BMKCloud Log in
条形banner-03

Produtos

Secuenciación de fragmentos amplificados de locus específicos (SLAF-Seq)

O xenotipado de alto rendemento, especialmente na poboación a gran escala, é un paso fundamental nos estudos de asociación xenética, que proporciona unha base xenética para o descubrimento de xenes funcionais, a análise evolutiva, etc. ) introdúcese para minimizar o custo de secuenciación por mostra, mantendo unha eficiencia razoable no descubrimento de marcadores xenéticos.Isto conséguese habitualmente extraendo fragmentos de restrición dentro do intervalo de tamaño determinado, que se denomina biblioteca de representación reducida (RRL).A secuenciación de fragmentos amplificados de locus específicos (SLAF-Seq) é unha estratexia desenvolvida por si mesmo para o xenotipado de SNP con ou sen xenoma de referencia.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq


Detalles do servizo

Resultados da demostración

Publicacións destacadas

Detalles do servizo

Esquema Técnico

111

Fluxo de traballo

流程图

Vantaxes do servizo

Alta eficiencia de descubrimento de marcadores- A tecnoloxía de secuenciación de alto rendemento axuda a SLAF-Seq a descubrir centos de miles de etiquetas dentro de todo o xenoma.

Baixa dependencia do xenoma- Pódese aplicar a especies con ou sen xenoma de referencia.

Deseño de esquemas flexibles- A dixestión dunha única enzima, de dúas enzimas, de varias enzimas e varios tipos de enzimas pódense seleccionar para atender diferentes obxectivos ou especies de investigación.A avaliación previa in silico úsase para asegurar un deseño enzimático óptimo.

Dixestión enzimática eficiente- Realizouse o preexperimento para optimizar as condicións, o que fai que o experimento formal sexa estable e fiable.A eficiencia da recollida de fragmentos pode alcanzar máis do 95%.

Etiquetas SLAF distribuídas uniformemente- As etiquetas SLAF distribúense uniformemente en todos os cromosomas na maior medida, conseguindo unha media de 1 SLAF por 4 kb.

Evitación efectiva de repeticións- A secuencia repetitiva nos datos SLAF-Seq redúcese a menos do 5%, especialmente en especies con alto nivel de repeticións, como o trigo, o millo, etc.

Ampla experiencia-Máis de 2000 proxectos SLAF-Seq pechados sobre centos de especies que abranguen plantas, mamíferos, aves, insectos, organismos acuáticos, etc.

Fluxo de traballo bioinformático de desenvolvemento propio- BMKGENE desenvolveu un fluxo de traballo bioinformático integrado para SLAF-Seq para garantir a fiabilidade e precisión da saída final.

 

Especificacións do servizo

 

Plataforma

Conc. (ng/gl)

Total (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

> 35

>1.6(Volumen>15μl)

1,6-2,5

Nota: realizaranse tres mostras, cada unha con tres esquemas enzimáticos, para o experimento previo.

Estratexia de secuenciación recomendada

Profundidade de secuenciación: 10X/Tag

Tamaño do xenoma

Etiquetas SLAF recomendadas

< 500 Mb

100K ou WGS

500 Mb- 1 Gb

100 K

1 Gb -2 Gb

200 K

Xenomas xigantes ou complexos

300 - 400 K

 

Aplicacións

 

Recomendado

Escala de poboación

 

Estratexia de secuenciación e profundidade

 

Profundidade

 

Número de etiqueta

 

GWAS

 

Número de mostra ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Dacordo con

tamaño do xenoma

 

Evolución xenética

 

Individuos de cada un

subgrupo ≥ 10;

total de mostras ≥ 30

 

10X

 

Entrega de mostras recomendada

Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml

Para a maioría das mostras, recomendamos non conservalas en etanol.

Etiquetado da mostra: as mostras deben estar claramente etiquetadas e idénticas ao formulario de información da mostra enviado.

Envío: Xeo seco: as mostras deben ser embaladas primeiro en bolsas e enterradas en xeo seco.

Fluxo de traballo do servizo

QC de mostra
Experimento piloto
Experimento SLAF
Preparación da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda

QC de mostra

Experimento piloto

Experimento SLAF

Preparación da biblioteca

Secuenciación

Análise de datos

Servizos posvenda


  • Anterior:
  • Seguinte:

  • 1. Estatística do resultado do mapa

    imaxe 1

    A1

    2. Desenvolvemento do marcador SLAF

    A2

    3. Anotación de variacións

    A3

    Ano

    Xornal

    IF

    Título

    Aplicacións

    2022

    Comunicacións da natureza

    17.694

    Bases xenómicas dos giga-cromosomas e giga-xenoma da peonía arbórea

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015

    Novo fitólogo

    7.433

    As pegadas de domesticación ancoran rexións xenómicas de importancia agronómica

    soia

    SLAF-GWAS

    2022

    Revista de Investigación Avanzada

    12.822

    Introgresións artificiais de todo o xenoma de Gossypium barbadense en G. hirsutum

    revelan loci superiores para mellorar simultáneamente a calidade e o rendemento da fibra de algodón

    trazos

    SLAF-Xenética evolutiva

    2019

    Planta Molecular

    10.81

    A análise xenómica de poboación e a asemblea De Novo revelan a orixe de Weedy

    O arroz como xogo evolutivo

    SLAF-Xenética evolutiva

    2019

    Xenética da Natureza

    31.616

    Secuencia xenómica e diversidade xenética da carpa común, Cyprinus carpio

    Mapa SLAF-Linkage

    2014

    Xenética da Natureza

    25.455

    O xenoma do cacahuete cultivado proporciona información sobre os cariotipos de leguminosas, poliploides

    evolución e domesticación dos cultivos.

    Mapa SLAF-Linkage

    2022

    Revista de Biotecnoloxía Vexetal

    9.803

    A identificación de ST1 revela unha selección que implica facer autostop da morfoloxía das sementes

    e contido de aceite durante a domesticación da soia

    Desenvolvemento de marcadores SLAF

    2022

    Revista Internacional de Ciencias Moleculares

    6.208

    Identificación e desenvolvemento de marcadores de ADN para un Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D)

    Substitución de cromosomas disómicos

    Desenvolvemento de marcadores SLAF

    obter unha cotización

    Escribe aquí a túa mensaxe e envíanolo

    Envíanos a túa mensaxe: