16S/18S/ITS એમ્પ્લિકન સિક્વન્સિંગ-NGS
સેવા લાભો
● પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાં માઇક્રોબાયલ રચનાની અલગતા-મુક્ત અને ઝડપી ઓળખ
● પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાં ઓછા વિપુલ ઘટકોમાં ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન
● ડેટાબેઝ, એનોટેશન, OTU/ASVના સંદર્ભમાં વિવિધ વિશ્લેષણો સાથે નવીનતમ QIIME2 વિશ્લેષણ પ્રવાહ.
● ઉચ્ચ-થ્રુપુટ, ઉચ્ચ ચોકસાઈ
● વિવિધ માઇક્રોબાયલ સમુદાય અભ્યાસ માટે લાગુ
● BMK 100,000 થી વધુ નમૂનાઓ/વર્ષ, માટી, પાણી, ગેસ, કાદવ, મળ, આંતરડા, ત્વચા, આથો સૂપ, જંતુઓ, છોડ વગેરેને આવરી લેવાનો વ્યાપક અનુભવ ધરાવે છે.
● BMKCloud સુવિધાયુક્ત ડેટા અર્થઘટન જેમાં 45 વ્યક્તિગત વિશ્લેષણ સાધનો છે
સેવા વિશિષ્ટતાઓ
| સિક્વન્સિંગપ્લેટફોર્મ | પુસ્તકાલય | ભલામણ કરેલ ડેટા ઉપજ | અંદાજિત ટર્ન-અરાઉન્ડ સમય |
| ઇલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ | PE250 | 50K/100K/300K ટૅગ્સ | 30 દિવસ |
બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ
● કાચો ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ
● OTU ક્લસ્ટરિંગ/ડિ-નોઈઝ(ASV)
● OTU એનોટેશન
● આલ્ફા વિવિધતા
● બીટા વિવિધતા
● આંતર-જૂથ વિશ્લેષણ
● પ્રાયોગિક પરિબળો સામે સંગઠનનું વિશ્લેષણ
● કાર્ય જનીન અનુમાન
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
નમૂના જરૂરીયાતો:
માટેડીએનએ અર્ક:
| નમૂનાનો પ્રકાર | રકમ | એકાગ્રતા | શુદ્ધતા |
| ડીએનએ અર્ક | > 30 એનજી | 1 એનજી/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
પર્યાવરણીય નમૂનાઓ માટે:
| નમૂના પ્રકાર | ભલામણ કરેલ નમૂના પ્રક્રિયા |
| માટી | નમૂનાની રકમ: આશરે.5 ગ્રામ;બાકીના સુકાઈ ગયેલા પદાર્થને સપાટી પરથી દૂર કરવાની જરૂર છે;મોટા ટુકડાને ગ્રાઇન્ડ કરો અને 2 એમએમ ફિલ્ટરમાંથી પસાર થાઓ;આરક્ષણ માટે જંતુરહિત ઇપી-ટ્યુબ અથવા સાયરોટ્યુબમાં એલિક્વોટ નમૂનાઓ. |
| મળ | નમૂનાની રકમ: આશરે.5 ગ્રામ;આરક્ષણ માટે જંતુરહિત ઇપી-ટ્યુબ અથવા ક્રાયોટ્યુબમાં અલિક્વોટ નમૂનાઓ એકત્રિત કરો. |
| આંતરડાની સામગ્રી | એસેપ્ટિક સ્થિતિ હેઠળ નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરવાની જરૂર છે.પીબીએસ સાથે એકત્રિત પેશી ધોવા;પીબીએસને સેન્ટ્રીફ્યુજ કરો અને ઇપી-ટ્યુબમાં પ્રીસીપીટન્ટ એકત્રિત કરો. |
