-
મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ (NGS)
મેટાજેનોમ એ સજીવોના મિશ્ર સમુદાયની કુલ આનુવંશિક સામગ્રીના સંગ્રહનો ઉલ્લેખ કરે છે, જેમ કે પર્યાવરણીય મેટાજેનોમ, માનવ મેટાજેનોમ, વગેરે. તેમાં ખેતી કરી શકાય તેવા અને બિનખેતી ન કરી શકાય તેવા બંને સૂક્ષ્મજીવોના જીનોમનો સમાવેશ થાય છે.મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ એ એક પરમાણુ સાધન છે જેનો ઉપયોગ પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાંથી કાઢવામાં આવેલી મિશ્ર જીનોમિક સામગ્રીનું વિશ્લેષણ કરવા માટે થાય છે, જે પ્રજાતિઓની વિવિધતા અને વિપુલતા, વસ્તી માળખું, ફાયલોજેનેટિક સંબંધ, કાર્યાત્મક જનીનો અને પર્યાવરણીય પરિબળો સાથેના સહસંબંધ નેટવર્કમાં વિગતવાર માહિતી પ્રદાન કરે છે.
પ્લેટફોર્મ:Illumina NovaSeq6000
-
મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ-નેનોપોર
મેટાજેનોમિક્સ એ પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાંથી કાઢવામાં આવેલા મિશ્ર જીનોમિક પદાર્થોનું વિશ્લેષણ કરવા માટે વપરાતું મોલેક્યુલર સાધન છે, જે પ્રજાતિની વિવિધતા અને વિપુલતા, વસ્તી માળખું, ફાયલોજેનેટિક સંબંધ, કાર્યાત્મક જનીનો અને પર્યાવરણીય પરિબળો સાથેના સહસંબંધ નેટવર્ક વગેરેમાં વિગતવાર માહિતી પ્રદાન કરે છે. નેનોપોર સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ તાજેતરમાં રજૂ થયું છે. મેટાજેનોમિક અભ્યાસ માટે.વાંચન લંબાઈમાં તેનું ઉત્કૃષ્ટ પ્રદર્શન મોટે ભાગે ડાઉન સ્ટ્રીમ મેટાજેનોમિક વિશ્લેષણ, ખાસ કરીને મેટાજેનોમ એસેમ્બલીમાં વધારો કરે છે.વાંચન-લંબાઈનો લાભ લઈને, નેનોપોર-આધારિત મેટાજેનોમિક અભ્યાસ શોટ-ગન મેટાજેનોમિક્સની તુલનામાં વધુ સતત એસેમ્બલી પ્રાપ્ત કરવામાં સક્ષમ છે.તે પ્રકાશિત કરવામાં આવ્યું છે કે નેનોપોર-આધારિત મેટાજેનોમિક્સે સફળતાપૂર્વક માઇક્રોબાયોમ્સ (મોસ, ઇએલ, એટ. અલ,નેચર બાયોટેક, 2020)
પ્લેટફોર્મ:નેનોપોર પ્રોમેથિઅન P48
-
16S/18S/ITS એમ્પ્લિકન સિક્વન્સિંગ-PacBio
16S અને 18S rRNA પરનું સબયુનિટ અત્યંત સંરક્ષિત અને હાયપર-વેરિયેબલ બંને પ્રદેશો ધરાવે છે તે પ્રોકાર્યોટિક અને યુકેરીયોટિક સજીવોની ઓળખ માટે સંપૂર્ણ મોલેક્યુલર ફિંગરપ્રિન્ટ છે.સિક્વન્સિંગનો લાભ લઈને, આ એમ્પ્લિકોન્સને સંરક્ષિત ભાગોના આધારે લક્ષ્યાંકિત કરી શકાય છે અને માઇક્રોબાયલ વિવિધતા વિશ્લેષણ, વર્ગીકરણ, ફાયલોજેની, વગેરેને આવરી લેતા અભ્યાસમાં યોગદાન આપતા માઇક્રોબાયલ ઓળખ માટે હાઇપર-વેરિયેબલ પ્રદેશોને સંપૂર્ણ રીતે દર્શાવી શકાય છે. સિંગલ-મોલેક્યુલ રીઅલ-ટાઇમ (SMRT) ) PacBio પ્લેટફોર્મનું અનુક્રમ ખૂબ જ સચોટ લાંબા વાંચન મેળવવા માટે સક્ષમ બનાવે છે, જે પૂર્ણ-લંબાઈના એમ્પ્લિકન્સ (અંદાજે 1.5 Kb)ને આવરી શકે છે.આનુવંશિક ક્ષેત્રના વ્યાપક દૃષ્ટિકોણથી બેક્ટેરિયા અથવા ફૂગ સમુદાયમાં પ્રજાતિઓની ટીકામાં રિઝોલ્યુશનમાં ઘણો વધારો થયો છે.
