જથ્થાબંધ અલગ-અલગ વિશ્લેષણ
સેવા લાભો
તાકાગી એટ અલ., ધ પ્લાન્ટ જર્નલ, 2013
● ચોક્કસ સ્થાનિકીકરણ: પૃષ્ઠભૂમિ અવાજ ઘટાડવા માટે 30+30 થી 200+200 વ્યક્તિઓ સાથે જથ્થાબંધ મિશ્રણ કરવું;બિન-સમાનાર્થી મ્યુટેટન્ટ્સ-આધારિત ઉમેદવાર પ્રદેશની આગાહી.
● વ્યાપક પૃથ્થકરણ: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, વગેરે સહિત ઉંડાણપૂર્વક ઉમેદવાર જનીન કાર્ય એનોટેશન.
● ઝડપી ટર્નઅરાઉન્ડ સમય: 45 કામકાજના દિવસોમાં ઝડપી જનીન સ્થાનિકીકરણ.
● વ્યાપક અનુભવ: BMK એ હજારો લક્ષણોના સ્થાનિકીકરણમાં યોગદાન આપ્યું છે, જેમાં પાક, જળચર ઉત્પાદનો, જંગલ, ફૂલો, ફળો વગેરે જેવી વિવિધ પ્રજાતિઓને આવરી લેવામાં આવી છે.
સેવા વિશિષ્ટતાઓ
વસ્તી:
વિરોધી ફિનોટાઇપ્સ સાથે માતાપિતાના સંતાનોને અલગ પાડવું.
દા.ત. F2 પ્રોજેની, બેકક્રોસિંગ (BC), રિકોમ્બિનન્ટ ઇનબ્રેડ લાઇન (RIL)
મિશ્રણ પૂલ
ગુણાત્મક લક્ષણો માટે: 30 થી 50 વ્યક્તિઓ (ઓછામાં ઓછા 20)/બલ્ક
જથ્થાત્મક ટ્રીટીસ માટે: સમગ્ર વસ્તીમાં એક્સ્ટ્રીમ ફેનોટાઇપ્સ ધરાવતી ટોચની 5% થી 10% વ્યક્તિઓ (ઓછામાં ઓછા 30+30).
ભલામણ કરેલ અનુક્રમ ઊંડાઈ
ઓછામાં ઓછા 20X/માતાપિતા અને 1X/સંતાન વ્યક્તિગત (દા.ત. 30+30 વ્યક્તિગતના સંતાન મિશ્રણ પૂલ માટે, ક્રમની ઊંડાઈ બલ્ક દીઠ 30X હશે)
બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ
● સંપૂર્ણ જીનોમ અનુકરણ
● ડેટા પ્રોસેસિંગ
● SNP/Indel કૉલિંગ
● ઉમેદવારનું પ્રદેશ સ્ક્રીનીંગ
● ઉમેદવાર જનીન કાર્ય એનોટેશન
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
નમૂના જરૂરીયાતો:
ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ:
| gDNA નમૂના | પેશી નમૂના |
| સાંદ્રતા: ≥30 ng/μl | છોડ: 1-2 ગ્રામ |
| રકમ: ≥2 μg (વોલમ ≥15 μl) | પ્રાણીઓ: 0.5-1 ગ્રામ |
| શુદ્ધતા: OD260/280= 1.6-2.5 | સંપૂર્ણ રક્ત: 1.5 મિલી |
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
પ્રયોગ ડિઝાઇન
નમૂના વિતરણ
આરએનએ નિષ્કર્ષણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
1.ઉમેદવારના પ્રદેશને ઓળખવા માટે યુક્લિડિયન ડિસ્ટન્સ (ED) પર એસોસિએશન વિશ્લેષણનો આધાર.નીચેની આકૃતિમાં
એક્સ-અક્ષ: રંગસૂત્ર સંખ્યા;દરેક ડોટ SNP નું ED મૂલ્ય દર્શાવે છે.કાળી રેખા ફીટ કરેલ ED મૂલ્યને અનુરૂપ છે.ઉચ્ચ ED મૂલ્ય સાઇટ અને ફેનોટાઇપ વચ્ચે વધુ નોંધપાત્ર જોડાણ સૂચવે છે.લાલ આડંબર રેખા નોંધપાત્ર જોડાણની થ્રેશોલ્ડ દર્શાવે છે.