| કાદવ | નમૂનાની રકમ: આશરે.5 ગ્રામ;આરક્ષણ માટે જંતુરહિત ઇપી-ટ્યુબ અથવા ક્રાયોટ્યુબમાં અલિક્વોટ કાદવના નમૂના એકત્રિત કરો |
| વોટરબોડી | માઇક્રોબાયલની મર્યાદિત માત્રા સાથેના નમૂના માટે, જેમ કે નળનું પાણી, કૂવાનું પાણી, વગેરે, ઓછામાં ઓછું 1 L પાણી એકત્રિત કરો અને પટલ પર માઇક્રોબાયલને સમૃદ્ધ બનાવવા માટે 0.22 μm ફિલ્ટરમાંથી પસાર કરો.પટલને જંતુરહિત ટ્યુબમાં સંગ્રહિત કરો. |
| ત્વચા | જંતુરહિત કપાસના સ્વેબ અથવા સર્જિકલ બ્લેડથી ત્વચાની સપાટીને કાળજીપૂર્વક ઉઝરડો અને તેને જંતુરહિત ટ્યુબમાં મૂકો. |
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
નમૂનાઓને પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં 3-4 કલાક માટે સ્થિર કરો અને પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં અથવા -80 ડિગ્રી સુધી લાંબા ગાળાના રિઝર્વેશનમાં સ્ટોર કરો.ડ્રાય-આઈસ સાથે સેમ્પલ શિપિંગ જરૂરી છે.
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
નમૂના વિતરણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
1.જાતિઓનું વિતરણ
2. ગરમીનો નકશો: પ્રજાતિઓની સમૃદ્ધિ ક્લસ્ટરિંગ
3. દુર્લભ જૂથ વળાંક
4.NMDS વિશ્લેષણ
5.Lefse વિશ્લેષણ
BMK કેસ
પ્રકાર 2 ડાયાબિટીસ સાથે અને વગર મેદસ્વી વ્યક્તિઓ આંતરડાના માઇક્રોબાયલ કાર્યાત્મક ક્ષમતા અને રચના અલગ દર્શાવે છે
પ્રકાશિત:સેલ હોસ્ટ અને માઇક્રોબ, 2019
અનુક્રમ વ્યૂહરચના:
દુર્બળ બિન-ડાયાબિટીસ (n=633);મેદસ્વી બિન-ડાયાબિટીસ (n=494);મેદસ્વી-પ્રકાર 2 ડાયાબિટીસ (n=153);
લક્ષ્ય ક્ષેત્ર: 16S rDNA V1-V2
પ્લેટફોર્મ: ઈલુમિના મિસેક (NGS-આધારિત એમ્પ્લિકન સિક્વન્સિંગ)
ડીએનએ અર્કના સબસેટ ઇલુમિના હિસેક પર મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગને આધિન હતા
મુખ્ય પરિણામો
આ મેટાબોલિક રોગોની માઇક્રોબાયલ પ્રોફાઇલિંગ સફળતાપૂર્વક અલગ કરવામાં આવી હતી.
16S સિક્વન્સિંગ દ્વારા પેદા થયેલા માઇક્રોબાયલ લક્ષણોની સરખામણી કરીને, સ્થૂળતા માઇક્રોબાયલ કમ્પોઝિશનમાં ફેરફાર, વ્યક્તિગત લક્ષણો, ખાસ કરીને અકરમેન્સિયા, ફેકેલિબેક્ટેરિયમ, ઓસિલિબેક્ટર, એલિસ્ટાઇપ્સ વગેરેમાં નોંધપાત્ર ઘટાડો સાથે સંકળાયેલ હોવાનું જણાયું હતું. વધુમાં, T2D એસ્ચેરીચિયા/શિગેલામાં વધારો સાથે સંકળાયેલ હોવાનું જણાયું હતું. .
સંદર્ભ
થિંગહોમ, એલબી , એટ અલ."ટાઈપ 2 ડાયાબિટીસ સાથે અને વગર મેદસ્વી વ્યક્તિઓ અલગ ગટ માઇક્રોબાયલ કાર્યાત્મક ક્ષમતા અને રચના દર્શાવે છે."સેલ હોસ્ટ અને માઇક્રોબ26.2 (2019).
