કરેક્શન: એનોટેટેડ ઈન્ટ્રોન્સ, શોર્ટ-રીડ ડેટામાંથી ઈન્ટ્રોન્સ અથવા બંનેમાંથી સ્પ્લાઈસ સાઇટ સાથે ક્રમની ભૂલો(લાલ) યોગ્ય કરો;
Collapse: સ્પ્લિસ જંકશન ચેઇન્સ (પ્રથમ-પાસ સેટ) પર આધારિત પ્રતિનિધિ આઇસોફોર્મ્સનો સારાંશ આપો.સપોર્ટિંગ રીડની સંખ્યાના આધારે ઉચ્ચ-વિશ્વાસ isofrom પસંદ કરો(થ્રેશોલ્ડ: 3).
આકૃતિ 1. CLL માં SF3B1 પરિવર્તન સાથે સંકળાયેલ સંપૂર્ણ-લેન્થ આઇસોફોર્મ્સને ઓળખવા માટે FLAIR વિશ્લેષણ
FLAIR એ 326,699 ઉચ્ચ-આત્મવિશ્વાસના વિભાજિત આઇસોફોર્મ્સને ઓળખ્યા, જેમાંથી 90% નોવેલ આઇસોફોર્મ્સ છે.આમાંના મોટાભાગના બિન-એનોટેટેડ આઇસોફોર્મ્સ જાણીતા સ્પ્લિસ જંક્શન્સ (142,971) ના નવલકથા સંયોજનો હોવાનું જણાયું હતું, જ્યારે બાકીના નવલકથા આઇસોફોર્મ્સમાં કાં તો જાળવી રાખેલા ઇન્ટ્રોન (21,700) અથવા નોવેલ એક્સોન (3594) હતા.
Lઓન્ગ-રીડ સિક્વન્સ, મ્યુટન્ટ SF3B1-K700E - આઇસોફોર્મ-લેવલ પર બદલાયેલી સ્પ્લિસ સાઇટ્સની ઓળખને સશક્ત બનાવે છે.35 વૈકલ્પિક 3'SSs અને 10 વૈકલ્પિક 5'SSs SF3B1-K700E અને SF3B1-WT વચ્ચે નોંધપાત્ર રીતે વિભાજિત હોવાનું જણાયું હતું.35 માંથી 33 ફેરફારો લાંબા-વાંચેલા સિક્વન્સ દ્વારા નવા શોધાયા હતા.નેનોપોર ડેટામાં, SF3B1-K700E-બદલાયેલ 3'SSs થી કેનોનિકલ સાઇટ્સ શિખરો વચ્ચેના અંતરનું વિતરણ -20 bp આસપાસ છે, જે નિયંત્રણ વિતરણથી નોંધપાત્ર રીતે અલગ છે, જે CLL શોર્ટ-રીડ સિક્વન્સમાં નોંધવામાં આવ્યું છે તેના જેવું જ છે.ERGIC3 જનીનનાં આઇસોફોર્મ્સનું પૃથ્થકરણ કરવામાં આવ્યું હતું, જ્યાં SF3B1-K700E માં પ્રોક્સિમલ સ્પ્લિસ સાઇટ ધરાવતું નોવેલ આઇસોફોર્મ વધુ પ્રમાણમાં જોવા મળ્યું હતું.બંને પ્રોક્સિમલ અને ડિસ્ટલ 3'SS બહુવિધ આઇસોફોર્મ્સ જનરેટ કરતી વિશિષ્ટ AS પેટર્ન સાથે સંકળાયેલા હતા.
આકૃતિ 2. નેનોપોર સિક્વન્સિંગ ડેટા સાથે ઓળખાયેલ વૈકલ્પિક 3′ સ્પ્લિસિંગ પેટર્ન
IR ઓળખ અને પ્રમાણીકરણમાં વિશ્વાસને કારણે IR ઇવેન્ટ વપરાશ વિશ્લેષણ ટૂંકા-વાંચવા આધારિત વિશ્લેષણમાં લાંબા સમયથી મર્યાદિત છે.SF3B1-K700E અને SF3B1-WT માં IR આઇસોફોર્મ્સની અભિવ્યક્તિ નેનોપોર સિક્વન્સના આધારે માપવામાં આવી હતી, જે SF3B1-K700E માં IR આઇસોફોર્મ્સનું વૈશ્વિક ડાઉન-રેગ્યુલેશન દર્શાવે છે.