2. એસએનપી-ઇન્ડેક્સ આધારિત એસોસિએશન વિશ્લેષણ
એક્સ-અક્ષ: રંગસૂત્ર સંખ્યા;દરેક ડોટ SNP-ઇન્ડેક્સ મૂલ્યનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે.કાળી રેખા ફીટ કરેલ SNP-ઇન્ડેક્સ મૂલ્ય માટે વપરાય છે.મૂલ્ય જેટલું મોટું છે, એસોસિએશન વધુ નોંધપાત્ર છે.
BMK કેસ
મુખ્ય અસર જથ્થાત્મક લક્ષણ લોકસ Fnl7.1 કાકડીમાં ફળની ગરદનની લંબાઈ સાથે સંકળાયેલ લેટ એમ્બ્રોયોજેનેસિસ પુષ્કળ પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે
પ્રકાશિત: પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ, 2020
અનુક્રમ વ્યૂહરચના:
માતાપિતા (Jin5-508, YN): 34× અને 20× માટે સંપૂર્ણ જીનોમ અનુકરણ.
DNA પૂલ (50 લાંબી ગરદન અને 50 ટૂંકી ગરદન): 61× અને 52× માટે અનુકરણ
મુખ્ય પરિણામો
આ અભ્યાસમાં, લાંબી ગળાની કાકડી રેખા જીન5-508 અને ટૂંકી ગરદન વાયએનને પાર કરીને અલગ-અલગ વસ્તી (F2 અને F2:3) પેદા કરવામાં આવી હતી.બે ડીએનએ પૂલ 50 આત્યંતિક લાંબા ગરદન વ્યક્તિઓ અને 50 અત્યંત ટૂંકા ગરદન વ્યક્તિઓ દ્વારા બનાવવામાં આવ્યા હતા.BSA વિશ્લેષણ અને પરંપરાગત QTL મેપિંગ દ્વારા Chr07 પર મુખ્ય-અસર QTL ઓળખવામાં આવી હતી.ઉમેદવાર ક્ષેત્રને ફાઇન-મેપિંગ, જનીન અભિવ્યક્તિ પ્રમાણીકરણ અને ટ્રાન્સજેનિક પ્રયોગો દ્વારા વધુ સંકુચિત કરવામાં આવ્યું હતું, જેણે ગરદન-લંબાઈ, CsFnl7.1ને નિયંત્રિત કરવામાં મુખ્ય જનીન જાહેર કર્યું હતું.વધુમાં, CsFnl7.1 પ્રમોટર પ્રદેશમાં પોલીમોર્ફિઝમ અનુરૂપ અભિવ્યક્તિ સાથે સંકળાયેલ હોવાનું જણાયું હતું.વધુ ફાયલોજેનેટિક વિશ્લેષણ સૂચવે છે કે Fnl7.1 લોકસ ભારતમાંથી ઉદ્ભવ્યું હોવાની સંભાવના છે.
 કાકડીની ગરદનની લંબાઈ સાથે સંકળાયેલ ઉમેદવાર પ્રદેશને ઓળખવા માટે BSA વિશ્લેષણમાં QTL-મેપિંગ |  કાકડીની ગરદન-લંબાઈના QTL ની LOD પ્રોફાઇલ Chr07 પર ઓળખવામાં આવી |
Xu, X. , et al."મુખ્ય અસર માત્રાત્મક લક્ષણ લોકસ Fnl7.1 કાકડીમાં ફળની ગરદનની લંબાઈ સાથે સંકળાયેલ અંતમાં એમ્બ્રોયોજેનેસિસ પુષ્કળ પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે."પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ 18.7(2020).