પ્લેટફોર્મ:PacBio સિક્વલ II
-
16S/18S/ITS એમ્પ્લિકન સિક્વન્સિંગ-NGS
16S/18S/ITS એમ્પ્લિકન સિક્વન્સિંગનો હેતુ હાઉસકીપિંગ આનુવંશિક માર્કર્સના પીસીઆર ઉત્પાદનોની તપાસ કરીને માઇક્રોબાયલ સમુદાયમાં ફાયલોજેની, વર્ગીકરણ અને પ્રજાતિઓની વિપુલતા છતી કરવાનો છે જેમાં અત્યંત સંવાદિત અને હાયપરવેરિયેબલ બંને ભાગો છે.Woeses et al,(1977) દ્વારા આ સંપૂર્ણ મોલેક્યુલર ફિંગરપ્રિન્ટનો પરિચય આઇસોલેશન-ફ્રી માઇક્રોબાયોમ પ્રોફાઇલિંગને સશક્ત બનાવે છે.16S (બેક્ટેરિયા), 18S (ફૂગ) અને આંતરિક ટ્રાન્સક્રિપ્ટેડ સ્પેસર (ITS, ફૂગ) નું અનુક્રમ વિપુલ પ્રજાતિઓ તેમજ દુર્લભ અને અજાણી જાતિઓ બંનેને ઓળખવાની મંજૂરી આપે છે.માનવ મોં, આંતરડા, મળ વગેરે જેવા વિવિધ વાતાવરણમાં વિભેદક માઇક્રોબાયલ રચનાને ઓળખવા માટે આ ટેકનોલોજી વ્યાપકપણે લાગુ અને મુખ્ય સાધન બની રહી છે.
પ્લેટફોર્મ:Illumina NovaSeq6000
-
બેક્ટેરિયલ અને ફંગલ આખા જીનોમ રી-સિક્વન્સિંગ
બેક્ટેરિયલ અને ફંગલ આખા જીનોમ રી-સિક્વન્સિંગ એ જાણીતા બેક્ટેરિયમ અને ફૂગના જીનોમને પૂર્ણ કરવા તેમજ બહુવિધ જીનોમ્સની તુલના કરવા અથવા નવા સજીવોના જિનોમને મેપ કરવા માટે એક મહત્વપૂર્ણ સાધન છે.સચોટ સંદર્ભ જીનોમ જનરેટ કરવા, માઇક્રોબાયલ ઓળખ અને અન્ય તુલનાત્મક જીનોમ અભ્યાસ કરવા માટે બેક્ટેરિયમ અને ફૂગના સમગ્ર જીનોમને અનુક્રમિત કરવાનું ખૂબ મહત્વ છે.
પ્લેટફોર્મ: ઈલુમિના નોવાસેક 6000
-
ફંગલ જીનોમ
બાયોમાર્કર ટેક્નોલૉજી ચોક્કસ સંશોધન ધ્યેયના આધારે જીનોમ સર્વેક્ષણ, ફાઇન જીનોમ અને ફૂગના પેને-સંપૂર્ણ જીનોમ પ્રદાન કરે છે.જિનોમ સિક્વન્સિંગ, એસેમ્બલી અને ફંક્શનલ એનોટેશન નેક્સ્ટ જનરેશન સિક્વન્સિંગ + થર્ડ જનરેશન સિક્વન્સિંગને જોડીને ઉચ્ચ-સ્તરની જિનોમ એસેમ્બલી હાંસલ કરી શકાય છે.રંગસૂત્ર સ્તરે જીનોમ એસેમ્બલીની સુવિધા માટે હાઇ-સી ટેક્નોલોજીનો પણ ઉપયોગ કરી શકાય છે.
પ્લેટફોર્મ:PacBio સિક્વલ II
નેનોપોર પ્રોમેથિઅન P48
ઈલુમિના નોવાસેક 6000
-
બેક્ટેરિયા સંપૂર્ણ જીનોમ
બાયોમાર્કર ટેક્નોલોજિસ શૂન્ય ગેપ સાથે બેક્ટેરિયાના સંપૂર્ણ જીનોમ બનાવવા માટે સિક્વન્સિંગ સેવા પૂરી પાડે છે.બેક્ટેરિયા પૂર્ણ જિનોમ નિર્માણના મુખ્ય કાર્યપ્રવાહમાં ત્રીજી પેઢીની સિક્વન્સિંગ, એસેમ્બલી, ફંક્શનલ એનોટેશન અને અદ્યતન બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે જે ચોક્કસ સંશોધન લક્ષ્યોને પૂર્ણ કરે છે.બેક્ટેરિયા જીનોમની વધુ વ્યાપક રૂપરેખાંકન તેમની જૈવિક પ્રક્રિયાઓ અંતર્ગત મૂળભૂત મિકેનિઝમ્સને ઉજાગર કરવાની શક્તિ આપે છે, જે ઉચ્ચ યુકેરીયોટિક પ્રજાતિઓમાં જીનોમિક સંશોધનો માટે મૂલ્યવાન સંદર્ભ પણ પ્રદાન કરી શકે છે.
પ્લેટફોર્મ:નેનોપોર પ્રોમેથિઅન P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio સિક્વલ II