આકૃતિ 4. ખેતીની તીવ્રતા અને ત્રણ ખેતી પ્રણાલીઓમાં નેટવર્ક કનેક્ટિવિટી (A અને B);રેન્ડમ ફોરેસ્ટ એનાલિસિસ(C) અને કૃષિ તીવ્રતા અને AMF વસાહતીકરણ (D) વચ્ચેનો સંબંધ
આકૃતિ 3. CLL SF3B1-K700E માં ઇન્ટ્રોન ભાડાની ઘટનાઓ વધુ મજબૂત રીતે ડાઉન રેગ્યુલેટેડ છે
ટેકનોલોજી
નેનોપોર લોંગ-રીડ સિક્વન્સિંગ
Nએનોપોર સિક્વન્સિંગ એ સિંગલ મોલેક્યુલ રીઅલ-ટાઇમ ઇલેક્ટ્રિકલ સિગ્નલ સિક્વન્સિંગ ટેકનોલોજી છે.
Dઓબલ-સ્ટ્રેન્ડેડ ડીએનએ અથવા આરએનએ બાયોફિલ્મમાં જડિત નેનોપોરસ પ્રોટીન સાથે જોડાશે અને મોટર પ્રોટીનની આગેવાની હેઠળ અનવાઈન્ડ થશે.
DNA/RNA સેર વોલ્ટેજ તફાવતની ક્રિયા હેઠળ ચોક્કસ દરે નેનોપોર ચેનલ પ્રોટીનમાંથી પસાર થાય છે.
Mરાસાયણિક બંધારણ અનુસાર ઓલેક્યુલ્સ વિવિધ વિદ્યુત સંકેતો ઉત્પન્ન કરે છે.
Rબેઝ કોલિંગ દ્વારા સિક્વન્સની અલ-ટાઇમ ડિટેક્શન પ્રાપ્ત થાય છે.
પૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગનું પ્રદર્શન
√ ડેટા સંતૃપ્તિ
તુલનાત્મક ડેટા સંતૃપ્તિ સુધી પહોંચવા માટે 7 ગણા ઓછા વાંચન જરૂરી છે.
√ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ માળખું ઓળખ
દરેક ટ્રાન્સક્રિપ્ટની સર્વસંમતિ પૂર્ણ-લંબાઈના રીડઆઉટ સાથે વિવિધ માળખાકીય ભિન્નતાઓની ઓળખ
√ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ-સ્તરનું વિભેદક વિશ્લેષણ - ટૂંકા વાંચન દ્વારા છુપાયેલા ફેરફારોને જાહેર કરો
સંદર્ભ
તાંગ એડી , સોલેટ સીએમ , બેરેન એમજેવી , એટ અલ.ક્રોનિક લિમ્ફોસાયટીક લ્યુકેમિયામાં SF3B1 પરિવર્તનની પૂર્ણ-લંબાઈની ટ્રાન્સક્રિપ્ટ લાક્ષણિકતા જાળવી રાખેલા ઇન્ટ્રોન્સનું ડાઉનરેગ્યુલેશન દર્શાવે છે[J].નેચર કોમ્યુનિકેશન્સ.
ટેક અને હાઇલાઇટ્સ વિવિધ સંશોધન ક્ષેત્રોમાં વિવિધ ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ તકનીકોની સૌથી તાજેતરની સફળ એપ્લિકેશન તેમજ પ્રાયોગિક ડિઝાઇન અને ડેટા માઇનિંગમાં તેજસ્વી વિચારોને શેર કરવાનો હેતુ છે.
પોસ્ટ સમય: જાન્યુઆરી-08-2022