Alta eficiencia de descubrimento de marcadores- A tecnoloxía de secuenciación de alto rendemento axuda a SLAF-Seq a descubrir centos de miles de etiquetas dentro de todo o xenoma.
Baixa dependencia do xenoma- Pódese aplicar a especies con ou sen xenoma de referencia.
Deseño de esquemas flexibles- A dixestión dunha única enzima, de dúas enzimas, de varias enzimas e varios tipos de enzimas pódense seleccionar para atender diferentes obxectivos ou especies de investigación.A avaliación previa in silico úsase para asegurar un deseño enzimático óptimo.
Dixestión enzimática eficiente- Realizouse o preexperimento para optimizar as condicións, o que fai que o experimento formal sexa estable e fiable.A eficiencia da recollida de fragmentos pode alcanzar máis do 95%.
Etiquetas SLAF distribuídas uniformemente- As etiquetas SLAF distribúense uniformemente en todos os cromosomas na maior medida, conseguindo unha media de 1 SLAF por 4 kb.
Evitación efectiva de repeticións- A secuencia repetitiva nos datos SLAF-Seq redúcese a menos do 5%, especialmente en especies con alto nivel de repeticións, como o trigo, o millo, etc.
Ampla experiencia-Máis de 2000 proxectos SLAF-Seq pechados sobre centos de especies que abranguen plantas, mamíferos, aves, insectos, organismos acuáticos, etc.
Fluxo de traballo bioinformático de desenvolvemento propio- BMKGENE desenvolveu un fluxo de traballo bioinformático integrado para SLAF-Seq para garantir a fiabilidade e precisión da saída final.
Plataforma | Conc. (ng/gl) | Total (ug) | OD260/280 |
Illumina NovaSeq | > 35 | >1.6(Volumen>15μl) | 1,6-2,5 |
Profundidade de secuenciación: 10X/Tag
Tamaño do xenoma | Etiquetas SLAF recomendadas |
< 500 Mb | 100K ou WGS |
500 Mb- 1 Gb | 100 K |
1 Gb -2 Gb | 200 K |
Xenomas xigantes ou complexos | 300 - 400 K |
Aplicacións
| Recomendado Escala de poboación
| Estratexia de secuenciación e profundidade
| |
Profundidade
| Número de etiqueta
| ||
GWAS
| Número de mostra ≥ 200
| 10X
|
Dacordo con tamaño do xenoma
|
Evolución xenética
| Individuos de cada un subgrupo ≥ 10; total de mostras ≥ 30
| 10X
|
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml
Para a maioría das mostras, recomendamos non conservalas en etanol.
Etiquetado da mostra: as mostras deben estar claramente etiquetadas e idénticas ao formulario de información da mostra enviado.
Envío: Xeo seco: as mostras deben ser embaladas primeiro en bolsas e enterradas en xeo seco.
1. Estatística do resultado do mapa
2. Desenvolvemento do marcador SLAF
3. Anotación de variacións
Ano | Xornal | IF | Título | Aplicacións |
2022 | Comunicacións da natureza | 17.694 | Bases xenómicas dos giga-cromosomas e giga-xenoma da peonía arbórea Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
2015 | Novo fitólogo | 7.433 | As pegadas de domesticación ancoran rexións xenómicas de importancia agronómica soia | SLAF-GWAS |
2022 | Revista de Investigación Avanzada | 12.822 | Introgresións artificiais de todo o xenoma de Gossypium barbadense en G. hirsutum revelan loci superiores para mellorar simultáneamente a calidade e o rendemento da fibra de algodón trazos | SLAF-Xenética evolutiva |
2019 | Planta Molecular | 10.81 | A análise xenómica de poboación e a asemblea De Novo revelan a orixe de Weedy O arroz como xogo evolutivo | SLAF-Xenética evolutiva |
2019 | Xenética da Natureza | 31.616 | Secuencia xenómica e diversidade xenética da carpa común, Cyprinus carpio | Mapa SLAF-Linkage |
2014 | Xenética da Natureza | 25.455 | O xenoma do cacahuete cultivado proporciona información sobre os cariotipos de leguminosas, poliploides evolución e domesticación dos cultivos. | Mapa SLAF-Linkage |
2022 | Revista de Biotecnoloxía Vexetal | 9.803 | A identificación de ST1 revela unha selección que implica facer autostop da morfoloxía das sementes e contido de aceite durante a domesticación da soia | Desenvolvemento de marcadores SLAF |
2022 | Revista Internacional de Ciencias Moleculares | 6.208 | Identificación e desenvolvemento de marcadores de ADN para un Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitución de cromosomas disómicos | Desenvolvemento de marcadores SLAF |