Secuenciación de transcriptoma completo - Illumina
características
● Biblioteca dual para secuenciar o transcriptoma completo: esgotamento do ARNr seguido da preparación da biblioteca PE150 e selección do tamaño seguido da preparación da biblioteca SE50
● Análise bioinformática completa de ARNm, lncRNA, circRNA e miARN en informes bioinformáticos separados
● Análise conxunta de toda a expresión de ARN nun informe combinado, incluída a análise de redes ceRNA.
Vantaxes do servizo
●Análise en profundidade das redes reguladoras: a análise de redes de ceRNA está habilitada pola secuenciación conxunta de ARNm, ARNlnc, ARNcirc e miARN e por un fluxo de traballo bioinformático exhaustivo.
●Anotación Integral: utilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente os Xenes expresados de forma diferencial (DEG) e realizar a correspondente análise de enriquecemento, proporcionando información sobre os procesos celulares e moleculares que subxacen á resposta do transcriptoma.
●Amplia experiencia: cun historial de pechar con éxito máis de 2000 proxectos de transcriptoma completos en varios dominios de investigación, o noso equipo achega unha gran experiencia a cada proxecto.
●Control de Calidade Riguroso: implementamos puntos de control básicos en todas as etapas, desde a preparación de mostras e bibliotecas ata a secuenciación e a bioinformática.Este seguimento minucioso garante a entrega de resultados de alta calidade constantemente.
● Anotación Integral: utilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente os Xenes expresados de forma diferencial (DEG) e realizar a correspondente análise de enriquecemento, proporcionando información sobre os procesos celulares e moleculares que subxacen á resposta do transcriptoma.
●Soporte posvenda: O noso compromiso vai máis aló da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses.Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para resolver calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos de mostra e entrega
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| ARNr esgotado | Illumina PE150 | 16GB | Q30≥85% |
| Tamaño seleccionado | Illumina SE50 | 10-20 millóns de lecturas |
Requisitos de mostra:
Nucleótidos:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN no xel. | Plantas: RIN≥6,5 Animal: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación de referencia limitada ou nula |
Entrega de mostras recomendada
Envase:
Tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda papel de aluminio)
Etiquetaxe da mostra: grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben ser embaladas en bolsas e enterradas en xeo seco.
2.Tubos RNAstable: as mostras de ARN pódense secar nun tubo de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
Deseño de experimentos
Entrega da mostra
extracción de ARN
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda
Bioinformática
Visión xeral da expresión de ARN
Xenes expresados diferencialmente
análise de ceRNA
MiRNAs expresados de forma diferenciada e ARN relacionados
Explore os avances na investigación facilitados polos servizos de secuenciación de transcriptomas completos de BMKGene a través dunha colección de publicacións seleccionada.
Dai, Y. et al.(2022) "Comprehensive expression profiles of mRNAs, lncRNAs and miRNAs in Kashin-Beck disease Identified by RNA-sequencing", Molecular Omics, 18(2), pp. 154-166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Full length transcriptomes analysis of cold-resistance of Apis cerana in Changbai Mountain during overwintering period.', Gene, 830, pp. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) "Priorización baseada na integración de Multi-Omics de redes de regulación de ARN endóxeno en competencia no cancro de pulmón de células pequenas: características moleculares e candidatos a medicamentos", Frontiers in Oncology, 12, p.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) "A análise integrada dos perfís de expresión de lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA revela novos coñecementos sobre mecanismos potenciais en resposta aos nematodos de nó de raíz no cacahuete", BMC Genomics, 23(1), pp. 1-12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURAS/7.
Yan, Z. et al.(2022) "A secuenciación de ARN de transcriptoma enteiro destaca os mecanismos moleculares asociados ao mantemento da calidade poscolleita no brócoli mediante irradiación LED vermella", Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
